Thành viên:Naazulene/Điều hòa dị lập thể

Bách khoa toàn thư mở Wikipedia


Allosteric regulation of an enzyme

Trong hóa sinh, điều hòa dị lập thể hay điều hòa dị hình không gian, điều hòa biến cấu là sự điều hòa hoạt động của enzyme bằng chất tác động biến cấu lên một vùng không phải trung tâm hoạt động.[1]

Vùng được trực tiếp tác động vào gọi là vùng điều hòa hoặc vùng điều chỉnh. Vùng điều hòa cho phép phân tử tác động biến cấu bám vào, làm enzyme thay đổi hình dáng từ đó thay đổi tính chất. Chất tác động biến cấu làm tăng hoạt tính enzyme gọi là "chất hoạt hóa dị lập thể"; còn giảm hoạt tính thì gọi là "chất ức chế dị lập thể".

Điều hòa dị lập thể là một ví dụ của vòng lặp điều hòa, trong đó sản phẩm dưới xuôi điều hòa các phản ứng trên thượng (cơ chế mối liên hệ ngược). Chuỗi điều hòa dị lập thể dài rất quan trọng trong tín hiệu tế bào.[2] Điều hòa dị lập thể cũng quan trọng trong khả năng tế bào kiểm soát hoạt động của enzyme.

Điều hòa dị lập thể dễ bị nhầm lẫn với điều hòa không cạnh tranh. Tuy phần lớn cơ chế thuộc phân loại này cũng thuộc về phân loại kia, điều hòa không cạnh tranh không nhất thiết bao gồm sự thay đổi cấu hình (trong một số trường hợp, chất ức chế bám vào vùng hoạt động làm ức chế vùng đó, nhưng cơ chất vẫn bám vào enzyme như bình thường).[3]

Từ nguyên[sửa | sửa mã nguồn]

Trong tiếng Anh, sự thay đổi cấu trúc của protein là "allostery", trong đó "allo-" là khác, "-stereos" là vật rắn (nguồn gốc tiếng Hy Lạp cổ).

Trong tiếng Việt, hiện tượng này chưa được thống nhất tên gọi. Lí do là vì các nhà xuất bản, dịch giả có các cách dịch từ tiếng Anh khác nhau. Vì thế, nó có ít nhất ba tên gọi như đã đề cập ở đầu bài viết:

  • Dị lập thể: "dị" là khác, "lập" là toàn khối, "thể" là dạng. "Lập thể" có lẽ liên quan đến chủ nghĩa lập thể trong hội họa.
  • Dị hình không gian: "dị" là khác, "hình" trong hình dáng. Có từ này vì trong hiện tượng này, enzyme bị thay đổi cấu trúc không gian.
  • Biến cấu: "biến" là thay đổi, "cấu" trong cấu trúc.

Trong bài viết này, tác giả sẽ sử dụng điều hòa dị lập thể, nhưng chất tác động biến cấu theo độ phổ biến của từng thuật ngữ tương ứng, tuy có thể dẫn đến sự thiếu thống nhất.

Các mô hình[sửa | sửa mã nguồn]

A - Vùng hoạt động
B - Vùng điều hòa
C - Cơ chất
D - Chất ức chế (chất tác động biến cấu)
E - Enzyme

Phần lớn các hiệu ứng dị hình không gian có thể được giải thích bởi mô hình phối hợp (còn gọi là mô hình MWC, do Monod, Wyman và Changeux thực hiện)[4] hoặc mô hình trình tự (còn gọi là mô hình KNF, do Koshland, Nemethy, và Filmer thực hiện).[5] Cả hai mô hình này đều cho rằng các tiểu đơn vị protein tồn tại dưới hai dạng: căng (T) hoặc giãn (R), và tiểu đơn vị ở trạng thái giãn sẽ dễ gắn với cơ chất hơn. Sự khác biệt lớn nhất giữa hai mô hình là giả định về tương tác giữa các tiểu đơn vị và dạng ban đầu của chúng. Khi cho rằng protein có các tiểu đơn vị tồn tại ở nhiều hơn hai dạng, mô hình vùng đất dị lập thể (còn gọi là mô hình CWL, do Cuendet, Weinstein và LeVine thực hiện).[6]

