Khác biệt giữa bản sửa đổi của “Bằng chứng về tổ tiên chung”

Bách khoa toàn thư mở Wikipedia
Duyệt lịch sử tương tác
← Thay đổi trướcThay đổi sau →
Nội dung được xóa Nội dung được thêm vào
Trực quanMã wiki
nKhông có tóm lược sửa đổi
Không có tóm lược sửa đổi
Dòng 1: Dòng 1:
{{short description|Bằng chứng cho thấy các sinh vật có tổ tiên chung, và do đó sự tiến hóa đã diễn ra.}}
'''Bằng chứng về tiến hóa''' hay '''bằng chứng về tổ tiên chung''' là một tập hợp các bằng chứng khoa học có nội dung ủng hộ [[thuyết tiến hóa]] và minh chứng rằng các sinh vật sống trên Trái Đất bắt nguồn từ một [[tổ tiên chung]].<ref group = "Gc" name = "karl">[[Carl Woese]] cho rằng giả thuyết về những giai đoạn ban đầu của sự sống trên trái đất, tỉ như trong thời điểm hình thành những [[tế bào]] đầu tiên, nhân tố đóng vai trò chính là việc chuyển gien theo phương ngang. Như vậy có nghĩa là [[tổ tiên chung gần nhất]] của tất cả các giống loài không phải là một tế bào mà là một nhóm những tế bào nguyên thủy có khả năng tự do trao đổi các vật liệu di truyền. (Carl Woese. [http://www.pnas.org/cgi/content/full/95/12/6854 The universal ancestor] / / Proceedings of the National Academy of Sciences. - T. 95. - № 12. - P. 6854-6859.)</ref> Những bằng chứng này đã góp phần giúp thuyết tiến hóa được cộng đồng khoa học chấp nhận và xây dựng nên khái niệm [[tiến hóa tổng hợp hiện đại]] (''modern evolutionary synthesis'')<ref>{{chú thích web|url=http://archives.aaas.org/docs/resolutions.php?doc_id=450|title=AAAS Resolution: Present Scientific Status of the Theory of Evolution|date=26 декабря 1922|author=AAAS Council.|publisher=[[Американская ассоциация содействия развитию науки]]|lang=en|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158Nl6QD|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref><ref>{{chú thích web|url=http://www.interacademies.net/File.aspx?id=6150|format=PDF|title=IAP Statement on the Teaching of Evolution|year=2006|publisher=Межакадемическая группа по международным проблемам (IAP)|accessdate=25 апреля 2007|quote=Заявление о преподавании эволюции, подписанное 67 национальными академиями наук, а позднее и [[Российская академия наук|РАН]]|lang=en|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158OIVU0|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref><ref>{{chú thích web|url=http://ras.ru/viewnumbereddoc.aspx?id=ab58c042-aa74-4953-bfdf-458ff62f7ac4&_Language=ru|title=Постановление Общего собрания Российской академии наук «О заявлении IAP о преподавании эволюции»|publisher=[[Российская академия наук]]|date=26 мая 2009|accessdate=1 декабря 2009|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158Oj6aP|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref><ref>{{chú thích web|url=http://www.aaas.org/news/releases/2006/pdf/0219boardstatement.pdf|format=PDF|title=Statement on the Teaching of Evolution|date=16 февраля 2006|author=Совет директоров Американской Ассоциации содействия развитию науки.|publisher=[[Американская ассоциация содействия развитию науки]]|lang=en|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158PveO7|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref><ref>{{chú thích web|url=http://ncseweb.org/media/voices/science|title=Statements from Scientific and Scholarly Organizations|publisher=National Center for Science Education|lang=en|archiveurl=http://www.webcitation.org/615f7UVGb|archivedate=ngày 21 tháng 8 năm 2011}}</ref>, [[thuyết khoa học]] trong thời điểm hiện tại có nội dung giải thích phương cách và lý do tại sao sự sống biến đổi theo thời gian.
{{Use dmy dates|date=August 2019}}
{{Tiến hóa sinh học}}
''Bằng chứng về tiến hóa'' hay ''Bằng chứng về tổ tiên chung'' của [[sinh vật]] đã được phát hiện bởi các nhà khoa học nghiên cứu trong nhiều ngành học trong nhiều thập kỷ, chứng minh rằng [[tổ tiên chung | tất cả sự sống trên Trái đất có chung một tổ tiên duy nhất] ]. Những [[Bằng chứng khoa học | bằng chứng]] đã góp phần giúp thuyết tiến hóa được cộng đồng khoa học chấp nhận và chứng minh rằng hiện tượng [[tiến hóa]] đã và đang xảy ra giúp soi sáng các quá trình tạo ra sự [[đa dạng sinh học]] của Trái Đất. Nó cũng hỗ trợ trong việc hình thành [[Thuyết tiến hoá tổng hợp | thuyết tiến hóa tổng hợp hiện đại]] (modern evolutionary synthesis) – đây là [[lý thuyết khoa học|học thuyết khoa học]] hiện tại giải thích cách thức và nguyên nhân sự sống biến đổi theo thời gian. Các nhà sinh học tiến hóa đã thu thập các bằng chứng về tổ tiên chung, và tất cả bằng chứng đều cho thấy sự tồn tại của một [[tổ tiên chung nhất]] (LUCA), bằng cách thiết lập các tiên đoán có thể kiểm chứng bởi [[thí nghiệm]], tiến hành kiểm chứng các [[giả thuyết]], và phát triển các học thuyết có nội dung minh họa và miêu tả căn nguyên của nó.


So sánh trình tự [[trình tự axit nucleic | trình tự gen DNA]] của các sinh vật đã tiết lộ rằng các sinh vật [[Phát sinh chủng loại học|quan hệ họ hàng]] gần nhau hơn thì có trình tự sắp xếp axit nucleic trên chuỗi DNA sẽ tương đồng nhau hơn so với các sinh vật họ hàng xa. Các đoạn gen như [[gen giả]] (Pseudogene), là các vùng của [[DNA]] có sự [[Tương đồng (sinh học)|tương đồng]] với một gen ở [[sinh vật]] họ hàng gần với sinh vật đang so sánh, nhưng không còn hoạt động và dường như đang trải qua một quá trình thoái hóa ổn định từ các đột biến tích lũy hỗ trợ tổ tiên chung bên cạnh tổ chức sinh hóa phổ quát và mô hình phương sai phân tử được tìm thấy trong tất cả các sinh vật. Thông tin di truyền bổ sung thêm các kiến thức liên quan đến sự sống và giúp các nhà khoa học (kể từ khi phát hiện ra DNA) phát triển [[cây phát sinh chủng loại|cây sự sống): một sơ đồ mô tả các mối quan hệ tiến hóa giữa các loài sinh vật. Nó cũng đã dẫn đến sự phát triển của các kỹ thuật [[đồng hồ phân tử]] để xác định thời gian phân tách của các [[đơn vị phân loại|chủng loài sinh học]] và tiến hành hiệu chỉnh chúng bằng hồ sơ hóa thạch.
Các bằng chứng này được thu thập bởi việc thiết lập các tiên đoán có thể kiểm chứng bởi [[thí nghiệm]], tiến hành kiểm chứng các [[giả thuyết]], và phát triển các học thuyết có nội dung minh họa và miêu tả căn nguyên của nó. Người ta đã tìm thấy những chứng cứ về tiến hóa và tổ tiên chung của các loài trong môi trường tự nhiên lẫn trong các thí nghiệm. Ví dụ có những trường hợp về các loài mới phát sinh<ref name="TalkOrigSpeciation">{{chú thích web|url=http://talkorigins.org/faqs/faq-speciation.html#part5|title=Observed Instances of Speciation|publisher=[[:en:TalkOrigins Archive|Архив TalkOrigins.org]]|lang=en|archiveurl=http://www.webcitation.org/615fgxslD|archivedate=ngày 21 tháng 8 năm 2011}}</ref>, được miêu tả như các trường hợp phát sinh các thuộc tính mới thông qua [[đột biến]] ngẫu nhiên<ref name="LentaLenski">{{chú thích web|publisher=[[Lenta.ru]]|url=http://www.lenta.ru/news/2008/06/11/evolution/|title=Биологам удалось увидеть процесс эволюции в действии|date=11 июня 2008|accessdate=1 декабря 2009|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158QqJbI|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref>. Tiến hóa ở cấp độ dưới [[loài (sinh học)|loài]] đã được kiểm chứng qua thực nghiệm<ref>Josselin Milloz, Fabien Duveau, Isabelle Nuez, and Marie-Anne Félix [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2577794/ Intraspecific evolution of the intercellular signaling network underlying a robust developmental system] Genes Dev. 2008 November 1; 22(21): 3064–3075, doi: 10.1101/gad.495308</ref><ref>Scott A. Bernhardt, Mark P. Simmons, Ken E. Olson, Barry J. Beaty, Carol D. Blair, William C. Blac [http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0044198 Rapid Intraspecific Evolution of miRNA and siRNA Genes in the Mosquito Aedes aegypti] PLOS One, Tập 7, số 9, tháng 9 năm 2012</ref>, còn quá trình hình thành loài đã được quan sát trực tiếp trong tự nhiên. Còn ngành [[cổ sinh vật học]] đã nghiên cứu các mẫu [[hóa thạch]] để tìm hiểu về lịch sử hình thành loài. Và mức độ liên hệ giữa các loài có thể thấy thông qua việc so sánh cấu trúc cơ thể<ref name="DarMusMorf">{{chú thích web|publisher=[[Государственный Дарвиновский музей]]|work=Доказательства эволюции|url=http://www.darwin.museum.ru/expos/floor3/Evol/morf.htm|title=Морфологические доказательства|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158Rsyc0|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref>, [[bộ gien]], quá trình phát triển [[bào thai]]<ref name="DarMusEmbr">{{chú thích web|publisher=[[Государственный Дарвиновский музей]]|work=Доказательства эволюции|url=http://www.darwin.museum.ru/expos/floor3/Evol/embr.htm|title=Эмбриологические доказательства|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158cruSf|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref>. Ngoài ra việc phân bổ địa lý của các loài vật, nghiên cứu bởi ngành [[sinh học địa lý]], cũng cung cấp những bằng chứng về tiến hóa<ref name="DarMusGeo">{{chú thích web|publisher=[[Государственный Дарвиновский музей]]|work=Доказательства эволюции|url=http://www.darwin.museum.ru/expos/floor3/Evol/geo.htm|title=Биогеографические доказательства|archiveurl=http://www.webcitation.org/6158daxla|archivedate=ngày 20 tháng 8 năm 2011}}</ref>.


[[Hóa thạch]] rất quan trọng để đánh giá khi các dòng giống khác nhau đã phát triển trong các [[niên đại địa chất]]. Vì hóa thạch là một trường hợp không phổ biến, thường đòi hỏi các bộ phận cứng của cơ thể và sinh vật phải chết gần một nơi mà [[trầm tích]] đang lắng đọng, hồ sơ hóa thạch chỉ cung cấp thông tin thưa thớt và không liên tục về sự tiến hóa của sự sống. Bằng chứng về các sinh vật trước khi phát triển các bộ phận cứng của cơ thể như vỏ, xương và răng, cũng như dấu vết của các sinh vật thân mềm khác nhau đặc biệt khan hiếm, nhưng vẫn có thể tồn tại dưới dạng [[hóa thạch nhỏ]] cổ đại. Nghiên cứu so sánh [[giải phẫu]] của các nhóm động vật cho thấy các đặc điểm cấu trúc tương tự về cơ bản (tương đồng), chứng minh mối quan hệ gần gũi và phát sinh từ tổ chung với các sinh vật khác, đặc biệt là khi so sánh với hóa thạch của các sinh vật cổ đại đã [[tuyệt chủng]] . [[Vết tích còn sót lại từ tổ tiên]] và so sánh trong [[Phôi thai | phát triển phôi thai]] phần lớn là yếu tố cho thấy sự tương đồng về mặt giải phẫu, hoàn toàn phù hợp với việc có chung tổ tiên. Do các quá trình [chuyển hóa | trao đổi chất]] không để lại hóa thạch, nên nghiên cứu về sự tiến hóa các quá trình cơ bản của tế bào được thực hiện chủ yếu bằng cách so sánh các quá trình [[sinh lý]] và [[sinh hóa]] của các sinh vật hiện tại. Nhiều chủng loại đã phân tách ở các giai đoạn phát triển khác nhau, vì vậy có thể xác định khi nào các quá trình trao đổi chất nhất định xuất hiện bằng cách so sánh các đặc điểm của các thế hệ con cháu có chung tổ tiên.
Tựu trung, các bằng chứng về tiến hóa có thể phân thành các nhóm sau<ref>[http://anthro.palomar.edu/evolve/evolve_3.htm Evidence of Evolution]</ref><ref>[http://www.dummies.com/how-to/content/what-evidence-supports-the-theory-of-evolution.html What Evidence Supports the Theory of Evolution?] For Dummies</ref><ref>[http://necsi.edu/projects/evolution/evidence/evidence_intro.html Evidence for Evolution] New England Complex Systems Institute</ref><ref>[http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/lines_01 Lines of evidence: The science of evolution] Understanding Evolution</ref>:


Bằng chứng từ [[màu sắc của động vật]] được thu thập bởi một số người đương thời của Darwin; [[ngụy trang]], [[bắt chước]] và [[tín hiệu xua đuổi]] đều được giải thích dễ dàng bằng quá trình chọn lọc tự nhiên. Các trường hợp đặc biệt như sự thay đổi màu bộ lông theo mùa của [[Lagopus muta]], giúp nó [[ngụy trang tuyết]] vào mùa đông và [[ngụy trang trong rừng]] vào mùa hè cung cấp bằng chứng thuyết phục rằng chọn lọc tự nhiên là nguyên nhân cho việc này. Bằng chứng chuyên sâu hơn đến từ lĩnh vực [[địa lý sinh học]] bởi sự tiến hóa từ tổ tiên chung cung cấp lời giải thích tốt nhất và đầy đủ nhất cho nhiều thực kiện liên quan đến sự phân bố địa lý của thực vật và động vật trên khắp thế giới. Điều này đặc biệt rõ ràng trong lĩnh vực [[địa lý sinh học đảo]]. Kết hợp với học thuyết địa chất được xây dựng kỹ càng của thuyết [[kiến tạo mảng]], tổ tiên chung cung cấp một cách để kết hợp thực kiện về sự phân bố hiện tại của các loài với bằng chứng từ hồ sơ hóa thạch để đưa ra lời giải thích hợp lý về cách phân bố của các sinh vật sống thay đổi theo thời gian.
#Ghi chép về đặc tính của các [[hóa thạch]] các loài từng tồn tại trong quá khứ, cho thấy có một sự thay đổi có trình tự đối với các dạng sống theo thứ tự thời gian<ref name = "benton">Michael Benton [http://www.actionbioscience.org/evolution/benton2.html Evidence of Evolutionary Transitions] Action Bioscience</ref>.
Sự phát triển và lan truyền của [[kháng thuốc kháng sinh]] cung cấp bằng chứng cho thấy sự tiến hóa do [[chọn lọc tự nhiên]] là một quá trình đang diễn ra trong thế giới tự nhiên. Chọn lọc tự nhiên có mặt khắp nơi trong tất cả các nghiên cứu liên quan đến tiến hóa, xin hãy lưu ý đến thực tế là tất cả các ví dụ sau trong mỗi phần của bài viết đều ghi lại quá trình này. Bên cạnh đó là các trường hợp quan sát thấy sự phân tách các quần thể loài thành tập hợp các loài mới ([[sự hình thành loài]]). Sự hình thành loài đã được [[Sự hình thành loài trong phòng thí nghiệm| quan sát trong phòng thí nghiệm]] và trong tự nhiên. Nhiều hình thức như vậy đã được mô tả và ghi lại như các ví dụ cho các mô hình riêng lẻ về sự hình thành loài. Hơn nữa, bằng chứng về tổ tiên chung đã mở rộng từ các thí nghiệm trực tiếp trong phòng thí nghiệm bằng việc [[chọn giống vật nuôi|chọn lọc]] các sinh vật - trong lịch sử và hiện tại - và các thí nghiệm kiểm soát khác liên quan đến nhiều chủ đề trong bài viết. Bài viết này tóm tắt các ngành học khác nhau cung cấp bằng chứng cho sự tiến hóa và tổ tiên chung của mọi sự sống trên Trái đất, kèm theo nhiều ví dụ chuyên biệt, cho thấy một [[Ăn khớp| sự ăn khớp của các bằng chứng]].
#Sự giống nhau về cấu trúc hình thể, sinh lý, di truyền của các loài liên quan tới nhau, trong đó:
{{TOC limit|3}}
#*Sự giống nhau về hình dạng và cấu trúc cơ thể các loài, và quá trình sinh lý, sinh hóa trong cơ thể các loài; điều đó cho thấy chúng tiến hóa từ một tổ tiên chung.
#*Quá trình phát triển bào thai của các loài vật có nhiều điểm rất giống nhau.
#*Bộ gien và cấu trúc các phân tử protein giữa các loài có sự giống nhau rất lớn, và mức độ khác nhau cho thấy mốc thời gian tổ tiên chung bắt đầu phân nhánh thành các loài con cháu<ref name = "benton"/><ref name = "evofaq">[http://www.evolutionfaq.com/articles/five-proofs-evolution Five Proofs of Evolution] Evolution FAQs</ref>.
#Phân bổ địa lý của các loài liên hệ với nhau.
#Ghi chép về sự thay đổi của các quần thể sinh vật sống hiện nay sau nhiều thế hệ quan sát. Đặc biệt, tính [[lờn thuốc]] của [[vi khuẩn]] là một minh chứng của quá trình [[chọn lọc tự nhiên]]<ref name = "evofaq"/>.


== Bằng chứng so sánh sinh lý và sinh hóa ==
==Chú thích==
{{Xem thêm thông tin| Khảo cổ học | Tổ tiên chung | Tổ tiên chung nhất | Tổ tiên chung gần nhất | Mã di truyền}}
;Cước chú
===Di truyền học===
{{tham khảo|2|group="Gc"}}
Một trong những bằng chứng vững chắc nhất cho tổ tiên chung đến từ trình tự gen. Thông qua phương pháp [[bắt cặp trình tự]] sẽ kiểm tra được mối quan hệ họ hàng giữa các trình tự DNA của các loài khác nhau,<ref name=mount>{{cite book| last=Mount | first=D.M. | year=2004 | title=Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis |edition=2nd | publisher= Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY. |isbn=978-0-87969-608-5}}</ref> nhờ đó cung cấp một số bằng chứng xác nhận giả thuyết ban đầu của Darwin về việc các loài có chung tổ tiên. Nếu giả thuyết về tổ tiên chung là đúng, thì các loài có chung tổ tiên được thừa hưởng trình tự DNA của tổ tiên, cũng như các đột biến đột biến độc nhất vô nhị của tổ tiên đó. Các loài có mối quan hệ gần gũi hơn sẽ có phần lớn trình tự giống hệt nhau và cũng như một sự khác biệt nhiều hơn với các loài có họ hàng xa.


