Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Biến thể Alpha SARS-CoV-2”

Bách khoa toàn thư mở Wikipedia
Thay đổi sau →
Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
Trực quanMã wiki
Tạo với bản dịch của trang “Variant of Concern 202012/01”
(Không có sự khác biệt)

Phiên bản lúc 04:53, ngày 27 tháng 12 năm 2020

Biến thể 202012/01 (Variant of Concern 202012/01, VOC-202012/01), trước đây là VUI – 202012/01 [1][a][b] và cũng như dòng B.1.1.7, [2][3] là một biến thể của SARS-CoV-2, virus gây bệnh virus corona 2019 (COVID-19). [4] Biến thể lần đầu tiên được phát hiện vào tháng 10 năm 2020 tại Vương quốc Anh từ một mẫu được lấy vào tháng trước đó, [5] và biến thể này nhanh chóng bắt đầu lây lan vào giữa tháng 12. Sự xuất hiện của biến thể mới có mối tương quan với sự gia tăng đáng kể tỷ lệ nhiễm COVID-19 nơi đây; Sự gia tăng này được cho là ít nhất một phần do sự thay đổi đoạn N501Y bên trong miền liên kết receptor của gai glycoprotein. Đây là miền liên kết với enzyme ACE2 trong tế bào của người.

Phát hiện

Biến thể mới này được phát hiện vào đầu tháng 12 năm 2020, trên cơ sở kết hợp dữ liệu bộ gen và quan sát thực tế rằng tỷ lệ lây nhiễm ở hạt Kent không có xu hướng giảm, bất chấp các lệnh hạn chế trên toàn quốc gia. [6]

Hai bộ gen sớm nhất thuộc dòng B.1.1.7 được thu thập vào ngày 20 tháng 9 năm 2020 ở hạt Kent và một bộ gen khác vào ngày 21 tháng 9 năm 2020 ở Luân Đôn. [7] Các trình tự này được gửi tới cơ sở dữ liệu trình tự GISAID (trình tự EPI_ISL_601443 và EPI_ISL_581117). Tính đến ngày 15 tháng 12, có 1623 bộ gen thuộc dòng B.1.1.7. Trong số này có 519 mẫu ở Luân Đôn, 555 mẫu ở Kent, 545 mẫu ở các vùng khác của Vương quốc Anh gồm cả Scotland và Wales, và 4 mẫu ở các quốc gia khác. [8]

Việc truy vết nhờ bằng chứng di truyền cho thấy biến thể mới này xuất hiện vào tháng 9 năm 2020 và sau đó lưu hành ở mức rất thấp trong quần thể cho đến giữa tháng 11. Sự gia tăng các trường hợp liên quan đến biến thể mới lần đầu tiên được phát hiện vào cuối tháng 11, khi Bộ Y tế Công cộng Anh (PHE) mở cuộc điều tra nguyên nhân tại sao tỷ lệ nhiễm trùng ở hạt Kent không giảm ngay cả khi chính phủ ban hành lệnh hạn chế. Bộ Y tế Công cộng cũng phát hiện biến thể này đang lan nhanh sang Luân Đôn và Essex . [9]

Mặc dù biến thể này được phát hiện lần đầu tiên ở Kent, nhưng rất khó mà biết được nơi bắt nguồn. Có ý kiến cho rằng biến thể này có lẽ đã bắt nguồn từ một người bị suy giảm miễn dịch bị nhiễm bệnh mãn tính, khiến cho virus có thời gian dài để sao chép và tiến hóa. [10][6]

Đặc tính

Di truyền học

Các đột biến xác định ở biến thể VOC-202012/01
(chỉ thay đổi amino acid)
Các đột biến xác định ở biến thể VOC-202012/01
(chỉ thay đổi amino acid)
Các đột biến xác định ở biến thể VOC-202012/01
(chỉ thay đổi amino acid)
Gene Nucleotide Amino acid
ORF1ab C3267T T1001I
C5388A A1708D
T6954C I2230T
11288–11296del SGF 3675–3677del
Gai 21765–21770del HV 69–70del
21991–21993del Y144del
A23063T N501Y
C23271A A570D
C23604A P681H
C23709T T716I
T24506G S982A
G24914C D1118H
ORF8 C27972T Q27stop
G28048T R52I
A28111G Y73C
N 28280 GAT-> CTA D3L
C28977T S235F
Nguồn: Chand và cộng sự (2020), table 1 (p. 5)

Các đột biến trong SARS-CoV-2 khá phổ biến: chỉ trong gai glycoprotein đã có hơn 4000 đột biến đã được phát hiện (COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium,

Tập đoàn gen COVID-19 Vương quốc Anh). [11][12]

Biến thể VOC-202012/01 gồm 23 đột biến: 13 đột biến không đồng nghĩa, 4 đột biến mất đoạn và 6 đột biến câm [13] (tức là có 17 đột biến làm thay đổi protein và 6 đột biến không làm thay đổi [6] ).