Mô hình phối hợp (MWC)[sửa | sửa mã nguồn]

Mô hình phối hợp, hay mô hình đối xứng, mô hình MWC, cho rằng các tiểu đơn vị của enzyme kết nối theo một cách mà khi có sự chuyển dạng của một tiểu đơn vị thì các tiểu đơn vị còn lại cũng sẽ bị chuyển theo. Vì thế, tất cả tiểu đơn vị trong cũng một thời điểm sẽ có cùng dạng (căng hoặc giãn). Thêm vào đó, mô hình này cho rằng khi thiếu vắng bất cứ phối tử nào, cân bằng sẽ chuyển dịch sang một trong hai dạng. Sự chuyển dịch này được gây ra bởi hoạt động đính vào của một phối tử hoặc một chất tác động biến cấu vào một vùng không phải vùng hoạt động.

Mô hình trình tự (KNF)[sửa | sửa mã nguồn]

Mô hình trình tự cho rằng các tiểu đơn vị kết nối với nhau theo một cách mà khi có sự chuyện dang của một tiểu đơn vị thì các tiểu đơn vị còn lại cũng bị ảnh hưởng. Tuy nhiên, các tiểu đơn vị không nhất thiết phải ở cùng dạng. Thêm vào đó, mô hình trình tự cho rằng các phân tử của cơ chất đính vào enzyme theo sự tương thích do cảm ứng. Khi sự tương thích này làm tiểu đơn vị biến đổi từ dạng căng thành dạng giãn, chúng không làm cho các tiểu đơn vị kề cần đổi dạng theo. Mà thay vó đó, sự đính cơ chất của một tiểu đơn vị chỉ làm cấu trúc của các tiểu đơn vị khác thay đổi chút xíu để phù hợp với hình dạng của cơ chất. Để tóm tắt:

  • các tiểu đơn vị không cần có cùng dạng
  • có sự tương thích do cảm ứng
  • sự thay đổi cấu trúc không lan ra tất cả tiểu đơn vị

Mô hình morpheein[sửa | sửa mã nguồn]

Mô hình morpheein là một mô hình phối hợp phân tích.[7] Trong đó, morpheein được định nghĩa là một cấu trúc đồng oligome gồm các phần tử bậc bốn có chức năng và hiệu quả sinh lí khác nhau. Sự chuyển đổi giữa các dạng của morpheein bao gồm sự phân li oligomer, sự chuyển dạng của thể phân li và sự tái tập hợp thành một oligomer khác. Bước phân li oligomer là bước đặc trưng của mô hình này, so với các mô hình cũ hơn là MWC và KNF.

Porphobilinogen synthase (PBGS) là một morpheein nguyên mẫu.

Mô hình dàn nhạc[sửa | sửa mã nguồn]

Mô hình dàn nhạc liệt kê các "dàn nhạc thống kê" như một hàm thuộc hàm tổng thế năng của nó, từ đó liên hệ những đại lượng thống kê cụ thể của điều hòa dị lập thể vào các thuật ngữ năng lượng cụ thể trong hàm năng lượng (ví dụ như cầu ion giữa hai miền).[8] Mô hình dàn nhạc, bao gồm mô hình dàn nhạc dị lập thế[9] và mô hình Ising cho rằng mỗi miền của hệ thống có hai dạng tương tự như mô hình MWC (mô hình phối hợp). Mô hình vùng đất dị lập thể (CWL)[6] cho phép các miền có bất kì số lượng thể và đóng góp của chúng vào các tương tác phân tử cụ thể trong sự ghép đôi dị lập thể có thể được ước lượng bằng một số định luật có tính chính xác cao. Các mô phỏng động lực học phân tử có thể được sử dụng để ước lượng dàn nhạc thống kê của một hệ thống để phân tích bằng mô hình vùng đất dị lập thể.