[[File:HMS Beagle by Conrad Martens.jpg|thumb|right|'''Hình 1a:'''Khi ở trên tàu [[HMS Beagle]], [[Charles Darwin]] đã thu thập nhiều mẫu vật mới cho khoa học, thứ đã hỗ trợ học thuyết tiến hóa bằng [[chọn lọc tự nhiên]] sau này của ông.]]
;Nguồn dẫn

{{tham khảo|2}}
Bằng chứng đơn giản và mạnh mẽ nhất được cung cấp bởi [[Thuật toán phát sinh chủng loại| dựng lại sự phát sinh chủng loại]] (Computational phylogenetics). Việc dựng lại này, đặc biệt là khi được thực hiện bằng cách sử dụng các chuỗi protein tiến hóa chậm, thường khá mạnh mẽ và có thể được sử dụng để dựng lại rất nhiều về lịch sử tiến hóa của các sinh vật hiện đại (và thậm chí trong một số trường hợp về lịch sử tiến hóa của các sinh vật đã tuyệt chủng, như đã phục hồi trình tự gen của [[voi ma mút]] hoặc [[người Neanderthal]]). Những sự phát sinh chủng loại được dựng lại này tóm tắt lại các mối quan hệ được thiết lập thông qua các nghiên cứu hình thái và sinh hóa.<ref name="PennyFoulds1982">{{cite journal |last1=Penny |first1=David |last2=Foulds |first2=L. R. |last3=Hendy |first3=M. D. |title=Testing the theory of evolution by comparing phylogenetic trees constructed from five different protein sequences |journal=Nature |volume=297 |issue=5863 |year=1982 |pages=197–200 |doi=10.1038/297197a0|pmid=7078635 |bibcode=1982Natur.297..197P }}</ref> Việc dựng lại chi tiết nhất đã được thực hiện trên cơ sở bộ gen của [[ty thể]] được chia sẻ bởi tất cả các [[sinh vật nhân chuẩn]],<ref>{{Cite web|url=http://www.tolweb.org/Eukaryotes/3#DiscussionofPhylogeneticRelationships|title=Eukaryotes|website=www.tolweb.org|access-date=2018-06-23}}</ref> mà được xem là ngắn và dễ để giải trình tự; việc dựng lại rộng nhất đã được thực hiện bằng cách sử dụng trình tự của một số protein rất cổ xưa hoặc bằng cách sử dụng trình tự [[ARN ribosome]].{{Citation needed|date=October 2014|reason=Needs citation for "the broadest reconstructions have been performed either using the sequences of a few very ancient proteins or by using ribosomal RNA sequence."}}

Mối quan hệ phát sinh chủng loại mở rộng đến nhiều trình tự gen không chức năng, bao gồm lặp đoạn, [[gen nhảy]], [[gen giả]], và [[đột biến câm| đột biến gen làm thay đổi côđôn nhưng không thay đổi axit amin do côđôn đó mã hoá]]. Mặc dù một số ít các yếu tố này có thể sau đó được phát hiện thấy có chức năng, nhưng nhìn một cách toàn thể thì chúng rõ ràng là sản phẩm đến từ việc có chung tổ tiên chứ không phải là chung chức năng. <.<ref>{{cite web |author=Max, Edward |date=5 May 2003 |title=Plagiarized Errors and Molecular Genetics |website=The Talk Origins Archive |url=http://talkorigins.org/faqs/molgen/ |accessdate=4 May 2018}}</ref>

====Tất cả tổ chức sinh hóa và mô hình phương sai phân tử ====
Tất cả các sinh vật còn tồn tại tới bây giờ đều dựa trên cùng một quá trình sinh hóa: trong đó thông tin di truyền được mã hóa dưới dạng axit nucleic ([[ADN]] hoặc [[ARN]] đối với nhiều loại virus), được phiên mã thành [[ARN thông tin]], sau đó được dịch mã thành [[protein]] (nghĩa là các polyme của [[axit amin]]) thông qua các [[ribosome]]. Có lẽ dễ hiểu nhất là, [[Mã di truyền]] ("bảng dịch" giữa ADN và axit amin) giống nhau cho hầu hết mọi sinh vật, có nghĩa là một mảnh [[ADN]] trong [[vi khuẩn]] mã hóa cho axit amin tương tự như trong [[tế bào]] con người. [[Adenosine triphosphate | ATP]] được sử dụng làm đồng tiền năng lượng bởi tất cả các sinh vật sống còn tồn tại. Một sự hiểu biết chuyên sâu hơn về [[Sinh học phát triển tiến hóa | sinh học phát triển]] cho thấy rằng hình thái chung, trên thực tế, là sản phẩm của các yếu tố di truyền được kế thừa từ tổ tiên chung.<ref>{{cite book | title=Evolutionary Biology| edition=3rd| first=Douglas J. | last=Futuyma |authorlink=Douglas Futuyma | year=1998| pages=108–110| publisher=Sinauer Associates | isbn=978-0-87893-189-7}}</ref> Ví dụ, mặc dù đôi mắt giống như máy ảnh được cho là đã tiến hóa độc lập trong nhiều sự kiện riêng biệt,<ref>{{cite book |isbn=978-0-19-854980-2|author=Haszprunar |year=1995 |editor=Taylor |chapter=The mollusca: Coelomate turbellarians or mesenchymate annelids?|publisher=Oxford University Press |location=Oxford |title=Origin and evolutionary radiation of the Mollusca : centenary symposium of the Malacological Society of London}}</ref> chúng vẫn có chung một tập hợp các protein cảm nhận ánh sáng ([[opsin]]), gợi ý một điểm xuất phát chung cho tất cả các sinh vật có thị giác.<ref>{{cite journal |url=http://www.imls.uzh.ch/research/noll/publ/Dev_Cell_2003_5_773_785.pdf |pmid=14602077 |year=2003 |last1=Kozmik |first1=Z. |last2=Daube |first2=M. |last3=Frei |first3=E. |last4=Norman |first4=B. |last5=Kos |first5=L. |last6=Dishaw |first6=L.J. |last7=Noll |first7=M. |last8=Piatigorsky |first8=J. |title=Role of Pax genes in eye evolution: A cnidarian PaxB gene uniting Pax2 and Pax6 functions |volume=5 |issue=5 |pages=773–785 |journal=Developmental Cell |doi=10.1016/S1534-5807(03)00325-3}}</ref><ref>Land, M.F. and Nilsson, D.-E., ''Animal Eyes'', Oxford University Press, Oxford (2002) {{ISBN|0-19-850968-5}}.</ref> Một ví dụ khác là sự tương đồng trong trình tự phát triển cơ thể của động vật có xương sống, mà cấu trúc của nó được kiểm soát bởi họ [[gen Hox]].

====Trình tự ADN ====

So sánh trình tự ADN cho phép sắp xếp các sinh vật có độ tương đồng trình tự với nhau thành một nhóm và các [[cây phát sinh chủng loại]] thường phù hợp với [[phân loại học]], và thường được sử dụng để tăng cường tính chính xác của sự phân loại . So sánh trình tự được coi là một biện pháp đủ mạnh để sửa chữa các giả định sai lầm trong cây phát sinh chủng loại ở các trường hợp khan hiếm các bằng chứng khác. Ví dụ: trình tự ADN trung tính của con người là tách biệt di truyền khoảng 1,2% (do sự thay thế các Nucleotit) từ những họ hàng gần nhất về mặt di truyền là [[tinh tinh]], 1,6% từ [[khỉ đột]] và 6,6% từ [ [khỉ đầu chó]].<ref>{{cite journal |last1=Chen | first1=F.C. | last2=Li | first2=W.H. |title=Genomic Divergences between Humans and Other Hominoids and the Effective Population Size of the Common Ancestor of Humans and Chimpanzees |journal=American Journal of Human Genetics |volume=68 |issue=2 |pages=444–56 |year=2001 |pmc=1235277 |doi=10.1086/318206 |pmid=11170892 |ref=harv }}</ref><ref>
{{cite journal | last1=Cooper | first1=G.M. | last2=Brudno | first2=M. | last3=Green | first3=E.D. | last4=Batzoglou | first4=S. | last5=Sidow | first5=A. |title=Quantitative Estimates of Sequence Divergence for Comparative Analyses of Mammalian Genomes |journal=Genome Res. |volume=13 |issue=5 |pages=813–20 |year=2003 |pmid=12727901 |pmc=430923 |doi=10.1101/gr.1064503 |ref=harv}}</ref> Do đó bằng chứng trình tự di truyền cho phép suy luận và định lượng mối quan hệ di truyền giữa con người và [[liên họ người|vượn]].<ref>The picture labeled "Human Chromosome 2 and its analogs in the apes" in the article [http://www.gate.net/~rwms/hum_ape_chrom.html Comparison of the Human and Great Ape Chromosomes as Evidence for Common Ancestry] {{webarchive|url=https://www.webcitation.org/615A9juxT?url=http://www.gate.net/~rwms/hum_ape_chrom.html |date=2011-08-20 }} is literally a picture of a link in humans that links two separate chromosomes in the nonhuman apes creating a single chromosome in humans. Also, while the term originally referred to fossil evidence, this too is a trace from the past corresponding to some living beings that, when alive, physically embodied this link.</ref><ref>''[[The New York Times]]'' report ''[https://www.nytimes.com/2006/03/07/science/07evolve.html Still Evolving, Human Genes Tell New Story]'', based on ''[http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1371/journal.pbio.0040072 A Map of Recent Positive Selection in the Human Genome]'', states the [[International HapMap Project]] is "providing the strongest evidence yet that humans are still evolving" and details some of that evidence.</ref> Trình tự gen của [[ARN Ribosome 16S]], là một gen quan trọng mã hóa một phần của [[ribosome]], đã được sử dụng để tìm mối quan hệ rộng phát sinh chủng loài giữa tất cả sinh vật còn tồn tại ngày nay. Phân tích của [[Carl Woese]] đã dẫn đến [[hệ thống ba vực]], lập luận cho hai sự phân tách lớn trong sự tiến hóa ban đầu của sự sống. Sự phân tách đầu tiên dẫn đến [[Vi khuẩn]] hiện đại và sự phân chia tiếp theo dẫn đến [[Vi khuẩn cổ]] và [[Sinh vật nhân thực]] hiện đại.

Một số trình tự ADN được chia sẻ chung bởi các sinh vật rất khác nhau. Theo thuyết tiến hóa đã dự đoán, rằng sẽ có sự tương đồng trong trình tự ADN giữa hai sinh vật khác nhau dù có sự khác biệt sinh học giữa chúng theo [[giải phẫu]] và dù thời gian đã trôi qua kể từ khi hai sinh vật này tách ra thành hai loài khác nhau trong quá trình tiến hóa, như đã thấy trong bằng chứng [[hóa thạch]]. Tốc độ tích lũy những thay đổi như vậy sẽ thấp đối với một số trình tự, cụ thể là những trình tự mã hóa cho [[ARN]] hoặc [[protein]] then chốt, và cao đối với những loại khác mã hóa cho ARN hoặc protein ít quan trọng hơn; nhưng đối với mỗi trình tự cụ thể, tốc độ thay đổi sẽ gần như không đổi theo thời gian. Những kết quả này đã được xác nhận bằng thực nghiệm. Hai ví dụ là trình tự ADN mã hóa cho [[ARN ribosome|rRNA]], được bảo tồn cao và trình tự ADN mã hóa cho [[fibrinopeptide]] ( [[amino acid]] bị loại bỏ trong quá trình hình thành [[fibrin]]) , không được bảo tồn cao.<ref>{{Cite book | first1=Bruce | last1=Alberts | author1-link=Bruce Alberts |first2=Alexander | last2=Johnson |first3=Julian | last3=Lewis |first4=Martin | last4=Raff |first5=Keith | last5=Roberts |first6=Peter | last6=Walter | author6-link=Peter Walter |title=Molecular Biology of the Cell |edition=4th |publisher=Routledge |date=March 2002 |isbn=978-0-8153-3218-3}}</ref>

====Protein ====

Bằng chứng [[hệ Protein]] cũng ủng hộ việc toàn thể sự sống có chung tổ tiên. Các [[protein]] quan trọng, chẳng hạn như [[ribosome]], [[ADN polymerase]] và [[ARN polymerase]], được tìm thấy trong mọi sinh vật sống, từ vi khuẩn nguyên thủy nhất đến động vật có vú phức tạp nhất. Phần cốt lõi của protein được bảo tồn trên tất cả các dòng dõi của sự sống, phục vụ các chức năng tương tự. Các sinh vật bậc cao đã tiến hóa thêm [[tiểu đơn vị protein]], ảnh hưởng lớn đến sự điều hòa và [[tương tác protein-protein]] của sự cốt lõi. Sự tương đồng bao trùm khác giữa tất cả các dòng dõi của các sinh vật còn tồn tại, chẳng hạn như [[ADN]], [[ARN]], [[axit amin]] và [[lớp lipid kép]], hỗ trợ cho học thuyết có tổ tiên chung. Phân tích sự cây phát sinh chủng loại của các chuỗi protein từ các sinh vật khác nhau tạo ra các cây tương đồng về mối quan hệ giữa tất cả các sinh vật.<ref>[http://phylointelligence.org/combined.html "Converging Evidence for Evolution."] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20101201081747/http://www.phylointelligence.org/combined.html |date=2010-12-01 }} Phylointelligence: Evolution for Everyone. 26 November 2010.</ref> [[Tính bất đối xứng]] của ADN, ARN và axit amin được bảo tồn trong tất cả sự sống được biết đến. Vì không có lợi thế về chức năng đối với trạng thái phân tử thuận tay phải hoặc tay trái, giả thuyết đơn giản nhất là sự lựa chọn được tạo ra ngẫu nhiên bởi các sinh vật sơ khai và truyền lại cho tất cả sự sống còn tồn tại thông qua việc có chung tổ tiên. Bằng chứng nữa cho việc dựng lại tổ tiên chung đến từ [[DNA rác]], chẳng hạn như [[gen giả]], các gen "chết" tích lũy đột biến.<ref>{{cite journal |author1=Petrov, D.A. |author2=Hartl, D.L. |title=Pseudogene evolution and natural selection for a compact genome |journal=The Journal of Heredity |volume=91 |issue=3 |pages=221–7 |year=2000 |pmid=10833048 |doi=10.1093/jhered/91.3.221}}</ref>

====Gen giả ====

Gen giả, còn được gọi là [[ADN không mã hóa]], là phần ADN thừa trong bộ gen không được phiên mã thành ARN để tổng hợp protein. Một số ADN không mã hóa này có các chức năng đã biết, nhưng phần lớn nó không có chức năng nào được biết tới và được gọi là "ADN rác".<ref name="Xiao-Jie 17–24">{{Cite journal|last=Xiao-Jie|first=Lu|last2=Ai-Mei|first2=Gao|last3=Li-Juan|first3=Ji|last4=Jiang|first4=Xu|date=2015-01-01|title=Pseudogene in cancer: real functions and promising signature|url=http://jmg.bmj.com/content/52/1/17|journal=Journal of Medical Genetics|language=en|volume=52|issue=1|pages=17–24|doi=10.1136/jmedgenet-2014-102785|issn=0022-2593|pmid=25391452}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Vanin|first=E F|date=1985|title=Processed Pseudogenes: Characteristics and Evolution|journal=Annual Review of Genetics|language=en|volume=19|issue=1|pages=253–272|doi=10.1146/annurev.ge.19.120185.001345|pmid=3909943|issn=0066-4197}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://archive.gersteinlab.org/papers/e-print/encodepgenes/preprint.pdf|title=Pseudogenes in the ENCODE Regions: Consensus Annotation, Analysis of Transcription and Evolution|last=Gerstein|first=Mark|date=2006|website=Gerstein Lab|access-date=2018-06-23}}</ref><ref>{{Cite news|url=https://www.news-medical.net/life-sciences/what-is-junk-dna.aspx|title=What is Junk DNA?|date=2010-05-07|work=News-Medical.net|access-date=2018-06-23|language=en}}</ref> Đây là một ví dụ về vết tích (vestige) bởi vì việc sao chép các gen này tiêu tốn năng lượng, khiến nó trở thành một sự lãng phí không cần thiết trong nhiều trường hợp. Một gen giả có thể được tạo ra khi một gen mã hóa tích lũy các đột biến khiến nó không được phiên mã, khiến nó không hoạt động.<ref name="Xiao-Jie 17–24"/> Nhưng vì nó không được phiên mã, nó có thể biến mất mà không ảnh hưởng đến sự thích nghi, trừ khi nó đã cung cấp một số chức năng có lợi như một ADN không mã hóa. Các gen giả không chức năng có thể được truyền lại cho các loài sau này, do đó xác định các loài sau này là hậu duệ của các loài trước đó.

