Phát sinh chủng loại học

Phát sinh chủng loài học, tiếng Anh: Phylogenetics /faɪlɵdʒɪnɛtɪks/, có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp: φυλή, φῦλον - phylé, phylon = chủng loài, bộ lạc; γενετικός - genetikós = phát sinh, nguồn gốc, là ngành trong sinh học nghiên cứu về hệ thống phát sinh chủng loài, hay lịch sử tiến hóa, phát triển và mối quan hệ giữa các nhóm sinh vật (ví dụ như loài, hoặc quần thể). Những phát hiện chủ yếu thông qua ma trận dữ liệu phân tử, dựa trên trình tự axit nucleic và cấu trúc protein. Kết quả của một nghiên cứu phát sinh loài là một phát sinh học - một giả thuyết về lịch sử tiến hóa của các nhóm phân loại.

Vai trò của hóa thạch

Bởi vì nhiều dấu hiệu liên quan đến hoặc là phôi thai, hoặc mô mềm, hoặc các dấu hiệu phân tử, đã không được hóa thạch hóa, dù là tốt nhất. Vì thế giải thích theo các hóa thạch là mơ hồ hơn so với các loài sinh sống, đặc biệt là số loài đã tuyệt chủng gần như lúc nào cũng có tỷ lệ cao hơn trong các dữ liệu còn thiếu so với những loài đang sống. Tuy nhiên, bất chấp những hạn chế, nhưng với những hóa thạch vẫn là vô giá, vì nó có thể cung cấp thông tin trong đoạn thưa thớt của cây tiến hóa, bổ sung các chi nhánh dài và hạn chế trạng thái bất định trung gian. Vì vậy, hóa thạch đóng góp càng nhiều để giải quyết cây như là đơn vị phân loại hiện đại. Hóa thạch có thể xác định độ tuổi của các dòng dõi và chứng minh như thế nào một cây phù hợp với các dữ liệu địa tầng.

External links

• The Tree of Life
• Interactive Tree of Life
• PhyloCode
• ExploreTree
• UCMP Exhibit Halls: Phylogeny Wing
• Willi Hennig Society
• Filogenetica.org in Spanish
• PhyloPat, Phylogenetic Patterns
• SplitsTree, program for computing phylogenetic trees and unrooted phylogenetic networks
• Dendroscope, program for drawing phylogenetic trees and rooted phylogenetic networks
• Phylogenetic inferring on the T-REX server
• Mesquite
• NCBI – Systematics and Molecular Phylogenetics
• Sydney Brenner's seminars: "What Genomes Can Tell Us About the Past"
• Mikko's Phylogeny Archive
• Who is Who in Phylogenetic Networks research papers related to the phylogenetic network
• Phylogenetic Reconstruction from Gene-Order Data
• ETE: A Python Environment for Tree Exploration This is a programming library to analyze, manipulate and visualize phylogenetic trees. See: Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquín; Gabaldón, Toni (2010). “ETE: A python Environment for Tree Exploration”. BMC Bioinformatics. 11: 24. doi:10.1186/1471-2105-11-24. PMC 2820433. PMID 20070885.
• PhylomeDB: A public database hosting thousands of gene phylogenies ranging many different species. See: Huerta-Cepas, J.; Capella-Gutierrez, S.; Pryszcz, L. P.; Denisov, I.; Kormes, D.; Marcet-Houben, M.; Gabaldón, T. (2010). “PhylomeDB v3.0: An expanding repository of genome-wide collections of trees, alignments and phylogeny-based orthology and paralogy predictions”. Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D556–60. doi:10.1093/nar/gkq1109. PMC 3013701. PMID 21075798.
• Lents, N. H.; Cifuentes, O. E.; Carpi, A. (2010). “Teaching the Process of Molecular Phylogeny and Systematics: A Multi-Part Inquiry-Based Exercise”. Cell Biology Education. 9 (4): 513. doi:10.1187/cbe.09-10-0076.