Giải bóng đá U-17 Quốc gia 2006, tên gọi chính thức là Giải bóng đá U-17 Quốc gia – Cúp Báo Bóng Đá 2006, là mùa giải thứ 3 của Giải bóng đá U-17 Quốc gia, giải đấu bóng đá thường niên do Liên đoàn bóng đá Việt Nam (VFF) và báo Bóng đá phối hợp tổ chức dành cho lứa tuổi dưới 17.[1] Mùa giải này diễn ra theo hai giai đoạn, vòng loại được tổ chức từ ngày 18 tháng 6 đến ngày 14 tháng 7 năm 2006. Vòng chung kết của giải, gồm 8 đội bóng, diễn ra tại An Giang từ ngày 24 tháng 7 đến ngày 4 tháng 8 năm 2006.[2]
Hai mươi đội bóng đã đăng ký tham dự mùa giải lần này từ vòng loại. Đội đương kim vô địch Sông Lam Nghệ An và đội chủ nhà của vòng chung kết An Giang được ưu tiên không phải thi đấu vòng loại. Các đội bóng được sắp xếp sẵn vào các bảng đấu dựa theo khu vực địa lý. Những đội bóng đóng vai trò là chủ nhà của bảng đấu vòng loại được ký hiệu bởi (H).