====Các cơ chế khác====

Một lượng lớn bằng chứng phân tử ủng hộ việc nhiều cơ chế khác nhau trong những thay đổi tiến hóa lớn, bao gồm: [[hệ gen]] và [[gen nhân đôi]], tạo điều kiện cho sự tiến hóa nhanh chóng bằng cách cung cấp một lượng lớn vật liệu di truyền trong điều kiện yếu hoặc không có ràng buộc chọn lọc; [[chuyển gen ngang]], quá trình chuyển vật liệu di truyền sang một tế bào khác không phải là con cháu của sinh vật, cho phép các loài có được các gen có lợi từ nhau; và [[tái tổ hợp di truyền]], có khả năng tập hợp lại số lượng lớn các [[alen]] khác nhau và thiết lập [[phân lập sinh sản]]. [[Thuyết nội cộng sinh]] giải thích nguồn gốc của [[ty thể] và [[lạp thể]] (bao gồm cả [[lục lạp]]), bào quan của tế bào sinh vật nhân thực, như một sự kết hợp của một tế bào [[sinh vật nhân sơ]] sơ khai và tế bào [[sinh vật nhân thực]] sơ khai. Thay vì [[sinh vật nhân thực]] tự phát triển [[bào quan]], lý thuyết này đưa ra một cơ chế cho bước nhảy tiến hóa đột ngột bằng cách kết hợp vật liệu di truyền và thành phần sinh hóa của một loài riêng biệt. Bằng chứng ủng hộ cơ chế này đã được tìm thấy trong [[sinh vật nguyên sinh]] '' [[Hatena arenicola | Hatena]] '': như một [[kẻ săn mồi]] nó nuốt chửng một tế bào [[tảo lục]], sau đó hoạt động như một [[sinh vật nội cộng sinh]] (endosymbiosis), nuôi dưỡng ''Hatena'', dẫn đến việc nó mất khả năng kiếm ăn và hoạt động như một [[sinh vật tự dưỡng]].<ref>{{cite journal | last1=Okamoto | first1=N. | last2=Inouye | first2=I. |year=2005 | title=A secondary symbiosis in progress |journal=Science |volume=310 |issue=5746 |page=287 |doi=10.1126/science.1116125 |pmid=16224014}}</ref><ref>{{cite journal |last1=Okamoto | first1=N. | last2=Inouye | first2=I. | title=Hatena arenicola gen. et sp. nov., a katablepharid undergoing probable plastid acquisition |journal=Protist |volume=157 |issue=4 |pages=401–19 |year=2006 |pmid=16891155 |doi=10.1016/j.protis.2006.05.011}}</ref>

Vì các quá trình [[trao đổi chất|chuyển hóa]] không để lại hóa thạch, nghiên cứu về sự tiến hóa của các quá trình cơ bản của tế bào được thực hiện chủ yếu bằng cách so sánh các sinh vật hiện có. Nhiều chủng loài phát sinh khi các quá trình trao đổi chất mới xuất hiện và về mặt lý thuyết có thể xác định khi nào các quá trình trao đổi chất xuất hiện bằng cách so sánh các đặc điểm của con cháu của tổ tiên chung hoặc bằng cách phát hiện các biểu hiện vật lý của chúng. Ví dụ, sự xuất hiện của [[oxy]] trong [[bầu khí quyển của Trái Đất]] có liên quan đến sự tiến hóa của [[quang hợp]].

=== Ví dụ cụ thể từ so sánh sinh lý và hóa sinh ===

====Nhiễm sắc thể số 2 ở người====
{{Main|Nhiễm sắc thể số 2 ở người}}
{{further|Dự án hệ gen tinh tinh }}
[[File:Chromosome 2 merge en.svg|thumb|'''Hình 1b: '''Sự hợp nhất của nhiễm sắc thể tổ tiên để lại tàn dư của [[telomere]] và một vết tích [[tâm động]] (centromere)]]

Bằng chứng cho sự tiến hóa của ''Homo sapiens'' từ một tổ tiên chung với tinh tinh được tìm thấy trong số lượng nhiễm sắc thể ở người so với tất cả các thành viên khác của [[Họ người]]. Tất cả các loài trong họ người có 24 cặp nhiễm sắc thể, ngoại trừ con người, chỉ có 23 cặp. Nhiễm sắc thể số 2 ở người là kết quả của sự hợp nhất từ đầu đến cuối của hai nhiễm sắc thể tổ tiên.<ref name="fusion">MacAndrew, Alec. [http://www.evolutionpages.com/chromosome_2.htm Human Chromosome 2 is a fusion of two ancestral chromosomes]. Accessed 18 May 2006.</ref><ref>[https://www.youtube.com/watch?v=x-WAHpC0Ah0 Evidence of Common Ancestry: Human Chromosome 2] (video) 2007</ref>

Bằng chứng cho điều này bao gồm:

* Sự tương ứng của nhiễm sắc thể 2 đến hai nhiễm sắc thể của loài vượn. Họ hàng gần nhất của con người, [[tinh tinh thông thường]], có trình tự ADN gần giống với nhiễm sắc thể số 2 của người, nhưng chúng được tìm thấy trong hai nhiễm sắc thể riêng biệt. Điều tương tự cũng đúng với những họ hàng xa hơn như [[khỉ đột]] và [[đười ươi]].<ref name="compare">{{cite journal | last1=Yunis | first1=J.J. | title=The origin of man: a chromosomal pictorial legacy | journal=Science | year=1982 | pages=1525–1530 | volume=215 | pmid=7063861 | doi=10.1126/science.7063861 | last2=Prakash | first2=O. | issue=4539|bibcode=1982Sci...215.1525Y | ref=harv }}</ref><ref name="similarities">[http://www.gate.net/~rwms/hum_ape_chrom.html Human and Ape Chromosomes] {{webarchive|url=https://www.webcitation.org/615A9juxT?url=http://www.gate.net/~rwms/hum_ape_chrom.html |date=2011-08-20 }}; accessed 8 September 2007.</ref>
* Sự hiện diện của [[vết tích]] (vestigial) [[centromere]]. Thông thường một nhiễm sắc thể chỉ có một centromere, nhưng trong nhiễm sắc thể 2 có tàn dư của một centromere thứ hai.<ref name="centromeres">{{cite journal |title=Evidence for an ancestral alphoid domain on the long arm of human chromosome 2 | journal=Human Genetics | year=1992 | pages=247–9 | volume=89 | pmid=1587535 | doi=10.1007/BF00217134 | last2=Pedicini | first2=A | last3=Caiulo | first3=A | last4=Zuffardi | first4=O | last5=Fraccaro | first5=M | issue=2 |last1=Avarello |first1=Rosamaria |ref=harv}}</ref>
* Sự hiện diện của vết tích [[telomere]]. Chúng thường chỉ được tìm thấy ở hai đầu mút của một nhiễm sắc thể, nhưng ở nhiễm sắc thể 2 có thêm các chuỗi telomere ở giữa.<ref name="telomeres">{{cite journal |title=Origin of human chromosome 2: an ancestral telomere-telomere fusion | journal=Proceedings of the National Academy of Sciences | year=1991 | pages=9051–5 | volume=88 | pmid=1924367 | doi=10.1073/pnas.88.20.9051 | last2=Baldini | first2=A | last3=Ward | first3=DC | last4=Reeders | first4=ST | last5=Wells | first5=RA | issue=20 | pmc=52649 |last1=Ijdo |first1=J. W.|bibcode=1991PNAS...88.9051I |ref=harv }}</ref>

Do đó, nhiễm sắc thể 2 đưa ra bằng chứng mạnh mẽ cho việc tồn tại tổ tiên chung của con người và các loài [[vượn]] khác. Theo J. W. Ijdo, "Chúng tôi kết luận rằng [[Lô-cut gen]] được nhân bản trong các [[cosmid]] c8.1 và c29B là vết tích của một sự hợp nhất telomere-telomere cổ đại và đánh dấu điểm mà hai nhiễm sắc thể vượn tổ tiên hợp nhất để tạo ra nhiễm sắc thể số 2 của con người."<ref name="telomeres"/>

====Sắc tố tế bào c và b====
{{Main|Sắc tố tế bào}}

Một ví dụ kinh điển về bằng chứng sinh hóa cho sự tiến hóa là sự đa dạng trong cơ bản (tức là tất cả các sinh vật sống đều có nó, bởi vì nó thực hiện các chức năng sống rất cơ bản) [[protein]] [[sắc tố tế bào c]] (cytochrome c) trong các tế bào sống. Sự đa dạng của sắc tố tế bào c của các sinh vật khác nhau được xác định bằng số lượng axit amin khác nhau, mỗi loại axit amin khác nhau là kết quả của sự thay thế [[cặp bazơ]], [[đột biến]]. Nếu mỗi axit amin khác nhau được giả định là kết quả của một lần thay thế cặp bazơ, thì có thể tính được hai loài đã phân tách cách đây bao lâu bằng cách nhân số lần thay thế cặp bazơ với thời gian ước tính cho việc thay thế một cặp bazơ của gen sắc tố tế bào c để được truyền thành công. Ví dụ, nếu thời gian trung bình để một cặp gen sắc tố tế nà c đột biến là N năm, số lượng axit amin tạo nên protein sắc tố tế bào c ở khỉ khác với con người, điều này dẫn đến kết luận rằng hai loài đã chuyển hướng N năm trước.

Cấu trúc chính của sắc tố tế bào c bao gồm một chuỗi khoảng 100 [[axit amin]]. Nhiều sinh vật bậc cao sở hữu một chuỗi 104 axit amin.<ref name="indiana">[http://www.indiana.edu/~ensiweb/lessons/molb.ws.pdf Amino acid sequences in cytochrome c proteins from different species], adapted from Strahler, Arthur; Science and Earth History, 1997. page 348.</ref>

Phân tử sắc tố tế bào c đã được nghiên cứu rộng rãi đem lại cái nhìn thoáng qua cho sinh học tiến hóa. Cả [[gà]] và [[gà tây]] đều có sự trình tự xác định tương đồng nhau (axit amin cho axit amin), cũng như [[lợn]], [[bò]] và [[cừu] ]. Cả [[con người]] và [[Tinh tinh thông thường]] đều có chung một phân tử, trong khi [[Macaca mulatta|khỉ Rhesus]] có chung tất cả trừ một trong các axit amin:<ref>{{cite book | last1=Lurquin | first1=P.F. | last2=Stone | first2=L. | title=Genes, Culture, and Human Evolution: A Synthesis |publisher=Blackwell Publishing, Incorporated |year=2006 |page=79 |isbn=978-1-4051-5089-7 |url=https://books.google.com/?id=zdeWdF_NQhEC&pg=PA79&lpg=PA79&dq=chimpanzee+rhesus+cytochrome+c}}</ref> axit amin thứ 66 là [[isoleucin]] ở trước và [[threonin]] ở sau.<ref name="indiana"/>

Điều làm cho những điểm tương đồng tương tự này đặc biệt gợi ý về tổ tiên chung trong trường hợp sắc tố tế bào c, ngoài thực tế là các cây phát sinh chủng loại có nguồn gốc từ nó rất phù hợp với các cây phát sinh chủng loại khác, là mức độ dư thừa chức năng cao của phân tử sắc tố tế bào c. Các hình dạng khác nhau của các axit amin không ảnh hưởng đáng kể đến chức năng của protein, điều này cho thấy rằng sự thay thế cặp bazơ không phải là một phần của thiết kế có chủ đích, mà là kết quả của các đột biến ngẫu nhiên không chịu ảnh hưởng của sự chọn lọc.<ref name="29+ evidences">{{cite web |url=http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section4.html#protein_redundancy |title=29+ Evidences for Macroevolution; Protein functional redundancy] |first=Douglas |last=Theobald |date=2004 |website=The Talk Origins Archive}}</ref>

Ngoài ra, sắc tố tế bào b thường được sử dụng như một vùng của [[ADN ty thể]] để xác định mối quan hệ [[cây phát sinh chủng loài]] giữa các sinh vật do sự biến đổi trình tự của nó. Nó được coi là hữu ích nhất trong việc xác định mối quan hệ trong [[Họ (sinh học) |họ]] và [[Chi (sinh học) | chi]]. Các nghiên cứu so sánh liên quan đến sắc tố tế bào b đã dẫn đến các sơ đồ phân loại mới và đã được sử dụng để quy định các loài mới được mô tả ở một chi, cũng như hiểu sâu hơn về mối quan hệ tiến hóa.<ref name="2001Castresana">{{cite journal | last1=Castresana | first1=J. | title=Cytochrome ''b'' Phylogeny and the Taxonomy of Great Apes and Mammals | journal=Molecular Biology and Evolution | volume=18 | pages=465–471 | year=2001 | url=http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/18/4/465 | pmid=11264397 | issue=4 | doi=10.1093/oxfordjournals.molbev.a003825}}</ref>

==== Retrovirus nội sinh====
[[Retrovirus nội sinh]] (hoặc ERV) là các chuỗi còn sót lại trong bộ gen từ việc nhiễm virus cổ xưa trong một sinh vật. Các retrovirus (hoặc các gen virus) luôn luôn [[di truyền | truyền lại]] cho thế hệ tiếp theo của sinh vật đã bị nhiễm. Điều này khiến gen virus (virogene) còn sót lại trong bộ gen. Bởi vì sự kiện này rất hiếm và ngẫu nhiên, việc tìm thấy các vị trí một virogene giống hệt nhau trong nhiễm sắc thể của ở hai loài khác nhau cho thấy tổ tiên chung.<ref name="29+ evidences"/> [[Họ mèo]] cho thấy một ví dụ đáng chú ý về trình tự virogene thể hiện tổ tiên chung. Cây phát sinh chủng loài cho họ mèo có những loài mèo nhỏ('' [[Mèo ri]] '', '' [[Mèo rừng châu Âu]] '', '' [[Mèo chân đen]] '' và '' [[Mèo|Mèo nhà]] '') phân tách từ những loài mèo lớn hơn như [[Phân họ Báo]] và [[Bộ Ăn thịt | thú ăn thịt]] khác. Thực tế là những loài mèo nhỏ có ERV trong khi những loài mèo lớn không thấy gen này vì nó được chèn vào tổ tiên của những loài mèo nhỏ sau khi chúng phân tách với những loài mèo lớn.<ref>{{cite journal | title= Discovery of a New Endogenous Type C Retrovirus (FcEV) in Cats: Evidence for RD-114 Being an FcEVGag-Pol/Baboon Endogenous Virus BaEVEnv Recombinant| journal=Journal of Virology| year=1999| volume=73| pmid=10482547| issue=10 | last1=Van Der Kuyl | first1=A.C. | last2=Dekker | first2=J.T. | last3=Goudsmit | first3= J. | pages= 7994–8002 | pmc= 112814}}</ref> Một ví dụ khác về điều này là giữa con người và tinh tinh. Con người chứa nhiều ERV chiếm tỷ lệ đáng kể trong bộ gen. Nguồn thì đa dạng, nhưng chung quy là 1%<ref>{{cite journal |author=Sverdlov, E.D. |title=Retroviruses and primate evolution |journal=BioEssays |volume=22 |issue=2 |pages=161–71 |date=February 2000 |pmid=10655035 |doi=10.1002/(SICI)1521-1878(200002)22:2<161::AID-BIES7>3.0.CO;2-X}}</ref> to 8%<ref>{{cite journal |author1=Belshaw, R. |author2=Pereira, V. |author3=Katzourakis, A. |title=Long-term reinfection of the human genome by endogenous retroviruses |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=101 |issue=14 |pages=4894–9 |date=April 2004 |pmid=15044706 |pmc=387345 |doi=10.1073/pnas.0307800101 |bibcode=2004PNAS..101.4894B |display-authors=etal}}</ref> được đề xuất. Con người và tinh tinh chia sẻ bảy sự xuất hiện khác nhau của virogen, trong khi tất cả các loài linh trưởng đều có chung retrovirus phù hợp với sự phát sinh chủng loài.<ref>{{cite journal |author1=Bonner, T.I. |author2=O'Connell, C. |author3=Cohen, M. |title=Cloned endogenous retroviral sequences from human DNA |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |volume=79 |issue=15 |pages=4709–13 |date=August 1982 |pmid=6181510 |pmc=346746 |doi=10.1073/pnas.79.15.4709 |bibcode=1982PNAS...79.4709B}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Johnson|first=Welkin E.|last2=Coffin|first2=John M.|date=1999-08-31|title=Constructing primate phylogenies from ancient retrovirus sequences|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=96|issue=18|pages=10254–10260|doi=10.1073/pnas.96.18.10254|issn=0027-8424|pmid=10468595|bibcode=1999PNAS...9610254J|pmc=17875}}</ref>

==== Nguồn gốc châu Phi gần đây của người hiện đại ====
{{Main| Nguồn gốc châu Phi gần đây của người hiện đại }}
{{See also|Nhóm đơn bội ADN ty thể người | Nhóm đơn bội Y-ADN }}
Các mô hình toán học của sự tiến hóa, được tiên phong bởi những người như [[Sewall Wright]], [[Ronald Fisher]] và [[J. B. S. Haldane]] và được mở rộng thông qua [[phương trình khuếch tán]] bởi [[Motoo Kimura]], cho phép dự đoán về cấu trúc di truyền của các quần thể tiến hóa. Kiểm tra trực tiếp cấu trúc di truyền của các quần thể hiện đại thông qua giải trình tự ADN đã cho phép xác minh nhiều dự đoán này. Ví dụ, học thuyết nguồn gốc loài người [[Nguồn gốc châu Phi gần đây của người hiện đại |từ châu Phi mà ra]] trong đó tuyên bố rằng con người hiện đại phát triển ở châu Phi và một quần thể nhỏ di cư ra ngoài (trải qua nút thắt dân số), ngụ ý rằng quần thể hiện đại sẽ tồn tại vài vết tích từ quá trình di cư này. Cụ thể, các quần thể sau nút thắt (người châu Âu và châu Á) sẽ cho thấy tổng thể sự đa dạng di truyền thấp hơn và sự phân bố tần số alen đồng đều hơn so với dân số châu Phi. Cả hai dự đoán này đều được đưa ra bởi dữ liệu thực tế từ một số nghiên cứu.<ref>{{cite book| last=Pallen | first=Mark | title=Rough Guide to Evolution|publisher=Rough Guides|year=2009 |pages=200–206|isbn=978-1-85828-946-5}}</ref>

==Bằng chứng từ giải phẫu học so sánh==
[[Giải phẫu học so sánh | Nghiên cứu giải phẫu học so sánh]] của các nhóm động vật hoặc thực vật cho thấy rằng các đặc điểm cấu trúc nhất định là tương đồng nhau. Ví dụ: cấu trúc cơ bản của tất cả [[hoa]] bao gồm [[lá đài]], [[cánh hoa]], [[bộ nhụy|đầu nhụy, vòi nhụy, nhụy hoa]]; Tuy nhiên, kích thước, màu sắc, số lượng của các bộ phận và cấu trúc cụ thể là khác nhau đối với từng loài. Giải phẫu thần kinh của hài cốt hóa thạch cũng có thể được so sánh bằng cách sử dụng các kỹ thuật hình ảnh tiên tiến.<ref name="journal nature">{{cite journal |author1=Tanaka, G. |author2=Hou, X. |author3=Ma, X. |author4=Edgecombe, G.D. |author5=Strausfeld, N.J. |title=Chelicerate neural ground pattern in a Cambrian great appendage arthropod |journal=Nature |volume=502 |issue=7471 |pages=364–367 |date=October 2013 |pmid=24132294 |doi=10.1038/nature12520 |bibcode=2013Natur.502..364T }}</ref>

===Hiện tượng lại tổ ===
{{Main|Lại tổ }}
[[File:HindlegsOfHumpbackWhale.jpg|thumb|right|160px|'''Figure 2a:'''Vào tháng 7 năm 1919, một con cá voi lưng gù có chân đã bị bắt bởi một con tàu hoạt động ở Vancouver {{convert|4|ft|2|in|m|abbr=on}} long.<ref>{{cite journal|title=A Remarkable Case of External Hind Limbs in a Humpback Whale |first=Roy Chapman |last=Andrews |date=3 June 1921 |journal=American Museum Novitates|url=http://digitallibrary.amnh.org/dspace/bitstream/2246/4849/1/N0009.pdf|ref=harv}}</ref> This image shows the hindlegs of another humpback whale reported in 1921 by the American Museum of Natural History.]]