Tính lây nhiễm

Tại một cuộc họp trực tuyến vào ngày 18 tháng 12 năm 2020, Nhóm tư vấn về các mối đe dọa do virus đường hô hấp mới và (NERVTAG) kết luận rằng VUI-202012/01 về cơ bản có khả năng lây truyền cao hơn các biến thể khác, nhưng chưa có đủ dữ liệu để đưa ra kết luận về cơ chế căn bản dẫn đến tăng khả năng lây truyền (ví dụ như tăng tải lượng virus, phân bố mô sao chép của virus, khoảng thời gian nối tiếp, v.v.), phân bố theo tuổi của các ca bệnh, hoặc mức độ nghiêm trọng của bệnh. [14] Dữ liệu được NERVTAG xem bao gồm phân tích bộ gen cho thấy tỷ lệ hiện mắc (prevalence odds) tương đối của biến thể này tăng gấp đôi sau mỗi 6,4 ngày. Với khoảng cách thế hệ là 6,5 ngày suy ra hệ số lựa chọn (selection coefficient) là [15] [16] Nhóm cũng phát hiện mối tương quan giữa sự tăng lên của hệ số lây nhiễm cơ bản song hành với sự tồn tại của dòng B.1.1.7. Mặc dù còn có thể có những giải thích khác nhưng có khả năng là biến thể này dễ lây lan hơn; các nghiên cứu trong phòng thí nghiệm trong tương lai sẽ làm rõ điều này. [6] Một trong những thay đổi đáng chú ý nhất trong VOC-202012/01 là đoạn N501Y, [11] sự thay đổi từ asparagin (N) thành tyrosine (Y) tại vị trí amino acid thứ 501.[17] Sở dĩ đột biến này quan trọng vì đây là miền liên kết receptor (RBD) của gai glycoprotein (bên trong môtíp liên kết receptor (receptor-binding motif , RBM), [18] một phần của miền RBD [19]và vì đây là vị trí gắn với enzyme ACE2 của người.[18] Các đột biến trong miền RBD có thể làm thay đổi khả năng nhận dạng kháng thể và tính đặc hiệu liên kết đối với ACE2. [18] Hơn nữa, đột biến có thể giúp virus dễ lây nhiễm hơn. Thật vậy, trong một báo cáo do Sức khỏe Công cộng Anh xuất bản vào ngày 21 tháng 12 năm 2020 (Chand và cs) kết luận rằng "có nhiều khả năng N501Y ảnh hưởng đến ái lực liên kết receptor của protein gai và có thể đột biến này đơn lẻ hoặc kết hợp với sự mất đoạn ở vị trí 69/70 trong miền đầu N, giúp tăng cường khả năng lây truyền của virus ”. [13]

Thủ tướng Anh Boris Johnson cho biết vào ngày 19 tháng 12 năm 2020 rằng biến thể mới có khả năng lây nhiễm tăng 70% so với các biến thể trước đó, mặc dù vẫn chưa chắc chắn. [20] [21] Chính phủ Pháp phản bác ý kiến của Johnson, cho rằng khả năng lây nhiễm"chưa được chứng minh ở giai đoạn này". [22] Vivek Murthy, cựu Tổng Y sĩ Hoa Kỳ, cũng cho rằng rằng biến thể này có khả năng lây truyền cao hơn. [23] [24]

Độc lực

Hiệu quả của vắc xin

Lây lan

Điều khiển

Xem thêm

  • Cluster 5, một biến thể của SARS-CoV-2 được tìm thấy trong các trang trại nuôi chồn ở Đan Mạch với một đột biến trong miền liên kết receptor Y453F
  • Biến thể 501.V2, một biến thể của SARS-CoV-2 được tìm thấy ở Nam Phi, cũng xuất hiện thay đổi ở đoạn N501Y và hai thay đổi khác trong miền liên kết receptor

Tham khảo

Giải thích
  1. ^ Lỗi chú thích: Thẻ <ref> sai; không có nội dung trong thẻ ref có tên không có dấu gạch ngang
  2. ^ Lỗi chú thích: Thẻ <ref> sai; không có nội dung trong thẻ ref có tên thuật ngữ

Lỗi chú thích: Thẻ <ref> có tên “withoutdash” được định nghĩa trong <references> không được đoạn văn bản trên sử dụng.