Sự điều biến dị lập thể[sửa | sửa mã nguồn]

Bài chi tiết: Sự điều biến dị lập thể

Sự điều biến dị lập thể được sử dụng để biến đổi hoạt động của các phân tử và enzyme trong hoá sinh và dược lí học. Đặt vào so sánh, một loại thuốc bình thường được đặc chế để dính vào vùng hoạt động của enzyme, từ đó ngăn cản các cơ chất gắn vào enzyme nhằm làm giảm hoạt động của nó. Trong khi đó, thuốc điều biến dị lập thể đính vào vùng điều hoà của một enzyme và thay đổi hoạt động của nó, cụ thể là làm thay đổi hình dáng của vùng hoạt động. Khác với thuốc thông thường, thuốc điều biến dị lập thể không phải là chất ức chế cạnh tranh. Chúng có thể có hoạt tính dương (tăng hoạt động của enzyme) hoặc âm (giảm hoạt động của enzyme). Việc sử dụng thuốc điều biến dị lập thể cho phép kiểm soát hoạt động của enzyme một cách đặc hiệu, nên chúng rất hiệu quả trong dược lí học.[10] Trong một hệ sinh học, sự điều biến dị lập thể có thể khó phân biệt với cơ chế trình bày cơ chất.

Mô hình cảm nhận năng lượng[sửa | sửa mã nguồn]

Các vùng khác nhau của enzyme được sử dụng như phương tiện liên lạc giữa các cơ chất; ví dụ như giữa AMP và G6P; những vùng như này cũng được sử dụng như cơ chế cảm nhận hoạt tính của enzyme.[11] Một ví dụ của mô hình này được phát hiện ở loài Mycobacterium tuberculosis, một vi khuẩn thích nghi cao để sống với các đại thực bào của người.

Điều biến dương[sửa | sửa mã nguồn]

Điều biến dị lập thể dương (còn được gọi là hoạt hóa dị lập thể) diễn ra khi sự đính vào của một phối tử giúp tăng độ dính của vùng hoạt động của protein với cơ chất. Một ví dụ của điều này là sự đính của phân tử oxy vào hemoglobin, trong đó oxy vừa là chất tác động biến cấu vừa là cơ chất. Vùng điều hòa là vùng hoạt động của tiểu đơn vị protein cận kề. Oxy đính vào một tiểu đơn vị sẽ làm tiểu đơn vị đó đổi dạng, kiến các tiểu đơn vị khác cũng đổi dạng theo và ái lực của protein với oxy tăng.

Một ví dụ khác của điều biến dương được quan sát trong 5'-nucleotidase II bào tương đặc hiệu với IMP-GMP (cN-II), trong đó ái lực với cơ chất GMP tăng khi GTP đính vào bề mặt chung nhị trùng.

Điều biến âm[sửa | sửa mã nguồn]

Điều biến dị lập thể âm (còn được gọi là ức chế dị lập thể) diễn ra khi sự đính vào của một phối tử làm ái lực của vùng hoạt động với cơ chất giảm. Ví dụ, khi 2,3-BPG đính vào vùng điều hòa của hemoglobin, ái lực của tất cả tiểu đơn vị protein với oxy đều giảm, dù không có chất điều hòa nào đính vào vùng hoạt động (không có sự ức chế cạnh tranh).

Chất ức chế thrombin trực tiếp là một ví dụ tuyệt vời của điều biến âm, trong đó chất ức chế thrombin dị lập thể được cho là có khả năng được sử dụng như một chất chống đông.

Một ví dụ khác là strychnine, một chất độc gây co giật, có khả năng ức chế dị lập thể thụ thể glycine. Glycine là một chất dẫn truyền thần kinh ức chế hậu xináp ở tủy sống và thân não. Strychnine khi bám vào vùng điều hòa của thụ thể glycine sẽ khiến thụ thể giảm ái lực với glycine. Từ đó strychnine ức chế hoạt động của một chất dẫn truyền ức chế, dẫn đến co giật.