Từng được coi là một sự bác bỏ đối với học thuyết tiến hóa, sự lại tổ "hiện được xem là bằng chứng mạnh mẽ về tiềm năng di truyền được giữ lại ... sau khi một cấu trúc cụ thể đã biến mất khỏi một loài".<ref name="Briankhall2">{{Citation | title=Atavisms and atavistic mutations| author=Hall, Brian K. | journal=Nature Genetics| year=1995| volume=10| issue=2| pages=126–127| doi=10.1038/ng0695-126| pmid=7663504 }}</ref> "Sự lại tổ là sự xuất hiện trở lại của một đặc tính điển hình đã mất của tổ tiên xa xôi và không được nhìn thấy trong cha mẹ hoặc tổ tiên gần đây ..."<ref name="Briankhall1">{{Citation | title=Developmental mechanisms underlying the atavisms| author=hall, Brian K. | journal=Biological Reviews| year=1984| volume=59| issue=| pages=89–124| doi=10.1111/j.1469-185x.1984.tb00402.x}}</ref> và là một "[dấu hiệu] về tính mềm dẻo phát triển tồn tại trong phôi ..."<ref name="Briankhall1"/> Sự lại tổ xảy ra do các gen quy định các đặc điểm kiểu hình hiện có trước đây vẫn thường được bảo tồn trong ADN, mặc dù các gen không được biểu hiện ở một số hoặc hầu hết các sinh vật sở hữu chúng.<ref>Lambert, Katie. (2007-10-29) [http://animals.howstuffworks.com/animal-facts/atavism.htm HowStuffWorks "How Atavisms Work"]. Animals.howstuffworks.com. Retrieved on 2011-12-06.</ref> Nhiều ví dụ đã ghi nhận sự xuất hiện của hiện tượng lại tổ cùng với nghiên cứu thực nghiệm kích hoạt sự hình thành của chúng. Do sự phức tạp và liên quan của các yếu tố dính liếu đến sự phát triển của bệnh teo, cả các nhà sinh học và chuyên gia y tế đều cảm thấy "khó khăn, nếu không nói là không thể phân biệt [chúng] với dị tật."<ref name="Nenad">{{Citation | title=Atavisms: Medical, Genetic, and Evolutionary Implications |author1=Tomić, Nenad | journal=Perspectives in Biology and Medicine| year=2011| volume=54| issue=3| pages=332–353| doi=10.1353/pbm.2011.0034|display-authors=etal | pmid=21857125}}</ref>

Một số ví dụ về sự lại tổ được tìm thấy trong các tài liệu khoa học bao gồm:

*Chi sau ở [[cá voi]].<ref name="Briankhall1"/> (xem hình 2a)
*Sự tái xuất hiện chi ở các [[động vật có xương sống không chi]].<ref name="Briankhall2"/><ref name="Briankhall1"/><ref>{{Citation | title=Somites and early morphogenesis in reptile limbs. In Vertebrate Limb and Somite Morphogenesis| edition=| author=Raynaud, A. | date=1977| pages=373–386 | publisher=Cambridge University Press, London | isbn= }}</ref>
* Sự trở lại của cặp chân chèo trên [[cá heo mũi chai]].<ref>{{Citation | url=http://www.livescience.com/4298-dolphin-remains-legs.html| title=Dolphin May Have 'Remains' of Legs| author=Tabuchi, Hiroko | publisher=Livescience.com| date=2006| accessdate= }}</ref>
* Thêm ngón chân của ngựa hiện đại.<ref name="Briankhall1"/><ref>{{cite journal |author1=Tyson, R. |author2=Graham, J.P. |author3=Colahan, P.T. |author4=Berry, C.R. |title=Skeletal atavism in a miniature horse |journal=Veterinary Radiology & Ultrasound |volume=45 |issue=4 |pages=315–7 |year=2004 |pmid=15373256 |doi=10.1111/j.1740-8261.2004.04060.x |ref=harv}}</ref><ref>{{Citation | title=Horses: The story of the horse family in the modern world and through sixty million years of evolution| author=Simpson, G. G.| date=1951| publisher=Oxford University Press}}</ref>
*[[Vất tích con người |Đuôi người]] (không phải đuôi giả)<ref name="Nenad"/><ref>{{Citation | title=Human tails and pseudotails |author1=Dao, Anh H. |author2=Netsky, Martin G. | journal=Human Pathology| year=1984| volume=15| issue=5| pages=449–453| doi=10.1016/S0046-8177(84)80079-9| pmid=6373560}}</ref> và tăng thêm số lượng núm vú ở người.<ref name="Briankhall1"/>
* Sự tái tiến hóa sinh sản hữu tính từ sinh sản đơn tính ở [[Phân bộ ve giáp|orbitid mites]].<ref>{{Citation | title=Reevolution of sexuality breaks Dollo's law|author1=Katja Domes | journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.| year=2007| volume=104| issue=17| pages=7139–7144| url=|display-authors=etal|doi=10.1073/pnas.0700034104 |pmid=17438282 |pmc=1855408|bibcode=2007PNAS..104.7139D}}</ref>
*Răng ở gà.<ref>{{Citation | title=The Development of Archosaurian First-Generation Teeth in a Chicken Mutant |author=Harris, Matthew P. | journal=Current Biology| year=2006| volume=16| issue=4| pages=371–377| doi=10.1016/j.cub.2005.12.047| pmid=16488870|display-authors=etal}}</ref>
*[[Cựa]] ở chó.<ref name="Briankhall1"/>
*Sự tái xuất hiện cánh ở những loài côn trùng không cánh như [[bộ bọ que]] <ref>{{Citation | title=Loss and recovery of wings in stick insects|author1=Michael F. Whiting | journal=Nature| year=2003| volume=421| issue=6920| pages=264–267| doi=10.1038/nature01313| pmid=12529642|display-authors=etal| bibcode=2003Natur.421..264W}}</ref> và [[bộ cánh da]].<ref name="Briankhall1"/>
*Lại tổ cơ bắp ở một số loại chim, <ref name="Raikowetal">{{Citation | title=The evolutionary re-establishment of a lost ancestral muscle in the bowerbird assemblage|author1=Robert J. Raikow | journal= Condor| year=1979| volume=81| issue=2| pages=203–206| doi=10.2307/1367290|display-authors=etal|jstor=1367290 }}</ref><ref>{{Citation | title=The evolutionary reappearance of ancestral muscles as developmental anomalies in two species of birds| author=Robert J. Raikow| journal=Condor| year=1975| volume=77| issue=4| pages=514–517| doi=10.2307/1366113| jstor=1366113}}</ref> và động vật có vú như là [[chó săn thỏ]]<ref>{{Citation | title=Hyoid muscle anomalies in the dog (Canis familiaris)| author=E. Evansh| journal=Anatomical Record| year=1959| volume=133| issue=2| pages=145–162| doi=10.1002/ar.1091330204}}</ref> và [[chuột nhảy]].<ref name="Raikowetal"/>
*Thêm ngón chân ở [[chuột lang nhà]].<ref name="Briankhall1"/><ref>{{Citation | title=The origin of a polydactylous race of guinea-pigs| edition=49| author=Castle, William E. | date=1906| pages=| publisher=Carnegie Institution of Washington| isbn= }}</ref>

=== Sinh học phát triển tiến hóa và phát triển phôi ===
{{Main| Sinh học phát triển tiến hóa }}
{{See also|Phát triển phôi }}
Sinh học phát triển tiến hóa là lĩnh vực sinh học so sánh quá trình phát triển của các sinh vật khác nhau để xác định mối quan hệ tổ tiên giữa các loài. Một bộ gen lớn của sinh vật chứa một [[Sinh học phát triển tiến hóa | một phần nhỏ gen]] điều khiển sự phát triển của sinh vật. [[Gen Hox]] là một ví dụ về các loại gen gần như phổ quát trong các sinh vật chỉ ra nguồn gốc của tổ tiên chung. Bằng chứng phôi học đến từ sự phát triển của các sinh vật ở cấp độ phôi được so sánh với phôi của các sinh vật khác nhau cho thấy sự tương đồng. Phần còn lại của các đặc điểm tổ tiên thường xuất hiện và biến mất trong các giai đoạn khác nhau của quá trình phát triển phôi.
Một số ví dụ bao gồm:
* Tăng trưởng và rụng [[lông tơ]] trong quá trình phát triển của con người.<ref>{{cite journal |doi=10.1007/s11692-010-9085-4 |title=The Evo-Devo Puzzle of Human Hair Patterning |year=2010 |last1=Held |first1=Lewis I. |journal=Evolutionary Biology |volume=37 |issue=2–3 |pages=113–122}}</ref>
* Sự phát triển và thoái hóa của [[túi noãn hoàng]].
* [[Bộ không đuôi]] và [[bộ có đuôi]] trải qua giai đoạn ấu trùng trong trứng - với các đặc điểm của ấu trùng thủy sinh điển hình - nhưng lúc nở ra phải sẵn sàng cho cuộc sống trên cạn.<ref name="Douglas J. Futuyma 1998 122">{{cite book | title=Evolutionary Biology| edition=3rd| first=Douglas J. | last=Futuyma | year=1998| page=122| publisher=Sinauer Associates Inc.| isbn=978-0-87893-189-7}}</ref>
* Sự xuất hiện của các cấu trúc giống như mang ([[cung hầu]]) trong sự phát triển phôi của động vật có xương sống. Lưu ý rằng ở cá, các cung tiếp tục phát triển dưới dạng [[cung mang]] trong khi ở người, chẳng hạn, chúng tạo ra [[cung hầu|nhiều cấu trúc khác nhau]] trong đầu và cổ.

=== Cơ quan tương đồng và sự phân tách tiến hóa (thích nghi) ===
Nếu các nhóm sinh vật đa dạng được phân tách có nguồn gốc từ một tổ tiên chung, chúng được dự kiến sẽ có những đặc điểm cơ bản nhất định. Mức độ tương đồng giữa hai sinh vật sẽ cho biết mức độ chặt chẽ trong mối quan hệ gần gũi của chúng trong quá trình tiến hóa:
* Các nhóm có ít điểm chung được cho là đã phân tách từ [[tổ tiên chung]] sớm hơn nhiều trong lịch sử địa chất so với các nhóm có nhiều điểm chung;
* Khi quyết định mức độ gần gũi của hai loài động vật, một nhà giải phẫu so sánh tìm kiếm các [[cấu trúc]] về cơ bản giống nhau, mặc dù chúng có thể phục vụ các chức năng khác nhau trong [[trưởng thành]]. Các cấu trúc như vậy được mô tả là [[Tương đồng (sinh học) | cơ quan tương đồng]] và gợi ý về một tổ tiên chung.
* Trong trường hợp các cấu trúc tương tự phục vụ các chức năng khác nhau ở người trưởng thành, có thể cần phải truy tìm nguồn gốc của chúng trong [[phát triển phôi]]. Một nguồn gốc tương tự trong phát triển phôi cho thấy chúng có các cấu trúc đó là giống nhau, và do đó có khả năng bắt nguồn từ một tổ tiên chung.

Khi một nhóm sinh vật có cùng cơ quan tương đồng chuyên thực hiện nhiều chức năng khác nhau để thích nghi với các điều kiện môi trường và chế độ sống khác nhau một cách nhanh chóng, nó được gọi là [[bức xạ thích nghi]] (adaptive radiation). Sự lan truyền dần dần của các sinh vật với bức xạ thích nghi được gọi là [[tiến hóa phân kỳ]] (divergent evolution), là nguyên nhân dẫn tới [[sự hình thành loài]].

=== Sự lồng nhau của hệ thống phân loại sinh học ===
[[Phân loại sinh học]] dựa trên thực tế là tất cả các sinh vật có mối quan hệ họ hàng với nhau trong hệ thống lồng nhau dựa trên các đặc điểm chung. Hầu hết các loài hiện nay có thể được sắp xếp khá dễ dàng trong một hệ thống phân loại lồng nhau. Điều này là hiển nhiên từ sơ đồ phân loại Linnaean. Dựa trên các các đặc tính nguồn gốc được chia sẻ, các sinh vật có mối quan hệ họ hàng gần gũi có thể được đặt trong một nhóm (chẳng hạn như một chi), một số chi có thể được nhóm lại thành một họ, một số họ có thể được nhóm lại thành một bộ, v.v..<ref name="talkorigins.org">[http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section1.html#nested_hierarchy 29+ Evidences for Macroevolution: Part 1]. Talkorigins.org. Retrieved on 2011-12-06.</ref> Sự tồn tại của các hệ thống phân loại lồng nhau này đã được nhiều nhà sinh học trước Darwin công nhận, nhưng ông đã cho thấy rằng học thuyết tiến hóa của ông với mô hình phân nhánh chung của nó có thể giải thích nguyên nhân của sự phân loại này.<ref name="talkorigins.org"/><ref>{{cite book|last=Coyne|first=Jerry A.|authorlink=Jerry A. Coyne|title=Why Evolution is True|publisher=Viking|year=2009|pages=[https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/8 8–11]|isbn=978-0-670-02053-9|url=https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/8}}</ref> Darwin described how common descent could provide a logical basis for classification:<ref>{{cite book | title= On the Origin of Species | authorlink=Charles Darwin | first=Charles | last=Darwin | year=1859| page=420| publisher= John Murray }}</ref>

{{cquote|Tất cả các quy tắc và trợ giúp nói trên và những khó khăn trong phân loại đều được giải thích, nếu tôi không tự lừa dối bản thân mình, theo quan điểm rằng hệ thống tự nhiên được thiết lập dựa trên sự thay đổi; rằng các đặc tính mà các nhà tự nhiên coi là thể hiện sự giống nhau thực sự giữa bất kỳ hai hoặc nhiều loài, là những đặc tính được thừa hưởng từ tổ tiên chung, và cho đến nay, tất cả các phân loại thực sự là phả hệ; nhóm con cháu đó là mối liên kết ẩn mà những người theo chủ nghĩa tự nhiên đã vô thức tìm kiếm,&nbsp;... |30px|30px|[[Charles Darwin]]|''[[On the Origin of Species]]'', page 577}}

====Cây tiến hóa ====
Một [[cây phát sinh chủng loại]] (của động vật có màng ối (Amniota), là ví dụ, cho tổ tiên chung nhất của động vật có vú và bò sát và tất cả con cháu của nó) minh họa các điều kiện ban đầu gây ra các mô hình tiến hóa tương tự (ví dụ, tất cả các loài động vật có màng ối đẻ một quả trứng có chứa [[màng ối]]) và các mô hình phân tách giữa các chủng loài (ví dụ, động vật có vú và bò sát phân nhánh từ tổ tiên chung là động vật có màng ối). Cây tiến hóa cung cấp các mô hình khái niệm về các hệ thống tiến hóa từng được cho là hạn chế trong lĩnh vực đưa ra dự đoán vượt ngoài học thuyết.<ref name="Tuomi81" >{{cite journal | last1=Tuomi | first1=J. | title=Structure and dynamics of Darwinian evolutionary theory | journal=Syst. Zool. | volume=30 | issue=1 | pages=22–31 | url=http://www.vordenker.de/downloads/tuomi_structure-dynamics-Darwinian-evolutionary-theory.pdf | doi=10.2307/2992299 | year=1981| jstor=2992299 }}</ref> Tuy nhiên, phương pháp [[dự đoán phát sinh chủng loại]] được sử dụng để suy ra dự đoán với xác suất lớn hơn nhiều so với các dữ liệu thô mà ta có. Ví dụ, các nhà cổ sinh vật học sử dụng kỹ thuật này để đưa ra dự đoán về các đặc điểm không thể quan sát được ở các sinh vật hóa thạch, như khủng long có lông và các nhà sinh học phân tử sử dụng kỹ thuật này để đưa ra dự đoán về chuyển hóa ARN và chức năng protein.<ref name="Aravind03">{{cite journal |author1=Aravind, L. |author2=Iyer, L.M. |author3=Anantharaman, V. |title=The two faces of Alba: the evolutionary connection between proteins participating in chromatin structure and RNA metabolism |journal=Genome Biology |volume=4 |issue=10 |pages=R64 |year=2003 |pmid=14519199 |pmc=328453 |doi=10.1186/gb-2003-4-10-r64}}</ref><ref name="Brochu09">{{cite journal | last1=Brochu | first1=C. A. | last2=Wagner | first2=J. R. | last3=Jouve | first3=S. | last4=Sumrall | first4=C. D. | last5=Densmore | first5=L. D. | title=A correction corrected:Consensus over the meaning of Crocodylia and why it matters | journal=Syst. Biol. | year=2009 | volume=58 | issue=5 | pages=537–543 | doi=10.1093/sysbio/syp053 | url=http://www.cnah.org/pdf_files/1364.pdf | pmid=20525607 | deadurl=yes | archiveurl=https://web.archive.org/web/20130927142224/http://www.cnah.org/pdf_files/1364.pdf | archivedate=2013-09-27}}</ref> Do đó, cây tiến hóa là giúp đưa ra các giả thuyết tiến hóa đề cập đến các thực kiện cụ thể, chẳng hạn như đặc điểm của sinh vật (ví dụ: vảy, lông, lông), cung cấp bằng chứng cho các mô hình gốc và giải thích nguyên nhân cho sự biến đổi (ví dụ, chọn lọc tự nhiên hoặc trôi dạt trung tính (neutral drift)) trong bất kỳ dòng dõi nhất định (ví dụ động vật có màng ối). Các nhà sinh học tiến hóa kiểm tra học thuyết tiến hóa bằng các phương pháp sử dụng hệ thống phát sinh chủng loại để đo lường mức độ giả thuyết (một kiểu phân nhánh cụ thể trong cây tiến hóa) làm tăng khả năng có thể đúng của bằng chứng (sự phân bố các đặc tính giữa các dòng dõi).<ref>{{cite journal | last1=Bock | first1=W. J. | year=2007 | title=Explanations in evolutionary theory | journal=J Zool Syst Evol Res | volume=45 | issue=2 | pages=89–103 | doi=10.1111/j.1439-0469.2007.00412.x | url=http://www.aseanbiodiversity.info/Abstract/51012382.pdf | ref=harv | deadurl=yes | archiveurl=https://web.archive.org/web/20120512021810/http://www.aseanbiodiversity.info/Abstract/51012382.pdf | archivedate=2012-05-12 | df= }}</ref><ref>{{harvnb|Kluge|1999}}</ref><ref>{{harvnb|Laurin|2000}}</ref> Mức độ khốc liệt của các thí nghiệm cho một học thuyết tăng lên nếu các dự đoán thuộc dạng "ít có khả năng được quan sát nhất nếu sự kiện nhân quả không xảy ra."<ref>{{harvnb|Fitzhugh|2006|p=31}}</ref> "Khả năng thực nghiệm là thước đo xem giả thuyết tăng bao nhiêu khả năng có thể đúng của bằng chứng."<ref>{{harvnb|Kluge|1999|p=432}}</ref>

===Cơ quan thoái hóa ===
{{Main|Vết tích tổ tiên }}
{{See also|Vết tích tổ tiên của con người}}
Bằng chứng cho sự tồn tại của tổ tiên chung đến từ sự tồn tại của các cơ quan thoái hóa.<ref name=Slifkin258_9>{{cite book | first=Natan | last=Slifkin |title=The Challenge of Creation… |publisher=Zoo Torah |year=2006 |pages=258–9 |isbn=978-1-933143-15-6 }}</ref> Các cấu trúc thô sơ này thường tương đồng với các cấu trúc tương ứng trong các loài họ hàng hoặc tổ tiên. Một loạt các cấu trúc tồn tại như gen đột biến và không hoạt động, các bộ phận của hoa, cơ bắp, cơ quan và thậm chí cả hành vi. Sự đa dạng này có thể được tìm thấy trên nhiều nhóm loài khác nhau. Trong nhiều trường hợp chúng bị thoái hóa hoặc kém phát triển. Sự tồn tại của các cơ quan tiền đình có thể được giải thích dưới dạng những thay đổi trong môi trường hoặc phương thức sống của loài. Các cơ quan đó thường có chức năng trong các loài tổ tiên nhưng bây giờ hoặc là bán chức năng, không chức năng hoặc tái mục đích.

