Thủ tướng được Quốc hội bầu chọn. Các đại biểu Quốc hội được bầu thông qua phổ thông đầu phiếu. Quốc hội bầu chọn Thủ tướng với nhiệm kỳ 5 năm. Thông thường nhất, lãnh đạo của đảng hoặc liên hiệp giành được phiếu bầu lớn nhất trong Quốc hội sẽ trở thành Thủ tướng. Thủ tướng chịu trách nhiệm bổ nhiệm các thành viên trong nội các.
Chức vụ Thủ tướng đã không tồn tại trong ba giai đoạn trong lịch sử Pakistan, một trường hợp khác với sự trống chức vụ này, mà do kết quả của việc Tổng thống bãi nhiệm một cá nhân Thủ tướng. Trong hai trường hợp đầu, Pakistan đã không có Thủ tướng từ ngày 7 tháng 10 năm 1958 cho đến 3 tháng 7 năm 1972, và từ ngày 5 tháng 7 năm 1977 cho đến ngày 24 tháng 3 năm 1985, đó là các giai đoạn thiết quân luật. Trong các giai đoạn này, Tổng thống là người nắm quyền thiết quân luật, trên thực tế có quyền lực của Thủ tướng làm người đứng đầu chính phủ, mà không giữ chức vụ Thủ tướng. Trong trường hợp thứ ba, sau cuộc đảo chính của Pervez Musharraf, Pakistan đã không có một vị Thủ tướng từ ngày 12 tháng 10 năm 1999 đến ngày 20 tháng 11 năm 2002. Trong thời kỳ này, Musharraf, người nắm giữ chức Đứng đầu hành pháp, trên thực tế là người đứng đầu chính phủ.
Shaukat Aziz là Thủ tướng của Pakistan được Quốc hội bầu ngày 28 tháng 8 năm 2004 với tỷ lệ phiếu bầu 191 thuận – 151 phiếu chống.
Từ năm 1958 đến 1973, không có chức vụ Thủ tướng do thiết quân luật.
Chức vụ này lại bị ngưng từ ngày 5 tháng 7 năm 1977 cho đến 24 tháng 3 năm 1985 do thiết quân luật.
Chức cụ này lại bị ngưng từ ngày 9 tháng 6 năm 1988 – 17 tháng 8 năm 1988.
Ngày 12 tháng 10 năm 1999, Pervez Musharraf lật đổ Nawaz Sharif, và nắm giữ chức vụ Người đứng đầu hành pháp. Ngày 20 tháng 6 năm 2001, ông giữ chức Tổng thống Pakistan. Pervez Musharraf đã là người đứng đầu cơ quan hành pháp từ (12 tháng 10 năm 1999 đến 23 tháng 11 năm 2002 (trên thực tế cho đến 14 tháng 10 năm 1999, chính thức từ ngày 14 tháng 10 năm 1999).
Bầu cử ngày 10 tháng 10 năm 2002 đã phục hồi chức vụ Thủ tướng.
