Acidobacteria

Bách khoa toàn thư mở Wikipedia
Bước tới: menu, tìm kiếm
Acidobacteria
Acidobacterium.jpg
Acidobacterium
Phân loại khoa học
Vực (domain) Bacteria
Ngành (phylum) Acidobacteria
Thrash & Coates 2012[1][2]
Các lớp và bộ

Acidobacteria là một ngành vi khuẩn mới được đề xuất gần đây, với các thành viên của nó là đa dạng về mặt sinh lý học và có mặt ở nhiều nơi, đặc biệt là trong đất, nhưng lại chưa có đủ đại diện trong nuôi cấy.[3][4][5]

Các thành viên của ngành này là đa dạng về mặt sinh lý học, một số loài là ái axit, và lần đầu tiên được công nhận như là một nhóm riêng lần đầu tiên năm 1997.[6] Loài đầu tiên của ngành này, Acidobacterium capsulatum, được phát hiện năm 1991.[7] Các loài đáng chú ý khác có Holophaga foetida,[8] Geothrix fermentans,[9] Acanthopleuribacter pedis[10]Bryobacter aggregatus.[11] Do mới được phát hiện gần đây và phần lớn vẫn chưa được nuôi cấy nên sinh thái họctrao đổi chất của các loài vi khuẩn này vẫn chưa được hiểu rõ.[4] Tuy nhiên, các vi khuẩn này có thể là các sinh vật có đóng góp quan trọng cho các hệ sinh thái, do chúng rất phổ biến trong các loại đất.[12]

Cũng do môi trường sống là đất tự nhiên của chúng, nhóm chưa phân loại II của Acidobacteria đã từng bị nhận dạng như là tác nhân gây ô nhiễm các thuốc thử của bộ công cụ tách chiết ADN, điều có thể dẫn tới sự xuất hiện có sai sót của chúng trong các bộ dữ liệu quần thể vi sinh vật (microbiota) hay bộ gen học tổng thể (metagenomics).[13]

Phát sinh chủng loài[sửa | sửa mã nguồn]

Phân loại hiện tại được chấp nhận dựa theo Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LPSN)[14][15] và phát sinh chủng loài lấy theo LTP phiên bản 123 dựa trên ARN 16S ribosome của Dự án cây sự sống muôn loài.[16]


Holophagae
Acanthopleuribacteraceae

Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008


Holophagaceae

Geothrix fermentans Coates et al. 1999



Holophaga foetida Liesack et al. 1995





"Solibacteres"

Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010



Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014



Acidobacteriaceae


Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991




Telmatobacter bradus Pankratov & Dedysh 2012


Acidicapsa

A. borealis Kulichevskaya et al. 2012 (loài điển hình)



A. ligni Kulichevskaya et al. 2012








Bryocella elongata Dedysh et al. 2012


Edaphobacter

E. aggregans Koch et al. 2008 emend. Dedysh et al. 2012



E. modestus Koch et al. 2008 (loài điển hình)






"Granulicella" mallensis Männistö et al. 2012



Terriglobus

T. aquaticus Baik et al. 2013




T. roseus Eichorst et al. 2007 (loài điển hình)




T. saanensis Männistö et al. 2011



T. tenax Whang et al. 2014





Granulicella


G. cerasi Yamada et al. 2014



G. paludicola Pankratov & Dedysh 2010 (loài điển hình)





G. pectinivorans Pankratov & Dedysh 2010




G. sapmiensis Männistö et al. 2012




G. aggregans Pankratov & Dedysh 2010




G. tundricola Männistö et al. 2012




G. arctica Männistö et al. 2012



G. rosea Pankratov & Dedysh 2010














Lưu ý:
♠ Các chủng tìm thấy tại NCBI nhưng không được liệt kê trong Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp (LSPN)

Phân loại[sửa | sửa mã nguồn]

Tham khảo[sửa | sửa mã nguồn]