Một ví dụ khác trong đó sự điều biến dị lập thể âm là giữa ATP và enzyme phosphofructokinase ở vòng lặp âm điều hòa đường phân. Phosphofructokinase (thường gọi là PFK) là một enzyme thủy phân đường ở bước thứ ba trong đường phân: phosphoryl hóa fructose-6-phosphate thành fructose 1,6-bisphosphate. PFK có thể bị ức chế dị lập thể bởi nồng độ ATP nội bào cao. Khi nồng độ ATP cao, ATP sẽ đính vào vùng điều hòa của phosphofructokinase, khiến nó thay đổi cấu hình không gian. Sự thay đổi này khiến ái lực giữa enzyme (phosphofructokinase) và cơ chất (ATP và glucose) giảm, enzyme bị bất hoạt, quá trình đường phân dừng lại, kết quả cuối cùng là glucose được giữ lại và nồng độ ATP nội bào được cân bằng. Theo cách này, ATP hoạt động như một chất điều biến âm cho PFK, dù nó cũng là cơ chất.

Phân loại[sửa | sửa mã nguồn]

Đồng hưởng[sửa | sửa mã nguồn]

Các chất điều biến đồng hưởng vừa là chất điều biến, vừa là cơ chất của protein đó; chúng thường là chất hoạt hóa (điều biến dương).[1]

  • Ví dụ 1: O2 và CO là chất điều biến dị lập thể đồng hưởng của homglobin.
  • Một ví dụ khác: trong enzyme bậc bốn 5' nucleotidase đặc hiệu IMP/GMP, một tiểu đơn vị bị phân tử GMP đính vào sẽ tăng ái lực đối với GMP, đồng thời khiến các tiểu đơn vị khác tăng ái lực với GMP. Điều này được thể hiện trong đồ thị hình chữ S về mối quan hệ giữa cơ chất và tốc độ phản ứng.[1]

Dị hưởng[sửa | sửa mã nguồn]

Các chất điều biến dị hưởng không phải là cơ chất của enzyme tương ứng nên chúng có thể là chất hoạt hóa hoặc chất ức chế. Ví dụ: H+, CO2, và 2,3-bisphosphoglycerate là chất điều biến dị lập thể dị hưởng của hemoglobin.[12] Và một lần nữa, đối với 5' nucleotidase đặc hiệu IMP/GMP, sự đính vào của phân tử GTP vào bề mặt chung nhị trùng của enzyme bậc bốn dấn đến sự tăng ái lực đối với GMP ở vùng hoạt động, thể hiện tính hoạt hóa dị lập thể kiểu K.

Như đã nói nhiều lần ở trên, một số enzyme dị lập thể có thể được điều hòa bởi cả cơ chất của nó và chất khác, những protein đó có thể tương tác đồng và dị hưởng.[1]

Essential activators[sửa | sửa mã nguồn]

Some allosteric activators are referred to as "essential", or "obligate" activators, in the sense that in their absence, the activity of their target enzyme activity is very low or negligible, as is the case with N-acetylglutamate's activity on carbamoyl phosphate synthetase I, for example.[13][14]

Dị lập thể phi điều hòa[sửa | sửa mã nguồn]

Vùng dị lập thẻ khôgn điều hòa là bất kì vùng không điều hòa nào của enzyme (hoặc protein khác), mà không phải một amino acid. Ví dụ, nhiều enzyme cần sodium đính vào để hoạt động đúng cách. Tuy nhiên, sodium không thật sự hoạt động như một tiểu đơn vị điều hòa; sodium lúc nào cũng có ở đó và không có cơ chế đã biết nào để thêm/bớt sodium để điều hòa hoạt động của enzyme. Dị lập thể phi điều hòa có thể bao gồm bất kì ion nào ngoài sodium (calcium, magnesium, kẽm), cũng như các chất hóa học khác bao gồm vitamins.

Dược lí học[sửa | sửa mã nguồn]

Allosteric modulation of a receptor results from the binding of allosteric modulators at a different site (a "regulatory site") from that of the endogenous ligand (an "active site") and enhances or inhibits the effects of the endogenous ligand. Under normal circumstances, it acts by causing a conformational change in a receptor molecule, which results in a change in the binding affinity of the ligand. In this way, an allosteric ligand modulates the receptor's activation by its primary orthosteric ligand, and can be thought to act like a dimmer switch in an electrical circuit, adjusting the intensity of the response.

