Huyện Đắk Hà được thành lập theo Nghị định số 26-CP của Chính phủ ngày 24 tháng 3 năm 1994 trên cơ sở 2 xã Đắk Pxi và Đắk Hring tách ra từ huyện Đắk Tô và 4 xã Đắk La, Hà Mòn, Ngọk Réo, Đắk Uy tách ra từ thị xã Kon Tum (nay là thành phố Kon Tum); thị trấn huyện lị Đắk Hà được thành lập trên cơ sở tách từ xã Hà Mòn. Khi đó, huyện Đắk Hà có thị trấn Đắk Hà và 6 xã: Đắk Hring, Đắk La, Đắk Pxi, Đắk Uy, Hà Mòn, Ngọk Réo.
Ngày 22 tháng 11 năm 1996, xã Ngọc Wang được thành lập theo Nghị định số 73-CP trên cơ sở tách ra từ 2 xã Ngọc Réo, Đăk Uy.
Ngày 3 tháng 9 năm 1998, xã Đăk Mar được thành lập theo Nghị định số 69/1998/NĐ-CP trên cơ sở tách ra từ 2 xã Đăk Hring, Hà Mòn.
Ngày 20 tháng 12 năm 2013, xã Đắk Long được thành lập trên cơ sở tách ra từ 2 xã Đăk Hring, Đăk Pxi và xã Đắk Ngọk được thành lập trên cơ sở tách ra từ 2 xã Ngọk Wang, Đắk Uy và thị trấn Đắk Hà đều theo Nghị quyết 126/NQ-CP ngày 20 tháng 12 năm 2013.