Tài liệu khoa học liên quan đến cơ quan thoái hóa (vestigial structures) rất nhiều. Một nghiên cứu đã đưa ra 64 ví dụ về cơ quan thoái hóa được tìm thấy trong tài liệu trên một loạt các ngành học trong thế kỷ 21.<ref>{{Citation | title=Vestigial Biological Structures: A Classroom-Applicable Test of Creationist Hypotheses| author=Senter, Phil | journal=The American Biology Teacher| year=2015| volume=77| issue=2| pages=99–106| doi=10.1525/abt.2015.77.2.4|display-authors=etal}}</ref> Danh sách không đầy đủ sau đây tóm tắt Senter et al. cùng với nhiều ví dụ khác:

* Sự hiện diện của tàn dư [[ty thể]] ([[mitosome]]) đã mất khả năng tổng hợp [[Adenosine triphosphate | ATP]] trong '' [[Entamoeba histolytica]], [[Trachipleistophora hominis] [Cryptosporidium parvum]], [[Blastocystis hominis]] '' và '' [[Giardia intestinalis]''.<ref>{{Citation | title=Protein Import, Replication, and Inheritance of a Vestigial Mitochondrion |author=Attila Regoes |display-authors=etal |journal=The Journal of Biological Chemistry| year=2005| volume=280| issue=34| pages=30557–30563| doi=10.1074/jbc.M500787200 | pmid=15985435}}</ref>
* Tàn dư bào quan [[lục lạp ]] ([[vô sắc lạp]]) trong các loài tảo không quang hợp (''[[Plasmodium falciparum]]'', ''[[Toxoplasma gondii]]'', ''[[Aspasia longa]]'', ''[[Anthophysa vegetans]]'', ''[[Ciliophrys infusionum]]'', ''[[Pteridomonas danica]]'', ''[[Paraphysomonas]]'', ''[[Spumella]]'' và ''[[Epifagus americana]]''.<ref>{{Citation | title=Vestigial chloroplasts in heterotrophic stramenopiles ''Pteridomonas danica'' and ''Ciliophrys infusionum'' (Dictyochophyceae)| author=Sekiguchi, Hiroshi| journal=Protist| year=2002| volume=153| issue=2| pages=157–167| doi=10.1078/1434-4610-00094 | pmid=12125757|display-authors=etal}}</ref>
* Thiếu [[nhị hoa]] (không mạch [[nhị lép]]) trên các loài hoa như ''[[Gilliesia]]'' và ''[[Gethyum]]''.<ref>{{Citation | title=Floral Anatomy and Systematics of Alliaceae with Particular Reference to ''Gilliesia'', A Presumed Insect Mimic with Strongly Zygomorphic Flowers| author=Paula J. Rudall| journal=American Journal of Botany| year=2002| volume=89| issue=12| pages=1867–1883|display-authors=etal| doi=10.3732/ajb.89.12.1867| pmid=21665616}}</ref>
* [[Nhị]] không chức năng ở hoa cái và [[nhụy]] không chức năng ở hoa đực của các loài xương rồng như ''[[Consolea]] spinosissima''.<ref>{{Citation | title=Subdioecy in ''Consolea Spinosissima'' (Cactaceae): Breeding System and Embryological Studies| author=Strittmatter, Lara I. | journal=American Journal of Botany| year=2002| volume=89| issue=9| pages=1373–1387|display-authors=etal| doi=10.3732/ajb.89.9.1373| pmid=21665739}}</ref>
* Nhụy hoa còn sót lại trên hoa cái của ''[[Fragaria virginiana]]'';<ref>{{Citation | title=Constraints on the Evolution of Males and Sexual Dimorphism: Field Estimates of Genetic Architecture of Reproductive Traits in Three Populations of Gynodioecious ''Fragaria virginiana''| author=Ashman, Tia-Lynn| journal=Evolution| year=2003| volume=57| issue=9| pages=2012–2025| doi=10.1554/02-493}}</ref> tất cả các loài của chi ''[[Schiedea]]'';<ref>{{Citation | title=Wind Pollination, Sexual Dimorphism, and Changes in Floral Traits of ''Schiedea'' (Caryophyllaceae)| author=Golonka, Annette M. | journal=American Journal of Botany| year=2005| volume=92| issue=9| pages=1492–1502|display-authors=etal| doi=10.3732/ajb.92.9.1492| pmid=21646167 }}</ref> và trên ''[[Penstemon centranthifolius]]'', ''P. rostriflorus'', ''P. ellipticus'', và ''P. palmeri''.<ref>{{Citation | title=Vestigial organs as opportunities for functional innovation: the example of the Penstemon staminode|author1=Walker-Larsen, J. |author2=Harder, L. D. | journal=Evolution| year=2001| volume=55|issue=3 | pages=477–487 | doi=10.1111/j.0014-3820.2001.tb00782.x}}</ref>
* Vết tích [[bao phấn]] trên ''[[Nemophila menziesii]]''.<ref>{{Citation | title=Inbreeding Effect on Male and Female Fertility and Inheritance of Male Sterility in ''Nemophila menziesii'' (Hydrophyllaceae)|author1=Gomez, Nadilla N. |author2=Shaw, Ruth G. | journal=American Journal of Botany| year=2006| volume=93| issue=5| pages=739–746| doi=10.3732/ajb.93.5.739|pmid=21642137 }}</ref>

[[File:Mystice pelvis (whale).png|thumb|right|350px|'''Hình 2b:''' Bộ xương của một [[cá voi tấm sừng]] với cấu trúc chân sau và xương chậu được khoanh tròn màu đỏ. Cấu trúc xương này tồn tại bên trong suốt cuộc đời của loài.]]

* Sư tiêu biến chi sau và [[xương chậu]] nhưng vẫn được gắn vào cơ của [[cá voi]] (xem hình 2b).<ref>{{Citation | title=Limbs in Whales and Limblessness in Other Vertebrates: Mechanisms ofEvolutionary and Developmental Transformation and Loss|author1=Bejder, Lars |author2=Hall, Brian K.| journal=Evolution and Development| year=2002| volume=4| issue=6| pages=445–458| doi=10.1046/j.1525-142x.2002.02033.x| pmid=12492145}}</ref><ref name="Coyne 2009 60">{{cite book| title=Why Evolution Is True| last=Coyne| first=Jerry A.| authorlink=Jerry A. Coyne| year=2009| pages=[https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/60 60]| publisher=Viking| isbn=978-0-670-02053-9| url=https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/60}}</ref><ref>{{cite book | title=Developmental plasticity and evolution | first=Mary Jane | last=West-Eberhard| year=2003| page=232| publisher=Oxford University Press| isbn=978-0-19-512234-3}}</ref><ref>{{Citation | title=Notes on the anatomy, positioning and homology of the pelvic bones in small cetaceans (Cetacea, Delphinidae, Pontoporiidae)|author1=P. C. Simões-Lopes |author2=C. S. Gutstein| journal=LAJAM| year=2004| volume=3| issue=2| pages=157–162| doi=10.5597/lajam00060}}</ref> Đôi khi, các gen mã hóa cho các chi dài hơn khiến một con cá voi hiện đại phát triển chân. Vào ngày 28 tháng 10 năm 2006, một con cá heo mũi nhọn bốn vây đã bị bắt và nghiên cứu do có thêm các chi sau.<ref>{{cite web |url=http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section2.html#atavisms_ex1 |title= Example 1: Living whales and dolphins found with hindlimbs|accessdate=2011-03-20 |publisher= Douglas Theobald}}</ref> Những cái chân của [[bộ cá voi]] này cho thấy một ví dụ về sự lại tổ được dự đoán từ tổ tiên chung của chúng.
* Cánh sau không chức năng ở ''[[Carabus solieri]]''<ref>{{Citation | title=Hybridization, developmental stability, and functionality of morphological traits in the ground beetle Carabus solieri (Coleoptera, Carabidae)| author=Garner, Stephane | journal=Biological Journal of the Linnean Society| year=2006| volume=89| issue=| pages=151–158| doi=10.1111/j.1095-8312.2006.00668.x|display-authors=etal}}</ref> và những con bọ cánh cứng khác.<ref name="Coyne 2009 60"/>
* Mắt còn sót lại (và cấu trúc mắt) ở động vật bị mất thị lực như cá hang động mù (ví dụ: ‘’[[Astyanax mexicanus]]’’),<ref>{{Citation | title=Emerging model systems in evo-devo: cavefish and microevolution of development| author=Jeffery, William R. | journal=Evolution and Development| year=2008| volume=10| issue=3| pages=256–272| doi=10.1111/j.1525-142X.2008.00235.x| pmid=18460088 | pmc=3577347}}</ref> chuột chũi, rắn, nhện, kỳ nhông, tôm, tôm càng và bọ cánh cứng.<ref>{{cite book| title=Why Evolution Is True| last=Coyne| first=Jerry A.| authorlink=Jerry A. Coyne| year=2009| pages=[https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/59 59–60]| publisher=Viking| isbn=978-0-670-02053-9| url=https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/59}}</ref><ref>{{Citation | title=Photoentrainment in blind and sighted rodent species: responses to photophase light with different wavelengths| author=Abed E. Zubidat| journal=The Journal of Experimental Biology| year=2010| volume=213| issue=Pt 24| pages=4213–4222| doi=10.1242/jeb.048629|display-authors=etal| pmid=21113002}}</ref>
* Vết tích mắt ở phần sinh vật còn tồn tại như ''[[Rhineura floridana]]'' và vết tích [[xương sọ jugal]] ở sinh vật đã tuyệt chủng ''Rhineura hatchery'' (phân loại lại là ''[[Protorhineura hatcherii]]'').<ref>{{Citation | title=Cranial Anatomy of the Extinct Amphisbaenian ''Rhineura hatcherii'' (Squamata, Amphisbaenia) Based on High-Resolution X-ray Computed Tomography |author1=Kearney, Maureen |author2=Maisano, Jessica Anderson |author3=Rowe, Timothy | journal=Journal of Morphology| year=2005| volume=264| issue=1| pages=1–33| doi=10.1002/jmor.10210|pmid=15549718 }}</ref><ref>{{Citation | title=Cave Life: Evolution and Ecology | author=David C. Culver | date=1982 | publisher=Harvard University Press | isbn=9780674330191 }}</ref>
* Đôi cánh không có chức năng ở những loài chim không biết bay như đà điểu, chim kiwi, đà điểu đầu mào và đà điểu châu Úc.<ref>{{cite book| title=Why Evolution Is True| last=Coyne| first=Jerry A.| authorlink=Jerry A. Coyne| year=2009| pages=[https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/57 57–59]| publisher=Viking| isbn=978-0-670-02053-9| url=https://archive.org/details/whyevolutionistr00coyn/page/57}}</ref><ref>{{Citation | title=Osteology and myology of the wing of the Emu (Dromaius novaehollandiae), and its bearing on the evolution of vestigial structures|author1=Erin E. Maxwell |author2=Hans C.E. Larsson| journal=Journal of Morphology| year=2007| volume=268| issue=5| pages=423–441| doi=10.1002/jmor.10527| pmid=17390336}}</ref>
* Sự hiện diện của nếp gấp nhỏ của hành kết mạc trên khóe mắt giữa (Plica semilunaris) trong mắt con người —một vết tích còn sót lại của [[động vật màng nictate]] (Nictitating membrane).<ref>{{Citation | title=Atlas of Ophthalmology | edition=1 | author=Michael G. Glasspool | date=1982 | pages=9 | publisher=MTP Press Unlimited | isbn= }}</ref>
*[[Tuyến Harderian]] ở linh trưởng.<ref>{{Citation | title=The primate Harderian gland: Does it really exist?|author1=Rehoreka, Susan J. |author2=Smith, Timothy D. | journal=Ann Anat| year=2006| volume=188| issue=4| pages=319–327| doi=10.1016/j.aanat.2006.01.018|pmid=16856596 }}</ref>
* Sự tiêu biến chân sau và cấu trúc xương chậu ở [[thằn lằn không chân]], [[họ thằn lằn bóng]],<ref>{{Citation | title=Appendicular skeletons of five Asian skink species of the genera ''Brachymeles'' and ''Ophiomorus'', including species with vestigial appendicular structures |author1=Andrade, Julia B. |author2=Lewis, Ryshonda P. |author3=Senter, Phil | journal=Amphibia-Reptilia | year=2016| doi=10.1163/15685381-00003062 | volume=37 |issue=4 | pages=337–344}}</ref> [[amphisbaenian]], và vài loài rắn khác.<ref>{{Citation | title=Appendicular Skeleton in Amphisbaenians (Reptilia: Squamata)| author=Maureen Kearney| journal=Copeia| year=2002| volume=2002| issue=3| pages=719–738| doi=10.1643/0045-8511(2002)002[0719:asiars]2.0.co;2}}</ref><ref>{{Citation | title=First Report of a Pectoral Girdle Muscle in Snakes, with Comments on the Snake Cervico-dorsal Boundary|author1=Tsuihiji, Takanobu |author2=Kearney, Maureen |author3=Olivier Rieppel| journal=Copeia| year=2006| volume=2006| issue=2| pages=206–215| doi=10.1643/0045-8511(2006)6[206:froapg]2.0.co;2}}</ref>
* Tiêu biến bộ máy khứu giác và biến mất ở cá voi dù vẫn còn sở hữu các bộ gen quy định thụ thể khứu giác.<ref>{{Citation | title=The Vestigial Olfactory Receptor Subgenome of Odontocete Whales: Phylogenetic Congruence between Gene-Tree Reconciliation and Supermatrix Methods |author1=Mcgowan, Michael R. |author2=Clark, Clay |author3=Gatesy, John | journal=Systematic Biology| year=2008| volume=57| issue=4| pages=574–590| doi=10.1080/10635150802304787 | pmid=18686195}}</ref>
* Vết tích răng ở [[kỳ lân biển]].<ref>{{Citation | title=Vestigial Tooth Anatomy and Tusk Nomenclature for Monodon Monoceros| author=Nweeia, Martin T. | journal=The Anatomical Record| year=2012| volume=295| issue=6| pages=1006–1016 | doi=10.1002/ar.22449 |display-authors=etal| pmid=22467529}}</ref>
*Ngón thô của ''[[Ateles geoffroyi]]'', ''[[Colobus guereza]]'', và ''[[Perodicticus potto]]''.<ref>{{Citation | title=Variability of Metapodials in PrimatesWith Rudimentary Digits: ''Ateles geoffroyi'', ''Colobus guereza'', and ''Perodicticus potto''| author=Tague, Robert G. | journal=American Journal of Physical Anthropology| year=2002| volume=117| issue=3| pages=195–208| doi=10.1002/ajpa.10028| pmid=11842399}}</ref>
* Vết tích răng nguyên thủy trong mô hình răng phôi ở chuột.<ref>{{Citation | title=Development of the Vestigial Tooth Primordia as Part of Mouse Odontogenesis| author=Peterková, R. | journal=Connective Tissue Research| year=2002| volume=43| issue=2–3| pages=120–128|display-authors=etal| doi=10.1080/03008200290000745}}</ref>
* Sự tiêu biến hoặc biến mất của [[cơ quan vomeronasal]] ở con người và [[họ khỉ cựu thế giới]].<ref>{{Citation | title=Relaxed selective pressure on an essential component of pheromone transduction in primate evolution|author1=Liman, Emily R. |author2=Innan, Hideki | journal=PNAS| year=2003| volume=100| issue=6| pages=3328–3332| doi=10.1073/pnas.0636123100| pmid=12631698| pmc=152292| bibcode=2003PNAS..100.3328L}}</ref><ref>{{Citation | title=Evolutionary deterioration of the vomeronasal pheromone transduction pathway in catarrhine primates |author1=Zhang, Jianzhi |author2=Webb, David M. | journal=PNAS| year=2003| volume=100| issue=14| pages=8337–8341| doi=10.1073/pnas.1331721100| pmid=12826614| pmc=166230| bibcode=2003PNAS..100.8337Z}}</ref>
* Sự hiện diện của cơ bắp xoang không chức năng ở người được sử dụng trong cử động râu ria.<ref>{{Citation | title=Vestiges of vibrissal capsular muscles exist in the human upper lip| author=Tamatsu | journal=Clinical Anatomy| year=2007| volume=20| issue=6| pages=628–631| doi=10.1002/ca.20497|display-authors=etal| pmid=17458869}}</ref>
*Sự thoái hóa cơ [[palmaris longus]] ở con người.<ref>{{Citation | title=Prevalence of palmaris longus absence – a study in the Yoruba population|author1=Mbaka, Godwin O. |author2=Ejiwunmi, Adedayo B. | journal=Ulster Medical Journal| year=2009| volume=78| issue=2| pages=90–93}}</ref>
*[[Phân thứ lớp Cá xương thật]], linh trưởng dạng người thuộc ([[Phân thứ bộ Khỉ dạng người]]), [[chuột lang nhà]], vài loài dơi và vài loài [[bộ sẻ]] đã mất khả năng tổng hợp vitamin C ([[ascorbic acid]]), nhưng vẫn sở hữu các gen liên quan. Sự bất lực này là do đột biến gen L-gulono-γ-lactone oxidase (''GLO'')—xuất hiện ở linh trưởng, cá xương thật và chuột lang là không đảo ngược được.<ref>{{Citation | title=The Genetics of Vitamin C Loss in Vertebrates| author=Drouin, Guy | journal=Current Genomics| year=2011| volume=12| issue=5| pages=371–378|display-authors=etal| doi=10.2174/138920211796429736| pmid=22294879| pmc=3145266}}</ref>
* Phần bụng còn sót lại ở ([[hà]]).<ref>{{Citation | title=Barnacle Duplicate ''Engrailed'' genes: Divergent Expression Patterns and Evidence for a Vestigial Abdomen| author=Gibert, Jean-Michel| journal=Evolution and Development| year=2000| volume=2| issue=4| pages=194–202| doi=10.1046/j.1525-142x.2000.00059.x|display-authors=etal}}</ref>
*Phôi động vật có xương sống không phải động vật có vú phụ thuộc vào các chất dinh dưỡng từ [[túi noãn hoàng]]. Hệ gen của con người và động vật có vú khác chứa các gen bị hỏng, không hoạt động, mã hóa cho việc sản xuất lòng đỏ, cùng với sự hiện diện của túi noãn hoàng với phôi.<ref>{{Citation | title=The mammalian yolk sac placenta |author1=Freyer, Claudia |author2=Renfree, Marilyn B. | journal=Journal of Experimental Zoology| year=2009| volume=312B|issue=6 | pages=545–554 |doi=10.1002/jez.b.21239|pmid=18985616 }}</ref><ref>{{Citation | title=Loss of Egg Yolk Genes in Mammals and the Origin of Lactation and Placentation| author=Brawand, David | journal=PLoS Biology | year=2008| volume=6| issue=3| doi=10.1371/journal.pbio.0060063| pmid=18351802 | pmc=2267819 |display-authors=etal | pages=e63}}</ref><ref>{{Citation | last=Myers | first=P. Z. |authorlink=P. Z. Myers | title=Reproductive history writ in the genome | work=Pharyngula | publisher=ScienceBlogs | date=2008 | url=http://scienceblogs.com/pharyngula/2008/03/19/reproductive-history-writ-in-t/ }}</ref>
*Phôi cá heo có mầm chi.<ref>{{Citation | title=On the development of Cetacean extremities: I. Hind limb rudimentation in the Spotted dolphin (''Stenella attenuata'')| author=David Seder| journal=European Journal of Morphology| year=1997| volume=35| issue=1| pages=25–30| doi=10.1076/ejom.35.1.25.13058| pmid=9143876|display-authors=etal}}</ref>
* Sự hình thành lá ở một số loài xương rồng.<ref>{{Citation | title=Structure, Development, and Taxonomy in the Genus ''Lophophora''|author1=Boke, Norman H. |author2=Anderson, Edward F. | journal=American Journal of Botany| year=1970| volume=57| issue=5| pages=569–578| jstor=2441055| doi=10.2307/2441055}}</ref>
* Sự hiện diện của một vết tích nội cộng sinh ''[[Lepidodinium viride]]'' trong tảo đơn bào hai roi ''[[Gymnodinium chlorophorum]]''.<ref>{{Citation | title=''Gymnodinium chlorophorum'', a new, green, bloom-forming dino agellate (Gymnodiniales, Dinophyceae) with a vestigial prasinophyte endosymbiont|author1=Malte Elbrächter |author2=Eberhart Schnepf| journal=Phycologia| year=1996| volume=35| issue=5| pages=381–393| doi=10.2216/i0031-8884-35-5-381.1}}</ref>
*Những loài ''[[Dolabrifera dolabrifera]]'' có một tuyến mực nhưng "không có khả năng sản xuất mực hoặc các protein chống kẻ săn mồi liên quan".<ref>{{Citation | title=Ultrastructural Comparison of ''Aplysia'' and ''Dolabrifera'' Ink Glands Suggests Cellular Sites of Anti-Predator Protein Production and Algal Pigment Processing|author1=Jeffrey S. Prince |author2=Paul Micah Johnson| journal=Journal of Molluscan Studies| year=2006| volume=72| issue=4| pages=349–357| doi=10.1093/mollus/eyl017}}</ref>