For example, the GABAA receptor has two active sites that the neurotransmitter gamma-aminobutyric acid (GABA) binds, but also has benzodiazepine and general anaesthetic agent regulatory binding sites. These regulatory sites can each produce positive allosteric modulation, potentiating the activity of GABA. Diazepam is an positive allosteric modulator at the benzodiazepine regulatory site, and its antidote flumazenil is an antagonist.

More recent examples of drugs that allosterically modulate their targets include the calcium-mimicking cinacalcet and the HIV treatment maraviroc.

Allosteric sites as drug targets[sửa | sửa mã nguồn]

Allosteric sites may represent a novel drug target. There are a number of advantages in using allosteric modulators as preferred therapeutic agents over classic orthosteric ligands. For example, G protein-coupled receptor (GPCR) allosteric binding sites have not faced the same evolutionary pressure as orthosteric sites to accommodate an endogenous ligand, so are more diverse.[15] Therefore, greater GPCR selectivity may be obtained by targeting allosteric sites.[15] This is particularly useful for GPCRs where selective orthosteric therapy has been difficult because of sequence conservation of the orthosteric site across receptor subtypes.[16] Also, these modulators have a decreased potential for toxic effects, since modulators with limited co-operativity will have a ceiling level to their effect, irrespective of the administered dose.[15] Another type of pharmacological selectivity that is unique to allosteric modulators is based on co-operativity. An allosteric modulator may display neutral co-operativity with an orthosteric ligand at all subtypes of a given receptor except the subtype of interest, which is termed "absolute subtype selectivity".[16] If an allosteric modulator does not possess appreciable efficacy, it can provide another powerful therapeutic advantage over orthosteric ligands, namely the ability to selectively tune up or down tissue responses only when the endogenous agonist is present.[16] Oligomer-specific small molecule binding sites are drug targets for medically relevant morpheeins.[17]

Synthetic allosteric systems[sửa | sửa mã nguồn]

There are many synthetic compounds containing several noncovalent binding sites, which exhibit conformational changes upon occupation of one site. Cooperativity between single binding contributions in such supramolecular systems is positive if occupation of one binding site enhances the affinity ΔG at a second site, and negative if the affinity isn't highered. Most synthetic allosteric complexes rely on conformational reorganization upon the binding of one effector ligand which then leads to either enhanced or weakened association of second ligand at another binding site.[18][19][20] Conformational coupling between several binding sites is in artificial systems usually much larger than in proteins with their usually larger flexibility. The parameter which determines the efficiency (as measured by the ratio of equilibrium constants Krel = KA(E)/KA in presence and absence of an effector E ) is the conformational energy needed to adopt a closed or strained conformation for the binding of a ligand A.[21]

In many multivalent supramolecular systems[22] direct interaction between bound ligands can occur, which can lead to large cooperativities. Most common is such a direct interaction between ions in receptors for ion-pairs.[23][24] This cooperatitiy is often also referred to as allostery, even though conformational changes here are not necessarily triggering binding events.

Online resources[sửa | sửa mã nguồn]

Allosteric database[sửa | sửa mã nguồn]

Allostery is a direct and efficient means for regulation of biological macromolecule function, produced by the binding of a ligand at an allosteric site topographically distinct from the orthosteric site. Due to the often high receptor selectivity and lower target-based toxicity, allosteric regulation is also expected to play an increasing role in drug discovery and bioengineering. The AlloSteric Database (ASD, http://mdl.shsmu.edu.cn/ASD)[25] provides a central resource for the display, search and analysis of the structure, function and related annotation for allosteric molecules. Currently, ASD contains allosteric proteins from more than 100 species and modulators in three categories (activators, inhibitors, and regulators). Each protein is annotated with detailed description of allostery, biological process and related diseases, and each modulator with binding affinity, physicochemical properties and therapeutic area. Integrating the information of allosteric proteins in ASD should allow the prediction of allostery for unknown proteins, to be followed with experimental validation. In addition, modulators curated in ASD can be used to investigate potential allosteric targets for a query compound, and can help chemists to implement structure modifications for novel allosteric drug design.