  1. ^ Thrash J. C. & Coates J. D. (2011). Phylum XVII. Acidobacteria phyl. nov. trong Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, ấn bản lần 2, quyển 4, tr. 725. N. R. Krieg, J. T. Staley, D. R. Brown, B. P. Hedlund, B. J. Paster, N. L. Ward, W. Ludwig & W. B. Whitman biên tập. New York: Springer.
  2. ^ Validation List no. 143. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2012, 62, 1-4.
  3. ^ Barns SM; Cain EC; Sommerville L; Kuske CR (2007). “Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (9): 3113–6. PMC 1892891. PMID 17337544. doi:10.1128/AEM.02012-06. 
  4. ^ a ă Quaiser A; Ochsenreiter T; Lanz C và đồng nghiệp (2003). “Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics”. Mol. Microbiol. 50 (2): 563–75. PMID 14617179. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03707.x. 
  5. ^ Rappe, M. S.; Giovannoni, S. J. (2003). “The Uncultured Microbial Majority”. Annual Review of Microbiology 57: 369–394. PMID 14527284. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. 
  6. ^ Kuske CR; Barns SM; Busch JD (ngày 1 tháng 9 năm 1997). “Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions”. Appl. Environ. Microbiol. 63 (9): 3614–21. PMC 168668. PMID 9293013. 
  7. ^ Kishimoto, Noriaki; Kosako, Yoshimasa; Tano, Tatsuo (ngày 31 tháng 12 năm 1990). “Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: An acidophilic chemoorganotrophic bacterium containing menaquinone from acidic mineral environment”. Current Microbiology 22 (1): 1–7. doi:10.1007/BF02106205. 
  8. ^ Liesack, Werner; Bak, Friedhelm; Kreft, Jan-Ulrich; Stackebrandt, E. (ngày 30 tháng 6 năm 1994). “Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds”. Archives of Microbiology 162 (1–2): 85–90. PMID 8085918. doi:10.1007/BF00264378. 
  9. ^ Coates, J. D.; Ellis, D. J.; Gaw, C. V.; Lovley, D. R. (ngày 1 tháng 10 năm 1999). “Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer”. International Journal of Systematic Bacteriology 49 (4): 1615–1622. PMID 10555343. doi:10.1099/00207713-49-4-1615. 
  10. ^ Fukunaga, Y; Kurahashi, M; Yanagi, K; Yokota, A; Harayama, S (tháng 11 năm 2008). “Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 58 (Pt 11): 2597–2601. PMID 18984699. doi:10.1099/ijs.0.65589-0. 
  11. ^ Kulichevskaya, IS; Suzina, NE; Liesack, W; Dedysh, SN (tháng 2 năm 2010). “Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60 (Pt 2): 301–6. PMID 19651730. doi:10.1099/ijs.0.013250-0. 
  12. ^ Eichorst S. A.; Breznak J. A.; Schmidt T. M. (2007). “Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria”. Appl. Environ. Microbiol. 73 (8): 2708–17. PMC 1855589. PMID 17293520. doi:10.1128/AEM.02140-06. 
  13. ^ Salter, S; Cox, M; Turek, E; Calus, S; Cookson, W; Moffatt, M; Turner, P; Parkhill, J; Loman, N; Walker, A (2014). “Reagent contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses”. bioRxiv. doi:10.1101/007187. 
  14. ^ Xem Danh sách các tên gọi sinh vật nhân sơ với vị trí hiện tại trong danh pháp. Dữ liệu lấy từ J.P. Euzéby. “Acidobacteria”. Truy cập ngày 26 tháng 10 năm 2016. 
  15. ^ Xem trang web về Chlorobi của NCBI. Dữ liệu trích xuất từ Sayers và đồng nghiệp. “NCBI Taxonomy Browser”. NCBI. Truy cập ngày 26 tháng 10 năm 2016. 
  16. ^ Xem Dự án cây sự sống muôn loài [1]. Dữ liệu lấy từ “16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)” (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Truy cập ngày 26 tháng 10 năm 2016. 
  • Pankratov, T. A.; Dedysh S.N. (tháng 12 năm 2010). “Granulicella paludicola gen. nov., sp. nov., Granulicella pectinivorans sp. nov., Granulicella aggregans sp. nov. and Granulicella rosea sp. nov., acidophilic, polymer-degrading acidobacteria from Sphagnum peat bogs”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60 (Pt 12): 2951–9. PMID 20118293. doi:10.1099/ijs.0.021824-0. 
  • Pankratov, T. A.; Kirsanova L. A.; Kaparullina E. N.; Kevbrin V. V.; Dedysh S. N. (ngày 1 tháng 4 năm 2011). “Telmatobacter bradus gen. nov., sp. nov., a cellulolytic facultative anaerobe from subdivision 1 of the Acidobacteria, and emended description of Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1993”. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 62 (2): 430–437. doi:10.1099/ijs.0.029629-0. 

Liên kết ngoài[sửa | sửa mã nguồn]