=== Ví dụ cụ thể từ giải phẫu so sánh ===
<!-- Vui lòng giữ hình ảnh ở định dạng nhiều hình ảnh.-->
{{multiple image
| direction=vertical
| width =410
| footer =
| image1 =
| alt1 =
| caption1 =
| image2 =Evolution insect mouthparts coloured.svg
| alt2 =Figure 2c
| caption2 ='''Hình 2c''': Adaptation of insect mouthparts: a, ''[[Râu (sinh học) |râu]]''; c, ''[[mắt kép]]''; lb, ''môi dưới (labium)''; lr, ''môi trên (labrum)''; md, ''hàm dưới (mandibles)''; mx, ''hàm trên (maxillae)''.<br />
(A) Tình trạng nguyên thủy&nbsp;— cắn và nhai: ''ví dụ'' [[châu chấu]]. Có hàm trên và hàm dưới khỏe để vận chuyển thức ăn.<br /> (B) Làm dấu và nhai: ''ví dụ'' [[ong mật]]. Môi dưới dài để lên [[mật hoa]]; hàm dưới nhai [[phấn hoa]] và tạo [[sáp]].<br /> (C) Hút: ''ví dụ'' [[bướm]]. Môi trên tiêu biến; hàm dưới biến mất; hàm trên biến đổi thành dạng ống dài để hút.<br /> (D) Đâm và hút, ''ví dụ''. [[muỗi|muỗi cái]]. Môi trên and hàm trên hình thành dạng ống; hàm dưới hình thành dạng dùi sắc; môi trên tạo thành rãnh để giữ những phần khác.
| image3 =Saurischian & Ornithischian pelvis bone modification w- selected species of Dinosauria.svg
| alt3 =Figure 2d
| caption3 ='''Hình 2d:''' Minh họa xương chậu của '' [[Eoraptor]] lunensis '' thuộc bộ [[Saurischia]] và '' xương chậu [[Lesothosaurus]] thuộc bộ [[khủng long hông chim]] trong [[nhánh]] [[Khủng long]]. Các phần của khung chậu cho thấy sự thay đổi theo thời gian. [[Cây phả hệ]] được hiển thị để minh họa khoảng cách phân tách giữa hai loài.
| image4 =Evolution pl.png
| alt4 =Figure 2e
| caption4 ='''Hình 2e''': Nguyên lý của [[tương đồng]] được minh họa bằng bức xạ thích nghi của chi trước động vật có vú. Tất cả phù hợp với mô hình năm ngón cơ bản nhưng được biến đổi để phù hợp với các cách sử dụng khác nhau. Phần thứ ba [[xương bàn tay]] (Metacarpal bones) được tô màu; còn vai được vẽ nét gạch chéo.
| image5 =GiraffaRecurrEn.svg
| alt5 =Figure 2f
| caption5 ='''Hình 2f:''' Con đường của dây thần kinh phản hồi thanh quản ở hươu cao cổ. Dây thần kinh thanh quản là một sự biến đổi mềm dẻo bị kéo dài từ chiếc cổ cao do kết quả chọn lọc tự nhiên.
| image6 =Route of vas deferens en.svg
| alt6 =Figure 2g
| caption6 ='''Hình 2g:''' Con đường của ống dẫn tinh từ tinh hoàn đến dương vật.
}}

==== Miệng và phần phụ của côn trùng ====
Nhiều loài côn trùng khác nhau có phần miệng có nguồn gốc từ cùng một cấu trúc phôi thai, cho thấy phần miệng là những biến đổi của các đặc điểm ban đầu của tổ tiên chung. Chúng bao gồm [[môi trên (côn trùng)| labrum]] (môi trên), một cặp [[dàm dưới (côn trùng) | mandibles]] (hàm dưới), một [[hầu dưới]], một cặp [[hàm trên (côn trùng)| maxillae]] (hàm trên) và [[môi dưới (côn trùng) | labium]] (môi dưới). (Hình 2c) Sự tiến hóa đã gây ra sự tăng cường và biến đổi các cấu trúc này ở một số loài, trong khi nó đã gây ra sự tiêu biến và biến mất chúng ở các loài khác. Các biến đổi cho phép côn trùng khai thác nhiều loại thức ăn khác nhau.

Miệng và râu côn trùng được coi là cơ quan tương đồng của chân côn trùng. Sự phát triển song song được nhìn thấy trong một số loài thuộc [[lớp hình nhện]]: Cặp chân trước có thể được biến đổi thành dạng tương tự của râu, đặc biệt là ở loài [[bọ cạp roi]], đi bằng sáu chân. Những phát triển này cung cấp sự hỗ trợ cho học thuyết rằng các biến đổi phức tạp thường phát sinh từ các bộ phận có sẵn và các bộ phận này sẽ biến đổi theo các hướng khác nhau tùy theo mục đích sử dụng.

==== Cấu trúc xương chậu của khủng long ====
{{See also|Tiến hóa khủng long |Tiến hóa loài chim }}
Tương tự như động vật có vú có chi năm ngón, [[khủng long]] sơ khai được chia thành hai bộ riêng biệt. '' [[Khủng long hông thằn lằn]] '' (saurischia) và '' [[Khủng long hông chim]] '' (ornithischia). Chúng được phân loại như thế này hay thế khác dựa vào sự phù hợp với những gì hóa thạch thể hiện. Hình 2d, cho thấy rằng '' Khủng long hông thằn lằn '' sơ khai giống '' Khủng long hông chim ''. Mô hình của [[xương chậu]] trong tất cả các loài khủng long là một ví dụ về cấu trúc tương đồng. Mỗi bộ của khủng long có xương chậu gần như giống nhau hoàn toàn cung cấp bằng chứng về tổ tiên chung. Ngoài ra, [[chim]] hiện đại cho thấy sự tương đồng với các cấu trúc xương chậu '' Khủng long hông thằn lằn '' sơ khai cho thấy [[tiến hóa của chim]] từ khủng long. Điều này cũng có thể được nhìn thấy trong Hình 5c là nhánh [[Chim]] (Aves) bên cạnh phân bộ [[Khủng long chân thú]] (Theropoda).

====Chi năm ngón ====
{{further|Tiến hóa động vật có vú }}
Mô hình xương chi gọi là [[chi năm ngón]] là một ví dụ về cấu trúc tương đồng (Hình 2e). Nó được tìm thấy trong tất cả các lớp của [[động vật bốn chân]] ('' ví dụ '' từ [[động vật lưỡng cư]] đến [[động vật có vú]]). Nó thậm chí có thể được truy trở lại [[vây cá | vây]] của một số [[tiến hóa cá|hóa thạch cá]] mà từ đó loài lưỡng cư đầu tiên tiến hóa như [[tiktaalik]]. Chi có một ([[xương cánh tay]]), hai ([[xương quay]] và [[xương trụ]]), một loạt [[xương bàn tay]] và [[xương cổ tay]], theo sau là năm chuỗi [[xương gan tay]] và [[xương đốt ngón tay]]. Xuyên suốt các động vật bốn chân, các cấu trúc cơ bản của các chi năm ngón là như nhau, cho thấy rằng chúng có nguồn gốc từ một tổ tiên chung. Nhưng trong quá trình tiến hóa, những cấu trúc cơ bản này đã được biến đổi. Chúng đã trở thành những cấu trúc khác nhau và không liên quan đến bề ngoài để phục vụ các chức năng khác nhau để thích nghi với các môi trường và phương thức sống khác nhau. Hiện tượng này được thể hiện trong các chi trước của động vật có vú. Ví dụ:
* Ở [[khỉ]], các chi trước dài hơn nhiều, tạo thành một bàn tay cầm nắm được sử dụng để leo trèo và đung đưa giữa các cây.
* [[Heo]] đã mất đốt ngón đầu tiên, trong khi đốt ngón thứ hai và thứ năm tiêu giảm. Hai đốt còn lại dài hơn và cứng hơn phần còn lại và mang một cái móng để nâng đỡ cơ thể.
* Ở ngựa, chân trước thích nghi cao về sức mạnh và sự hỗ trợ. Chạy nhanh và chạy đường dài là có thể do độ giãn dài của đốt ngón thứ ba mang móng guốc.
* Loài [[chuột chũi]] có một cặp chân trước ngắn, giống như cái xẻng để [[đào hang]].
* [[Thú ăn kiến]] sử dụng ngón chân dài thứ ba của chúng để xé thành các tổ [[kiến]] và [[mối]].
* Ở bộ cá voi, các chi trước trở thành [[Chân chèo (giải phẫu học) |chân chèo]] để điều khiển và duy trì trạng thái cân bằng trong khi bơi.
* Ở loài [[dơi]], các chi trước đã được biến đổi cao và phát triển thành chức năng [[cánh]]. Bốn ngón trước đã trở nên dài ra, trong khi ngón đầu tiên giống như móc vẫn tự do và được sử dụng để treo ngược.

==== Dây thần kinh phản hồi thanh quản ở hươu cao cổ ====
[[Dây thần kinh phản hồi thanh quản]] là một nhánh thứ tư của [[dây thần kinh phế vị]], là một [[dây thần kinh sọ]]. Ở động vật có vú, con đường của nó dài bất thường. Là một phần của dây thần kinh phế vị, nó xuất phát từ não, đi qua cổ xuống đến tim, vòng qua [[động mạch chủ]] để rồi một lần nữa đi qua cổ và trở lại [[thanh quản]]. (Hình 2f)

Con đường này là tồi tệ ngay cả đối với con người, nhưng đối với [[hươu cao cổ]] nó thậm chí còn trở nên tồi tệ hơn. Do chiều dài của cổ của nó, dây thần kinh phản hồi thanh quản có thể dài lên đến {{convert|4|m|ft|abbr=on}}. Mặc dù đích đến của nó chỉ cách vài cm.

Con đường gián tiếp của dây thần kinh này là kết quả của sự tiến hóa của động vật có vú từ cá. Cá không có cổ và có một dây thần kinh tương đối ngắn mà nó đi qua cung mang để tới một khe mang gần đó. Kể từ đó, mang mà là đích đến của nó đã trở thành thanh quản và cung mang đã trở thành động mạch chủ ở động vật có vú.<ref>{{cite book | first=Mark | last=Ridley |edition=3rd |publisher=Blackwell Publishing |year=2004 |page=282 |url=https://books.google.com/?id=b-HGB9PqXCUC&lpg=RA1-PA281|isbn=978-1-4051-0345-9 |title=Evolution |authorlink=Mark Ridley (zoologist)}}</ref><ref name="Dawkins, Richard 2009 364–365">{{cite book | title=The Greatest Show on Earth: The Evidence for Evolution | authorlink=Richard Dawkins | last=Dawkins | first=Richard | year=2009 | pages=[https://archive.org/details/greatestshowonea00dawk/page/364 364–365] | publisher=Bantam Press | isbn=978-1-4165-9478-9 | url=https://archive.org/details/greatestshowonea00dawk/page/364 }}</ref>

====Lộ trình của ống dẫn tinh ====
Tương tự như dây thần kinh thanh quản ở hươu cao cổ, [[ống dẫn tinh]] là một phần của [[hệ sinh dục nam | giải phẫu học con đực]] của nhiều [[động vật có xương sống]]; nó vận chuyển tinh trùng từ [[mào tinh]] để chuẩn bị cho sự [[xuất tinh]]. Ở người, ống dẫn tinh di chuyển lên từ [[tinh hoàn]], vòng qua [[niệu quản]] và quay trở lại [[niệu đạo]] và [[dương vật]]. Có ý kiến cho rằng điều này là do sự hạ thấp của tinh hoàn trong quá trình tiến hóa của con người, có khả năng liên quan đến nhiệt độ. Khi tinh hoàn bị hạ thấp, thì ống dẫn tinh dài ra để phù hợp với "cái móc" tình cờ trên niệu quản.<ref name="Dawkins, Richard 2009 364–365"/><ref>{{cite book | title=Natural selection: domains, levels, and challenges | last=Williams | first=G.C.| year=1992| publisher=Oxford Press | isbn=978-0-19-506932-7}}</ref>


[[Thể loại:Sinh học tiến hóa]]
[[Thể loại:Sinh học tiến hóa]]

Phiên bản lúc 14:51, ngày 21 tháng 8 năm 2019

Một phần của loạt bài viết về
Tiến hóa sinh học
Sẻ Darwin theo nét vẽ của John Gould

Bằng chứng về tiến hóa hay Bằng chứng về tổ tiên chung của sinh vật đã được phát hiện bởi các nhà khoa học nghiên cứu trong nhiều ngành học trong nhiều thập kỷ, chứng minh rằng [[tổ tiên chung | tất cả sự sống trên Trái đất có chung một tổ tiên duy nhất] ]. Những bằng chứng đã góp phần giúp thuyết tiến hóa được cộng đồng khoa học chấp nhận và chứng minh rằng hiện tượng tiến hóa đã và đang xảy ra giúp soi sáng các quá trình tạo ra sự đa dạng sinh học của Trái Đất. Nó cũng hỗ trợ trong việc hình thành thuyết tiến hóa tổng hợp hiện đại (modern evolutionary synthesis) – đây là học thuyết khoa học hiện tại giải thích cách thức và nguyên nhân sự sống biến đổi theo thời gian. Các nhà sinh học tiến hóa đã thu thập các bằng chứng về tổ tiên chung, và tất cả bằng chứng đều cho thấy sự tồn tại của một tổ tiên chung nhất (LUCA), bằng cách thiết lập các tiên đoán có thể kiểm chứng bởi thí nghiệm, tiến hành kiểm chứng các giả thuyết, và phát triển các học thuyết có nội dung minh họa và miêu tả căn nguyên của nó.