Allosteric residues and their prediction[sửa | sửa mã nguồn]

Not all protein residues play equally important roles in allosteric regulation. The identification of residues that are essential to allostery (so-called “allosteric residues”) has been the focus of many studies, especially within the last decade.[26][27][28][29][30][31][32][33] In part, this growing interest is a result of their general importance in protein science, but also because allosteric residues may be exploited in biomedical contexts. Pharmacologically important proteins with difficult-to-target sites may yield to approaches in which one alternatively targets easier-to-reach residues that are capable of allosterically regulating the primary site of interest.[34] These residues can broadly be classified as surface- and interior-allosteric amino acids. Allosteric sites at the surface generally play regulatory roles that are fundamentally distinct from those within the interior; surface residues may serve as receptors or effector sites in allosteric signal transmission, whereas those within the interior may act to transmit such signals.[35]

See also[sửa | sửa mã nguồn]

References[sửa | sửa mã nguồn]

  1. ^ a b c d Srinivasan B, Forouhar F, Shukla A, Sampangi C, Kulkarni S, Abashidze M, Seetharaman J, Lew S, Mao L, Acton TB, Xiao R, Everett JK, Montelione GT, Tong L, Balaram H (tháng 3 năm 2014). “Allosteric regulation and substrate activation in cytosolic nucleotidase II from Legionella pneumophila”. The FEBS Journal. 281 (6): 1613–1628. doi:10.1111/febs.12727. PMC 3982195. PMID 24456211.
  2. ^ Bu Z, Callaway DJ (2011). “Proteins move! Protein dynamics and long-range allostery in cell signaling”. Protein Structure and Diseases. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. 83. tr. 163–221. doi:10.1016/B978-0-12-381262-9.00005-7. ISBN 9780123812629. PMID 21570668.
  3. ^ “question 1.30”. ccnmtl.columbia.edu. Truy cập 21 tháng Chín năm 2022.
  4. ^ Monod J, Wyman J, Changeux JP (tháng 5 năm 1965). “On the nature of allosteric transitions:A plausible model”. Journal of Molecular Biology. 12: 88–118. doi:10.1016/s0022-2836(65)80285-6. PMID 14343300.
  5. ^ Koshland DE, Némethy G, Filmer D (tháng 1 năm 1966). “Comparison of experimental binding data and theoretical models in proteins containing subunits”. Biochemistry. 5 (1): 365–85. doi:10.1021/bi00865a047. PMID 5938952.
  6. ^ a b Cuendet MA, Weinstein H, LeVine MV (tháng 12 năm 2016). “The Allostery Landscape: Quantifying Thermodynamic Couplings in Biomolecular Systems”. Journal of Chemical Theory and Computation. 12 (12): 5758–5767. doi:10.1021/acs.jctc.6b00841. PMC 5156960. PMID 27766843.
  7. ^ Jaffe EK (tháng 9 năm 2005). “Morpheeins--a new structural paradigm for allosteric regulation”. Trends in Biochemical Sciences. 30 (9): 490–7. doi:10.1016/j.tibs.2005.07.003. PMID 16023348.
  8. ^ Motlagh HN, Wrabl JO, Li J, Hilser VJ (tháng 4 năm 2014). “The ensemble nature of allostery”. Nature. 508 (7496): 331–9. Bibcode:2014Natur.508..331M. doi:10.1038/nature13001. PMC 4224315. PMID 24740064.
  9. ^ Hilser VJ, Wrabl JO, Motlagh HN (2012). “Structural and energetic basis of allostery”. Annual Review of Biophysics. 41: 585–609. doi:10.1146/annurev-biophys-050511-102319. PMC 3935618. PMID 22577828.