Lỗi chú thích: Thẻ <ref> có tên “nomenclature” được định nghĩa trong <references> không được đoạn văn bản trên sử dụng.
Nguồn
  1. ^ “PHE investigating a novel strain of COVID-19”. Public Health England. 14 tháng 12 năm 2020.
  2. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Bản báo cáo). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.Quản lý CS1: nhiều tên: danh sách tác giả (liên kết)
  3. ^ Kupferschmidt, Kai (20 tháng 12 năm 2020). “Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear”. Science Mag (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 21 tháng 12 năm 2020.Quản lý CS1: ref trùng mặc định (liên kết)
  4. ^ Zimmer, Carel; Carey, Benedict (21 tháng 12 năm 2020). “The U.K. Coronavirus Variant: What We Know = A newly identified variant of the SARS-CoV-2 virus appears to be more contagious than established ones. Here's what scientists know”. The New York Times. Truy cập ngày 23 tháng 12 năm 2020.
  5. ^ “Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK”. BBC News. 20 tháng 12 năm 2020.
  6. ^ a b c d Peacock, Sharon (22 tháng 12 năm 2020). “Here's what we know about the new variant of coronavirus”. The Guardian.
  7. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Bản báo cáo). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.Quản lý CS1: nhiều tên: danh sách tác giả (liên kết)
  8. ^ Rambaut, Andrew; Loman, Nick; Pybus, Oliver; Barclay, Wendy; Barrett, Jeff; Carabelli, Alesandro; Connor, Tom; Peacock, Tom; L. Robertson, David; Vol, Erik (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations (Bản báo cáo). Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.Quản lý CS1: nhiều tên: danh sách tác giả (liên kết)
  9. ^ “COVID-19 (SARS-CoV-2): information about the new virus variant”. Gov.uk. Public Health England. 20 tháng 12 năm 2020. Truy cập ngày 21 tháng 12 năm 2020.
  10. ^ “New coronavirus variant: What do we know?”. BBC. Truy cập ngày 22 tháng 12 năm 2020.
  11. ^ a b Wise, Jacqui (16 tháng 12 năm 2020). “Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK”. The BMJ (bằng tiếng Anh). 371. doi:10.1136/bmj.m4857. ISSN 1756-1833. PMID 33328153.
  12. ^ Korber, Bette; Fischer, Will M.; Gnanakaran, Sandrasegaram; Yoon, Hyejin; Theiler, James; Abfalterer, Werner; Hengartner, Nick; Giorgi, Elena E.; Bhattacharya, Tanmoy (20 tháng 8 năm 2020). “Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus”. Cell. 182 (4): 812–827.e19. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. PMC 7332439. PMID 32697968 – qua ScienceDirect. Đã bỏ qua tham số không rõ |displayauthors= (gợi ý |display-authors=) (trợ giúp)
  13. ^ a b Chand et al. (2020).
  14. ^ New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (18 tháng 12 năm 2020). “NERVTAG meeting on SARS-CoV-2 variant under investigation: VUI-202012/01”.
  15. ^ “New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment”.
  16. ^ “COG-UK Showcase Event - YouTube”. www.youtube.com. Truy cập ngày 25 tháng 12 năm 2020.
  17. ^ COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest | Report 1 (PDF) (Bản báo cáo). COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 tháng 12 năm 2020. tr. 7.
  18. ^ a b c COG-UK (2020).
  19. ^ Yi, C.; Sun, X.; Ye, J.; et al. (2020). "Key residues of the receptor binding motif in the spike protein of SARS-CoV-2 that interact with ACE2 and neutralizing antibodies". Cellular & Molecular Immunology. 17: 621–630. doi:10.1038/s41423-020-0458-z. "
  20. ^ “Covid: WHO in 'close contact' with UK over new virus variant”. BBC News. 20 tháng 12 năm 2020.
  21. ^ “As it happened: Stricter Covid rules for Christmas outlined”. BBC News. 19 tháng 12 năm 2020.
  22. ^ “Covid vaccines 'still effective' against fast-spreading mutant strain”. Metro. 20 tháng 12 năm 2020.
  23. ^ GRIESHABER, KIRSTEN; HUI, SYLVIA (21 tháng 12 năm 2020). “More EU nations ban travel from UK, fearing virus variant”. AP NEWS.
  24. ^ Berger, Miriam (20 tháng 12 năm 2020). “Countries across Europe halt flights from Britain over concerns about coronavirus mutation”. Washington Post (bằng tiếng Anh). ISSN 0190-8286. Bản gốc lưu trữ ngày 20 tháng 12 năm 2020. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.
  25. ^ “UK reports new variant, termed VUI 202012/01”. GISAID. Truy cập ngày 20 tháng 12 năm 2020.
  26. ^ Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom (PDF) (Bản báo cáo). European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). 20 tháng 12 năm 2020.
Lỗi chú thích: Thẻ <ref> có tên “Chandetal.” được định nghĩa trong <references> không được đoạn văn bản trên sử dụng.

Liên kết ngoài

Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/w/index.php?title=Biến_thể_Alpha_SARS-CoV-2&oldid=64189572”