So sánh trình tự trình tự gen DNA của các sinh vật đã tiết lộ rằng các sinh vật quan hệ họ hàng gần nhau hơn thì có trình tự sắp xếp axit nucleic trên chuỗi DNA sẽ tương đồng nhau hơn so với các sinh vật họ hàng xa. Các đoạn gen như gen giả (Pseudogene), là các vùng của DNA có sự tương đồng với một gen ở sinh vật họ hàng gần với sinh vật đang so sánh, nhưng không còn hoạt động và dường như đang trải qua một quá trình thoái hóa ổn định từ các đột biến tích lũy hỗ trợ tổ tiên chung bên cạnh tổ chức sinh hóa phổ quát và mô hình phương sai phân tử được tìm thấy trong tất cả các sinh vật. Thông tin di truyền bổ sung thêm các kiến thức liên quan đến sự sống và giúp các nhà khoa học (kể từ khi phát hiện ra DNA) phát triển [[cây phát sinh chủng loại|cây sự sống): một sơ đồ mô tả các mối quan hệ tiến hóa giữa các loài sinh vật. Nó cũng đã dẫn đến sự phát triển của các kỹ thuật đồng hồ phân tử để xác định thời gian phân tách của các chủng loài sinh học và tiến hành hiệu chỉnh chúng bằng hồ sơ hóa thạch.

Hóa thạch rất quan trọng để đánh giá khi các dòng giống khác nhau đã phát triển trong các niên đại địa chất. Vì hóa thạch là một trường hợp không phổ biến, thường đòi hỏi các bộ phận cứng của cơ thể và sinh vật phải chết gần một nơi mà trầm tích đang lắng đọng, hồ sơ hóa thạch chỉ cung cấp thông tin thưa thớt và không liên tục về sự tiến hóa của sự sống. Bằng chứng về các sinh vật trước khi phát triển các bộ phận cứng của cơ thể như vỏ, xương và răng, cũng như dấu vết của các sinh vật thân mềm khác nhau đặc biệt khan hiếm, nhưng vẫn có thể tồn tại dưới dạng hóa thạch nhỏ cổ đại. Nghiên cứu so sánh giải phẫu của các nhóm động vật cho thấy các đặc điểm cấu trúc tương tự về cơ bản (tương đồng), chứng minh mối quan hệ gần gũi và phát sinh từ tổ chung với các sinh vật khác, đặc biệt là khi so sánh với hóa thạch của các sinh vật cổ đại đã tuyệt chủng . Vết tích còn sót lại từ tổ tiên và so sánh trong phát triển phôi thai phần lớn là yếu tố cho thấy sự tương đồng về mặt giải phẫu, hoàn toàn phù hợp với việc có chung tổ tiên. Do các quá trình [chuyển hóa | trao đổi chất]] không để lại hóa thạch, nên nghiên cứu về sự tiến hóa các quá trình cơ bản của tế bào được thực hiện chủ yếu bằng cách so sánh các quá trình sinh lý và sinh hóa của các sinh vật hiện tại. Nhiều chủng loại đã phân tách ở các giai đoạn phát triển khác nhau, vì vậy có thể xác định khi nào các quá trình trao đổi chất nhất định xuất hiện bằng cách so sánh các đặc điểm của các thế hệ con cháu có chung tổ tiên.

Bằng chứng từ màu sắc của động vật được thu thập bởi một số người đương thời của Darwin; ngụy trang, bắt chước và tín hiệu xua đuổi đều được giải thích dễ dàng bằng quá trình chọn lọc tự nhiên. Các trường hợp đặc biệt như sự thay đổi màu bộ lông theo mùa của Lagopus muta, giúp nó ngụy trang tuyết vào mùa đông và ngụy trang trong rừng vào mùa hè cung cấp bằng chứng thuyết phục rằng chọn lọc tự nhiên là nguyên nhân cho việc này. Bằng chứng chuyên sâu hơn đến từ lĩnh vực địa lý sinh học bởi sự tiến hóa từ tổ tiên chung cung cấp lời giải thích tốt nhất và đầy đủ nhất cho nhiều thực kiện liên quan đến sự phân bố địa lý của thực vật và động vật trên khắp thế giới. Điều này đặc biệt rõ ràng trong lĩnh vực địa lý sinh học đảo. Kết hợp với học thuyết địa chất được xây dựng kỹ càng của thuyết kiến tạo mảng, tổ tiên chung cung cấp một cách để kết hợp thực kiện về sự phân bố hiện tại của các loài với bằng chứng từ hồ sơ hóa thạch để đưa ra lời giải thích hợp lý về cách phân bố của các sinh vật sống thay đổi theo thời gian. Sự phát triển và lan truyền của kháng thuốc kháng sinh cung cấp bằng chứng cho thấy sự tiến hóa do chọn lọc tự nhiên là một quá trình đang diễn ra trong thế giới tự nhiên. Chọn lọc tự nhiên có mặt khắp nơi trong tất cả các nghiên cứu liên quan đến tiến hóa, xin hãy lưu ý đến thực tế là tất cả các ví dụ sau trong mỗi phần của bài viết đều ghi lại quá trình này. Bên cạnh đó là các trường hợp quan sát thấy sự phân tách các quần thể loài thành tập hợp các loài mới (sự hình thành loài). Sự hình thành loài đã được quan sát trong phòng thí nghiệm và trong tự nhiên. Nhiều hình thức như vậy đã được mô tả và ghi lại như các ví dụ cho các mô hình riêng lẻ về sự hình thành loài. Hơn nữa, bằng chứng về tổ tiên chung đã mở rộng từ các thí nghiệm trực tiếp trong phòng thí nghiệm bằng việc chọn lọc các sinh vật - trong lịch sử và hiện tại - và các thí nghiệm kiểm soát khác liên quan đến nhiều chủ đề trong bài viết. Bài viết này tóm tắt các ngành học khác nhau cung cấp bằng chứng cho sự tiến hóa và tổ tiên chung của mọi sự sống trên Trái đất, kèm theo nhiều ví dụ chuyên biệt, cho thấy một sự ăn khớp của các bằng chứng.

Bằng chứng so sánh sinh lý và sinh hóa

Xem thêm thông tin: Khảo cổ học, Tổ tiên chung, Tổ tiên chung nhất, Tổ tiên chung gần nhất, và Mã di truyền

Di truyền học

Một trong những bằng chứng vững chắc nhất cho tổ tiên chung đến từ trình tự gen. Thông qua phương pháp bắt cặp trình tự sẽ kiểm tra được mối quan hệ họ hàng giữa các trình tự DNA của các loài khác nhau,[1] nhờ đó cung cấp một số bằng chứng xác nhận giả thuyết ban đầu của Darwin về việc các loài có chung tổ tiên. Nếu giả thuyết về tổ tiên chung là đúng, thì các loài có chung tổ tiên được thừa hưởng trình tự DNA của tổ tiên, cũng như các đột biến đột biến độc nhất vô nhị của tổ tiên đó. Các loài có mối quan hệ gần gũi hơn sẽ có phần lớn trình tự giống hệt nhau và cũng như một sự khác biệt nhiều hơn với các loài có họ hàng xa.

Hình 1a:Khi ở trên tàu HMS Beagle, Charles Darwin đã thu thập nhiều mẫu vật mới cho khoa học, thứ đã hỗ trợ học thuyết tiến hóa bằng chọn lọc tự nhiên sau này của ông.

Bằng chứng đơn giản và mạnh mẽ nhất được cung cấp bởi dựng lại sự phát sinh chủng loại (Computational phylogenetics). Việc dựng lại này, đặc biệt là khi được thực hiện bằng cách sử dụng các chuỗi protein tiến hóa chậm, thường khá mạnh mẽ và có thể được sử dụng để dựng lại rất nhiều về lịch sử tiến hóa của các sinh vật hiện đại (và thậm chí trong một số trường hợp về lịch sử tiến hóa của các sinh vật đã tuyệt chủng, như đã phục hồi trình tự gen của voi ma mút hoặc người Neanderthal). Những sự phát sinh chủng loại được dựng lại này tóm tắt lại các mối quan hệ được thiết lập thông qua các nghiên cứu hình thái và sinh hóa.[2] Việc dựng lại chi tiết nhất đã được thực hiện trên cơ sở bộ gen của ty thể được chia sẻ bởi tất cả các sinh vật nhân chuẩn,[3] mà được xem là ngắn và dễ để giải trình tự; việc dựng lại rộng nhất đã được thực hiện bằng cách sử dụng trình tự của một số protein rất cổ xưa hoặc bằng cách sử dụng trình tự ARN ribosome.[cần dẫn nguồn]

Mối quan hệ phát sinh chủng loại mở rộng đến nhiều trình tự gen không chức năng, bao gồm lặp đoạn, gen nhảy, gen giả, và đột biến gen làm thay đổi côđôn nhưng không thay đổi axit amin do côđôn đó mã hoá. Mặc dù một số ít các yếu tố này có thể sau đó được phát hiện thấy có chức năng, nhưng nhìn một cách toàn thể thì chúng rõ ràng là sản phẩm đến từ việc có chung tổ tiên chứ không phải là chung chức năng. <.[4]

Tất cả tổ chức sinh hóa và mô hình phương sai phân tử

Tất cả các sinh vật còn tồn tại tới bây giờ đều dựa trên cùng một quá trình sinh hóa: trong đó thông tin di truyền được mã hóa dưới dạng axit nucleic (ADN hoặc ARN đối với nhiều loại virus), được phiên mã thành ARN thông tin, sau đó được dịch mã thành protein (nghĩa là các polyme của axit amin) thông qua các ribosome. Có lẽ dễ hiểu nhất là, Mã di truyền ("bảng dịch" giữa ADN và axit amin) giống nhau cho hầu hết mọi sinh vật, có nghĩa là một mảnh ADN trong vi khuẩn mã hóa cho axit amin tương tự như trong tế bào con người. ATP được sử dụng làm đồng tiền năng lượng bởi tất cả các sinh vật sống còn tồn tại. Một sự hiểu biết chuyên sâu hơn về sinh học phát triển cho thấy rằng hình thái chung, trên thực tế, là sản phẩm của các yếu tố di truyền được kế thừa từ tổ tiên chung.[5] Ví dụ, mặc dù đôi mắt giống như máy ảnh được cho là đã tiến hóa độc lập trong nhiều sự kiện riêng biệt,[6] chúng vẫn có chung một tập hợp các protein cảm nhận ánh sáng (opsin), gợi ý một điểm xuất phát chung cho tất cả các sinh vật có thị giác.[7][8] Một ví dụ khác là sự tương đồng trong trình tự phát triển cơ thể của động vật có xương sống, mà cấu trúc của nó được kiểm soát bởi họ gen Hox.

Trình tự ADN

So sánh trình tự ADN cho phép sắp xếp các sinh vật có độ tương đồng trình tự với nhau thành một nhóm và các cây phát sinh chủng loại thường phù hợp với phân loại học, và thường được sử dụng để tăng cường tính chính xác của sự phân loại . So sánh trình tự được coi là một biện pháp đủ mạnh để sửa chữa các giả định sai lầm trong cây phát sinh chủng loại ở các trường hợp khan hiếm các bằng chứng khác. Ví dụ: trình tự ADN trung tính của con người là tách biệt di truyền khoảng 1,2% (do sự thay thế các Nucleotit) từ những họ hàng gần nhất về mặt di truyền là tinh tinh, 1,6% từ khỉ đột và 6,6% từ [ [khỉ đầu chó]].[9][10] Do đó bằng chứng trình tự di truyền cho phép suy luận và định lượng mối quan hệ di truyền giữa con người và vượn.[11][12] Trình tự gen của ARN Ribosome 16S, là một gen quan trọng mã hóa một phần của ribosome, đã được sử dụng để tìm mối quan hệ rộng phát sinh chủng loài giữa tất cả sinh vật còn tồn tại ngày nay. Phân tích của Carl Woese đã dẫn đến hệ thống ba vực, lập luận cho hai sự phân tách lớn trong sự tiến hóa ban đầu của sự sống. Sự phân tách đầu tiên dẫn đến Vi khuẩn hiện đại và sự phân chia tiếp theo dẫn đến Vi khuẩn cổ và Sinh vật nhân thực hiện đại.

Một số trình tự ADN được chia sẻ chung bởi các sinh vật rất khác nhau. Theo thuyết tiến hóa đã dự đoán, rằng sẽ có sự tương đồng trong trình tự ADN giữa hai sinh vật khác nhau dù có sự khác biệt sinh học giữa chúng theo giải phẫu và dù thời gian đã trôi qua kể từ khi hai sinh vật này tách ra thành hai loài khác nhau trong quá trình tiến hóa, như đã thấy trong bằng chứng hóa thạch. Tốc độ tích lũy những thay đổi như vậy sẽ thấp đối với một số trình tự, cụ thể là những trình tự mã hóa cho ARN hoặc protein then chốt, và cao đối với những loại khác mã hóa cho ARN hoặc protein ít quan trọng hơn; nhưng đối với mỗi trình tự cụ thể, tốc độ thay đổi sẽ gần như không đổi theo thời gian. Những kết quả này đã được xác nhận bằng thực nghiệm. Hai ví dụ là trình tự ADN mã hóa cho rRNA, được bảo tồn cao và trình tự ADN mã hóa cho fibrinopeptide ( amino acid bị loại bỏ trong quá trình hình thành fibrin) , không được bảo tồn cao.[13]

Protein

Bằng chứng hệ Protein cũng ủng hộ việc toàn thể sự sống có chung tổ tiên. Các protein quan trọng, chẳng hạn như ribosome, ADN polymerase và ARN polymerase, được tìm thấy trong mọi sinh vật sống, từ vi khuẩn nguyên thủy nhất đến động vật có vú phức tạp nhất. Phần cốt lõi của protein được bảo tồn trên tất cả các dòng dõi của sự sống, phục vụ các chức năng tương tự. Các sinh vật bậc cao đã tiến hóa thêm tiểu đơn vị protein, ảnh hưởng lớn đến sự điều hòa và tương tác protein-protein của sự cốt lõi. Sự tương đồng bao trùm khác giữa tất cả các dòng dõi của các sinh vật còn tồn tại, chẳng hạn như ADN, ARN, axit amin và lớp lipid kép, hỗ trợ cho học thuyết có tổ tiên chung. Phân tích sự cây phát sinh chủng loại của các chuỗi protein từ các sinh vật khác nhau tạo ra các cây tương đồng về mối quan hệ giữa tất cả các sinh vật.[14] Tính bất đối xứng của ADN, ARN và axit amin được bảo tồn trong tất cả sự sống được biết đến. Vì không có lợi thế về chức năng đối với trạng thái phân tử thuận tay phải hoặc tay trái, giả thuyết đơn giản nhất là sự lựa chọn được tạo ra ngẫu nhiên bởi các sinh vật sơ khai và truyền lại cho tất cả sự sống còn tồn tại thông qua việc có chung tổ tiên. Bằng chứng nữa cho việc dựng lại tổ tiên chung đến từ DNA rác, chẳng hạn như gen giả, các gen "chết" tích lũy đột biến.[15]

Gen giả

Gen giả, còn được gọi là ADN không mã hóa, là phần ADN thừa trong bộ gen không được phiên mã thành ARN để tổng hợp protein. Một số ADN không mã hóa này có các chức năng đã biết, nhưng phần lớn nó không có chức năng nào được biết tới và được gọi là "ADN rác".[16][17][18][19] Đây là một ví dụ về vết tích (vestige) bởi vì việc sao chép các gen này tiêu tốn năng lượng, khiến nó trở thành một sự lãng phí không cần thiết trong nhiều trường hợp. Một gen giả có thể được tạo ra khi một gen mã hóa tích lũy các đột biến khiến nó không được phiên mã, khiến nó không hoạt động.[16] Nhưng vì nó không được phiên mã, nó có thể biến mất mà không ảnh hưởng đến sự thích nghi, trừ khi nó đã cung cấp một số chức năng có lợi như một ADN không mã hóa. Các gen giả không chức năng có thể được truyền lại cho các loài sau này, do đó xác định các loài sau này là hậu duệ của các loài trước đó.

Các cơ chế khác

Một lượng lớn bằng chứng phân tử ủng hộ việc nhiều cơ chế khác nhau trong những thay đổi tiến hóa lớn, bao gồm: hệ gen và gen nhân đôi, tạo điều kiện cho sự tiến hóa nhanh chóng bằng cách cung cấp một lượng lớn vật liệu di truyền trong điều kiện yếu hoặc không có ràng buộc chọn lọc; chuyển gen ngang, quá trình chuyển vật liệu di truyền sang một tế bào khác không phải là con cháu của sinh vật, cho phép các loài có được các gen có lợi từ nhau; và tái tổ hợp di truyền, có khả năng tập hợp lại số lượng lớn các alen khác nhau và thiết lập phân lập sinh sản. Thuyết nội cộng sinh giải thích nguồn gốc của [[ty thể] và lạp thể (bao gồm cả lục lạp), bào quan của tế bào sinh vật nhân thực, như một sự kết hợp của một tế bào sinh vật nhân sơ sơ khai và tế bào sinh vật nhân thực sơ khai. Thay vì sinh vật nhân thực tự phát triển bào quan, lý thuyết này đưa ra một cơ chế cho bước nhảy tiến hóa đột ngột bằng cách kết hợp vật liệu di truyền và thành phần sinh hóa của một loài riêng biệt. Bằng chứng ủng hộ cơ chế này đã được tìm thấy trong sinh vật nguyên sinh Hatena : như một kẻ săn mồi nó nuốt chửng một tế bào tảo lục, sau đó hoạt động như một sinh vật nội cộng sinh (endosymbiosis), nuôi dưỡng Hatena, dẫn đến việc nó mất khả năng kiếm ăn và hoạt động như một sinh vật tự dưỡng.[20][21]

Vì các quá trình chuyển hóa không để lại hóa thạch, nghiên cứu về sự tiến hóa của các quá trình cơ bản của tế bào được thực hiện chủ yếu bằng cách so sánh các sinh vật hiện có. Nhiều chủng loài phát sinh khi các quá trình trao đổi chất mới xuất hiện và về mặt lý thuyết có thể xác định khi nào các quá trình trao đổi chất xuất hiện bằng cách so sánh các đặc điểm của con cháu của tổ tiên chung hoặc bằng cách phát hiện các biểu hiện vật lý của chúng. Ví dụ, sự xuất hiện của oxy trong bầu khí quyển của Trái Đất có liên quan đến sự tiến hóa của quang hợp.