  10. ^ Abdel-Magid AF (tháng 2 năm 2015). “Allosteric modulators: an emerging concept in drug discovery”. ACS Medicinal Chemistry Letters. 6 (2): 104–7. doi:10.1021/ml5005365. PMC 4329591. PMID 25699154.
  11. ^ Zhong W, Cui L, Goh BC, Cai Q, Ho P, Chionh YH, Yuan M, Sahili AE, Fothergill-Gilmore LA, Walkinshaw MD, Lescar J, Dedon PC (tháng 12 năm 2017). “Allosteric pyruvate kinase-based "logic gate" synergistically senses energy and sugar levels in Mycobacterium tuberculosis”. Nature Communications. 8 (1): 1986. Bibcode:2017NatCo...8.1986Z. doi:10.1038/s41467-017-02086-y. PMC 5719368. PMID 29215013.
  12. ^ Edelstein SJ (1975). “Cooperative interactions of hemoglobin”. Annual Review of Biochemistry. 44: 209–32. doi:10.1146/annurev.bi.44.070175.001233. PMID 237460.
  13. ^ Shi D, Allewell NM, Tuchman M (tháng 6 năm 2015). “The N-Acetylglutamate Synthase Family: Structures, Function and Mechanisms”. International Journal of Molecular Sciences. 16 (6): 13004–22. doi:10.3390/ijms160613004. PMC 4490483. PMID 26068232.
  14. ^ de Cima S, Polo LM, Díez-Fernández C, Martínez AI, Cervera J, Fita I, Rubio V (tháng 11 năm 2015). “Structure of human carbamoyl phosphate synthetase: deciphering the on/off switch of human ureagenesis”. Scientific Reports. 5 (1): 16950. Bibcode:2015NatSR...516950D. doi:10.1038/srep16950. PMC 4655335. PMID 26592762.
  15. ^ a b c Christopoulos A, May LT, Avlani VA, Sexton PM (tháng 11 năm 2004). “G-protein-coupled receptor allosterism: the promise and the problem(s)”. Biochemical Society Transactions. 32 (Pt 5): 873–7. doi:10.1042/BST0320873. PMID 15494038.
  16. ^ a b c May LT, Leach K, Sexton PM, Christopoulos A (2007). “Allosteric modulation of G protein-coupled receptors”. Annual Review of Pharmacology and Toxicology. 47: 1–51. doi:10.1146/annurev.pharmtox.47.120505.105159. PMID 17009927.
  17. ^ Jaffe EK (2010). “Morpheeins – A New Pathway for Allosteric Drug Discovery~!2010-02-12~!2010-05-21~!2010-06-08~!”. The Open Conference Proceedings Journal. 1: 1–6. doi:10.2174/2210289201001010001. PMC 3107518. PMID 21643557.
  18. ^ Takeuchi M, Ikeda M, Sugasaki A, Shinkai S (tháng 11 năm 2001). “Molecular design of artificial molecular and ion recognition systems with allosteric guest responses”. Accounts of Chemical Research. 34 (11): 865–73. doi:10.1021/ar0000410. PMID 11714258.
  19. ^ Kremer C, Lützen A (tháng 5 năm 2013). “Artificial allosteric receptors”. Chemistry. 19 (20): 6162–96. doi:10.1002/chem.201203814. PMID 23463705.
  20. ^ Kovbasyuk L, Krämer R (tháng 6 năm 2004). “Allosteric supramolecular receptors and catalysts”. Chemical Reviews. 104 (6): 3161–87. doi:10.1021/cr030673a. PMID 15186190.
  21. ^ Schneider HJ (tháng 9 năm 2016). “Efficiency parameters in artificial allosteric systems”. Organic & Biomolecular Chemistry. 14 (34): 7994–8001. doi:10.1039/c6ob01303a. PMID 27431438.
  22. ^ Badjić JD, Nelson A, Cantrill SJ, Turnbull WB, Stoddart JF (tháng 9 năm 2005). “Multivalency and cooperativity in supramolecular chemistry”. Accounts of Chemical Research. 38 (9): 723–32. doi:10.1021/ar040223k. PMID 16171315.
  23. ^ Kim SK, Sessler JL (tháng 10 năm 2010). “Ion pair receptors”. Chemical Society Reviews. 39 (10): 3784–809. doi:10.1039/c002694h. PMC 3016456. PMID 20737073.
  24. ^ McConnell AJ, Beer PD (tháng 5 năm 2012). “Heteroditopic receptors for ion-pair recognition”. Angewandte Chemie. 51 (21): 5052–61. doi:10.1002/anie.201107244. PMID 22419667.
  25. ^ Huang Z, Zhu L, Cao Y, Wu G, Liu X, Chen Y, Wang Q, Shi T, Zhao Y, Wang Y, Li W, Li Y, Chen H, Chen G, Zhang J (tháng 1 năm 2011). “ASD: a comprehensive database of allosteric proteins and modulators”. Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D663–9. doi:10.1093/nar/gkq1022. PMC 3013650. PMID 21051350.
  26. ^ Panjkovich A, Daura X (tháng 10 năm 2012). “Exploiting protein flexibility to predict the location of allosteric sites”. BMC Bioinformatics. 13: 273. doi:10.1186/1471-2105-13-273. PMC 3562710. PMID 23095452.
  27. ^ Süel GM, Lockless SW, Wall MA, Ranganathan R (tháng 1 năm 2003). “Evolutionarily conserved networks of residues mediate allosteric communication in proteins”. Nature Structural Biology. 10 (1): 59–69. doi:10.1038/nsb881. PMID 12483203. S2CID 67749580.
  28. ^ Mitternacht S, Berezovsky IN (tháng 9 năm 2011). “Binding leverage as a molecular basis for allosteric regulation”. PLOS Computational Biology. 7 (9): e1002148. Bibcode:2011PLSCB...7E2148M. doi:10.1371/journal.pcbi.1002148. PMC 3174156. PMID 21935347.
  29. ^ Gasper PM, Fuglestad B, Komives EA, Markwick PR, McCammon JA (tháng 12 năm 2012). “Allosteric networks in thrombin distinguish procoagulant vs. anticoagulant activities”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (52): 21216–22. doi:10.1073/pnas.1218414109. PMC 3535651. PMID 23197839.
  30. ^ Ghosh A, Vishveshwara S (tháng 11 năm 2008). “Variations in clique and community patterns in protein structures during allosteric communication: investigation of dynamically equilibrated structures of methionyl tRNA synthetase complexes”. Biochemistry. 47 (44): 11398–407. doi:10.1021/bi8007559. PMID 18842003.
  31. ^ Sethi A, Eargle J, Black AA, Luthey-Schulten Z (tháng 4 năm 2009). “Dynamical networks in tRNA:protein complexes”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (16): 6620–5. Bibcode:2009PNAS..106.6620S. doi:10.1073/pnas.0810961106. PMC 2672494. PMID 19351898.
  32. ^ Vanwart AT, Eargle J, Luthey-Schulten Z, Amaro RE (tháng 8 năm 2012). “Exploring residue component contributions to dynamical network models of allostery”. Journal of Chemical Theory and Computation. 8 (8): 2949–2961. doi:10.1021/ct300377a. PMC 3489502. PMID 23139645.
  33. ^ Rivalta I, Sultan MM, Lee NS, Manley GA, Loria JP, Batista VS (tháng 5 năm 2012). “Allosteric pathways in imidazole glycerol phosphate synthase”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (22): E1428–36. doi:10.1073/pnas.1120536109. PMC 3365145. PMID 22586084.
  34. ^ Negre CF, Morzan UN, Hendrickson HP, Pal R, Lisi GP, Loria JP, Rivalta I, Ho J, Batista VS (tháng 12 năm 2018). “Eigenvector centrality for characterization of protein allosteric pathways”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (52): E12201–E12208. doi:10.1073/pnas.1810452115. PMC 6310864. PMID 30530700.
  35. ^ Clarke D, Sethi A, Li S, Kumar S, Chang RW, Chen J, Gerstein M (tháng 5 năm 2016). “Identifying Allosteric Hotspots with Dynamics: Application to Inter- and Intra-species Conservation”. Structure. 24 (5): 826–837. doi:10.1016/j.str.2016.03.008. PMC 4883016. PMID 27066750.

External links[sửa | sửa mã nguồn]

Bản mẫu:Enzymes

Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/w/index.php?title=Thành_viên:Naazulene/Điều_hòa_dị_lập_thể&oldid=69123179”