Ví dụ cụ thể từ so sánh sinh lý và hóa sinh

Nhiễm sắc thể số 2 ở người

Bài chi tiết: Nhiễm sắc thể số 2 ở người
Xem thêm thông tin: Dự án hệ gen tinh tinh
Hình 1b: Sự hợp nhất của nhiễm sắc thể tổ tiên để lại tàn dư của telomere và một vết tích tâm động (centromere)

Bằng chứng cho sự tiến hóa của Homo sapiens từ một tổ tiên chung với tinh tinh được tìm thấy trong số lượng nhiễm sắc thể ở người so với tất cả các thành viên khác của Họ người. Tất cả các loài trong họ người có 24 cặp nhiễm sắc thể, ngoại trừ con người, chỉ có 23 cặp. Nhiễm sắc thể số 2 ở người là kết quả của sự hợp nhất từ đầu đến cuối của hai nhiễm sắc thể tổ tiên.[22][23]

Bằng chứng cho điều này bao gồm:

  • Sự tương ứng của nhiễm sắc thể 2 đến hai nhiễm sắc thể của loài vượn. Họ hàng gần nhất của con người, tinh tinh thông thường, có trình tự ADN gần giống với nhiễm sắc thể số 2 của người, nhưng chúng được tìm thấy trong hai nhiễm sắc thể riêng biệt. Điều tương tự cũng đúng với những họ hàng xa hơn như khỉ đột và đười ươi.[24][25]
  • Sự hiện diện của vết tích (vestigial) centromere. Thông thường một nhiễm sắc thể chỉ có một centromere, nhưng trong nhiễm sắc thể 2 có tàn dư của một centromere thứ hai.[26]
  • Sự hiện diện của vết tích telomere. Chúng thường chỉ được tìm thấy ở hai đầu mút của một nhiễm sắc thể, nhưng ở nhiễm sắc thể 2 có thêm các chuỗi telomere ở giữa.[27]

Do đó, nhiễm sắc thể 2 đưa ra bằng chứng mạnh mẽ cho việc tồn tại tổ tiên chung của con người và các loài vượn khác. Theo J. W. Ijdo, "Chúng tôi kết luận rằng Lô-cut gen được nhân bản trong các cosmid c8.1 và c29B là vết tích của một sự hợp nhất telomere-telomere cổ đại và đánh dấu điểm mà hai nhiễm sắc thể vượn tổ tiên hợp nhất để tạo ra nhiễm sắc thể số 2 của con người."[27]

Sắc tố tế bào c và b

Bài chi tiết: Sắc tố tế bào

Một ví dụ kinh điển về bằng chứng sinh hóa cho sự tiến hóa là sự đa dạng trong cơ bản (tức là tất cả các sinh vật sống đều có nó, bởi vì nó thực hiện các chức năng sống rất cơ bản) protein sắc tố tế bào c (cytochrome c) trong các tế bào sống. Sự đa dạng của sắc tố tế bào c của các sinh vật khác nhau được xác định bằng số lượng axit amin khác nhau, mỗi loại axit amin khác nhau là kết quả của sự thay thế cặp bazơ, đột biến. Nếu mỗi axit amin khác nhau được giả định là kết quả của một lần thay thế cặp bazơ, thì có thể tính được hai loài đã phân tách cách đây bao lâu bằng cách nhân số lần thay thế cặp bazơ với thời gian ước tính cho việc thay thế một cặp bazơ của gen sắc tố tế bào c để được truyền thành công. Ví dụ, nếu thời gian trung bình để một cặp gen sắc tố tế nà c đột biến là N năm, số lượng axit amin tạo nên protein sắc tố tế bào c ở khỉ khác với con người, điều này dẫn đến kết luận rằng hai loài đã chuyển hướng N năm trước.

Cấu trúc chính của sắc tố tế bào c bao gồm một chuỗi khoảng 100 axit amin. Nhiều sinh vật bậc cao sở hữu một chuỗi 104 axit amin.[28]

Phân tử sắc tố tế bào c đã được nghiên cứu rộng rãi đem lại cái nhìn thoáng qua cho sinh học tiến hóa. Cả gà và gà tây đều có sự trình tự xác định tương đồng nhau (axit amin cho axit amin), cũng như lợn, bò và [[cừu] ]. Cả con người và Tinh tinh thông thường đều có chung một phân tử, trong khi khỉ Rhesus có chung tất cả trừ một trong các axit amin:[29] axit amin thứ 66 là isoleucin ở trước và threonin ở sau.[28]

Điều làm cho những điểm tương đồng tương tự này đặc biệt gợi ý về tổ tiên chung trong trường hợp sắc tố tế bào c, ngoài thực tế là các cây phát sinh chủng loại có nguồn gốc từ nó rất phù hợp với các cây phát sinh chủng loại khác, là mức độ dư thừa chức năng cao của phân tử sắc tố tế bào c. Các hình dạng khác nhau của các axit amin không ảnh hưởng đáng kể đến chức năng của protein, điều này cho thấy rằng sự thay thế cặp bazơ không phải là một phần của thiết kế có chủ đích, mà là kết quả của các đột biến ngẫu nhiên không chịu ảnh hưởng của sự chọn lọc.[30]

Ngoài ra, sắc tố tế bào b thường được sử dụng như một vùng của ADN ty thể để xác định mối quan hệ cây phát sinh chủng loài giữa các sinh vật do sự biến đổi trình tự của nó. Nó được coi là hữu ích nhất trong việc xác định mối quan hệ trong họ và chi. Các nghiên cứu so sánh liên quan đến sắc tố tế bào b đã dẫn đến các sơ đồ phân loại mới và đã được sử dụng để quy định các loài mới được mô tả ở một chi, cũng như hiểu sâu hơn về mối quan hệ tiến hóa.[31]

Retrovirus nội sinh

Retrovirus nội sinh (hoặc ERV) là các chuỗi còn sót lại trong bộ gen từ việc nhiễm virus cổ xưa trong một sinh vật. Các retrovirus (hoặc các gen virus) luôn luôn truyền lại cho thế hệ tiếp theo của sinh vật đã bị nhiễm. Điều này khiến gen virus (virogene) còn sót lại trong bộ gen. Bởi vì sự kiện này rất hiếm và ngẫu nhiên, việc tìm thấy các vị trí một virogene giống hệt nhau trong nhiễm sắc thể của ở hai loài khác nhau cho thấy tổ tiên chung.[30] Họ mèo cho thấy một ví dụ đáng chú ý về trình tự virogene thể hiện tổ tiên chung. Cây phát sinh chủng loài cho họ mèo có những loài mèo nhỏ( Mèo ri , Mèo rừng châu Âu , Mèo chân đen và Mèo nhà ) phân tách từ những loài mèo lớn hơn như Phân họ Báo và thú ăn thịt khác. Thực tế là những loài mèo nhỏ có ERV trong khi những loài mèo lớn không thấy gen này vì nó được chèn vào tổ tiên của những loài mèo nhỏ sau khi chúng phân tách với những loài mèo lớn.[32] Một ví dụ khác về điều này là giữa con người và tinh tinh. Con người chứa nhiều ERV chiếm tỷ lệ đáng kể trong bộ gen. Nguồn thì đa dạng, nhưng chung quy là 1%[33] to 8%[34] được đề xuất. Con người và tinh tinh chia sẻ bảy sự xuất hiện khác nhau của virogen, trong khi tất cả các loài linh trưởng đều có chung retrovirus phù hợp với sự phát sinh chủng loài.[35][36]

Nguồn gốc châu Phi gần đây của người hiện đại

Bài chi tiết: Nguồn gốc châu Phi gần đây của người hiện đại
Xem thêm: Nhóm đơn bội ADN ty thể người và Nhóm đơn bội Y-ADN

Các mô hình toán học của sự tiến hóa, được tiên phong bởi những người như Sewall Wright, Ronald Fisher và J. B. S. Haldane và được mở rộng thông qua phương trình khuếch tán bởi Motoo Kimura, cho phép dự đoán về cấu trúc di truyền của các quần thể tiến hóa. Kiểm tra trực tiếp cấu trúc di truyền của các quần thể hiện đại thông qua giải trình tự ADN đã cho phép xác minh nhiều dự đoán này. Ví dụ, học thuyết nguồn gốc loài người từ châu Phi mà ra trong đó tuyên bố rằng con người hiện đại phát triển ở châu Phi và một quần thể nhỏ di cư ra ngoài (trải qua nút thắt dân số), ngụ ý rằng quần thể hiện đại sẽ tồn tại vài vết tích từ quá trình di cư này. Cụ thể, các quần thể sau nút thắt (người châu Âu và châu Á) sẽ cho thấy tổng thể sự đa dạng di truyền thấp hơn và sự phân bố tần số alen đồng đều hơn so với dân số châu Phi. Cả hai dự đoán này đều được đưa ra bởi dữ liệu thực tế từ một số nghiên cứu.[37]

Bằng chứng từ giải phẫu học so sánh

Nghiên cứu giải phẫu học so sánh của các nhóm động vật hoặc thực vật cho thấy rằng các đặc điểm cấu trúc nhất định là tương đồng nhau. Ví dụ: cấu trúc cơ bản của tất cả hoa bao gồm lá đài, cánh hoa, đầu nhụy, vòi nhụy, nhụy hoa; Tuy nhiên, kích thước, màu sắc, số lượng của các bộ phận và cấu trúc cụ thể là khác nhau đối với từng loài. Giải phẫu thần kinh của hài cốt hóa thạch cũng có thể được so sánh bằng cách sử dụng các kỹ thuật hình ảnh tiên tiến.[38]

Hiện tượng lại tổ

Bài chi tiết: Lại tổ
Figure 2a:Vào tháng 7 năm 1919, một con cá voi lưng gù có chân đã bị bắt bởi một con tàu hoạt động ở Vancouver 4 ft 2 in (1,27 m) long.[39] This image shows the hindlegs of another humpback whale reported in 1921 by the American Museum of Natural History.

Từng được coi là một sự bác bỏ đối với học thuyết tiến hóa, sự lại tổ "hiện được xem là bằng chứng mạnh mẽ về tiềm năng di truyền được giữ lại ... sau khi một cấu trúc cụ thể đã biến mất khỏi một loài".[40] "Sự lại tổ là sự xuất hiện trở lại của một đặc tính điển hình đã mất của tổ tiên xa xôi và không được nhìn thấy trong cha mẹ hoặc tổ tiên gần đây ..."[41] và là một "[dấu hiệu] về tính mềm dẻo phát triển tồn tại trong phôi ..."[41] Sự lại tổ xảy ra do các gen quy định các đặc điểm kiểu hình hiện có trước đây vẫn thường được bảo tồn trong ADN, mặc dù các gen không được biểu hiện ở một số hoặc hầu hết các sinh vật sở hữu chúng.[42] Nhiều ví dụ đã ghi nhận sự xuất hiện của hiện tượng lại tổ cùng với nghiên cứu thực nghiệm kích hoạt sự hình thành của chúng. Do sự phức tạp và liên quan của các yếu tố dính liếu đến sự phát triển của bệnh teo, cả các nhà sinh học và chuyên gia y tế đều cảm thấy "khó khăn, nếu không nói là không thể phân biệt [chúng] với dị tật."[43]

Một số ví dụ về sự lại tổ được tìm thấy trong các tài liệu khoa học bao gồm:

Sinh học phát triển tiến hóa và phát triển phôi

Bài chi tiết: Sinh học phát triển tiến hóa
Xem thêm: Phát triển phôi

Sinh học phát triển tiến hóa là lĩnh vực sinh học so sánh quá trình phát triển của các sinh vật khác nhau để xác định mối quan hệ tổ tiên giữa các loài. Một bộ gen lớn của sinh vật chứa một một phần nhỏ gen điều khiển sự phát triển của sinh vật. Gen Hox là một ví dụ về các loại gen gần như phổ quát trong các sinh vật chỉ ra nguồn gốc của tổ tiên chung. Bằng chứng phôi học đến từ sự phát triển của các sinh vật ở cấp độ phôi được so sánh với phôi của các sinh vật khác nhau cho thấy sự tương đồng. Phần còn lại của các đặc điểm tổ tiên thường xuất hiện và biến mất trong các giai đoạn khác nhau của quá trình phát triển phôi. Một số ví dụ bao gồm:

  • Tăng trưởng và rụng lông tơ trong quá trình phát triển của con người.[56]
  • Sự phát triển và thoái hóa của túi noãn hoàng.
  • Bộ không đuôi và bộ có đuôi trải qua giai đoạn ấu trùng trong trứng - với các đặc điểm của ấu trùng thủy sinh điển hình - nhưng lúc nở ra phải sẵn sàng cho cuộc sống trên cạn.[57]
  • Sự xuất hiện của các cấu trúc giống như mang (cung hầu) trong sự phát triển phôi của động vật có xương sống. Lưu ý rằng ở cá, các cung tiếp tục phát triển dưới dạng cung mang trong khi ở người, chẳng hạn, chúng tạo ra nhiều cấu trúc khác nhau trong đầu và cổ.

Cơ quan tương đồng và sự phân tách tiến hóa (thích nghi)

Nếu các nhóm sinh vật đa dạng được phân tách có nguồn gốc từ một tổ tiên chung, chúng được dự kiến sẽ có những đặc điểm cơ bản nhất định. Mức độ tương đồng giữa hai sinh vật sẽ cho biết mức độ chặt chẽ trong mối quan hệ gần gũi của chúng trong quá trình tiến hóa:

  • Các nhóm có ít điểm chung được cho là đã phân tách từ tổ tiên chung sớm hơn nhiều trong lịch sử địa chất so với các nhóm có nhiều điểm chung;
  • Khi quyết định mức độ gần gũi của hai loài động vật, một nhà giải phẫu so sánh tìm kiếm các cấu trúc về cơ bản giống nhau, mặc dù chúng có thể phục vụ các chức năng khác nhau trong trưởng thành. Các cấu trúc như vậy được mô tả là cơ quan tương đồng và gợi ý về một tổ tiên chung.
  • Trong trường hợp các cấu trúc tương tự phục vụ các chức năng khác nhau ở người trưởng thành, có thể cần phải truy tìm nguồn gốc của chúng trong phát triển phôi. Một nguồn gốc tương tự trong phát triển phôi cho thấy chúng có các cấu trúc đó là giống nhau, và do đó có khả năng bắt nguồn từ một tổ tiên chung.

Khi một nhóm sinh vật có cùng cơ quan tương đồng chuyên thực hiện nhiều chức năng khác nhau để thích nghi với các điều kiện môi trường và chế độ sống khác nhau một cách nhanh chóng, nó được gọi là bức xạ thích nghi (adaptive radiation). Sự lan truyền dần dần của các sinh vật với bức xạ thích nghi được gọi là tiến hóa phân kỳ (divergent evolution), là nguyên nhân dẫn tới sự hình thành loài.

Sự lồng nhau của hệ thống phân loại sinh học

Phân loại sinh học dựa trên thực tế là tất cả các sinh vật có mối quan hệ họ hàng với nhau trong hệ thống lồng nhau dựa trên các đặc điểm chung. Hầu hết các loài hiện nay có thể được sắp xếp khá dễ dàng trong một hệ thống phân loại lồng nhau. Điều này là hiển nhiên từ sơ đồ phân loại Linnaean. Dựa trên các các đặc tính nguồn gốc được chia sẻ, các sinh vật có mối quan hệ họ hàng gần gũi có thể được đặt trong một nhóm (chẳng hạn như một chi), một số chi có thể được nhóm lại thành một họ, một số họ có thể được nhóm lại thành một bộ, v.v..[58] Sự tồn tại của các hệ thống phân loại lồng nhau này đã được nhiều nhà sinh học trước Darwin công nhận, nhưng ông đã cho thấy rằng học thuyết tiến hóa của ông với mô hình phân nhánh chung của nó có thể giải thích nguyên nhân của sự phân loại này.[58][59] Darwin described how common descent could provide a logical basis for classification:[60]

Cây tiến hóa

Một cây phát sinh chủng loại (của động vật có màng ối (Amniota), là ví dụ, cho tổ tiên chung nhất của động vật có vú và bò sát và tất cả con cháu của nó) minh họa các điều kiện ban đầu gây ra các mô hình tiến hóa tương tự (ví dụ, tất cả các loài động vật có màng ối đẻ một quả trứng có chứa màng ối) và các mô hình phân tách giữa các chủng loài (ví dụ, động vật có vú và bò sát phân nhánh từ tổ tiên chung là động vật có màng ối). Cây tiến hóa cung cấp các mô hình khái niệm về các hệ thống tiến hóa từng được cho là hạn chế trong lĩnh vực đưa ra dự đoán vượt ngoài học thuyết.[61] Tuy nhiên, phương pháp dự đoán phát sinh chủng loại được sử dụng để suy ra dự đoán với xác suất lớn hơn nhiều so với các dữ liệu thô mà ta có. Ví dụ, các nhà cổ sinh vật học sử dụng kỹ thuật này để đưa ra dự đoán về các đặc điểm không thể quan sát được ở các sinh vật hóa thạch, như khủng long có lông và các nhà sinh học phân tử sử dụng kỹ thuật này để đưa ra dự đoán về chuyển hóa ARN và chức năng protein.[62][63] Do đó, cây tiến hóa là giúp đưa ra các giả thuyết tiến hóa đề cập đến các thực kiện cụ thể, chẳng hạn như đặc điểm của sinh vật (ví dụ: vảy, lông, lông), cung cấp bằng chứng cho các mô hình gốc và giải thích nguyên nhân cho sự biến đổi (ví dụ, chọn lọc tự nhiên hoặc trôi dạt trung tính (neutral drift)) trong bất kỳ dòng dõi nhất định (ví dụ động vật có màng ối). Các nhà sinh học tiến hóa kiểm tra học thuyết tiến hóa bằng các phương pháp sử dụng hệ thống phát sinh chủng loại để đo lường mức độ giả thuyết (một kiểu phân nhánh cụ thể trong cây tiến hóa) làm tăng khả năng có thể đúng của bằng chứng (sự phân bố các đặc tính giữa các dòng dõi).[64][65][66] Mức độ khốc liệt của các thí nghiệm cho một học thuyết tăng lên nếu các dự đoán thuộc dạng "ít có khả năng được quan sát nhất nếu sự kiện nhân quả không xảy ra."[67] "Khả năng thực nghiệm là thước đo xem giả thuyết tăng bao nhiêu khả năng có thể đúng của bằng chứng."[68]

Cơ quan thoái hóa

Bài chi tiết: Vết tích tổ tiên
Xem thêm: Vết tích tổ tiên của con người

Bằng chứng cho sự tồn tại của tổ tiên chung đến từ sự tồn tại của các cơ quan thoái hóa.[69] Các cấu trúc thô sơ này thường tương đồng với các cấu trúc tương ứng trong các loài họ hàng hoặc tổ tiên. Một loạt các cấu trúc tồn tại như gen đột biến và không hoạt động, các bộ phận của hoa, cơ bắp, cơ quan và thậm chí cả hành vi. Sự đa dạng này có thể được tìm thấy trên nhiều nhóm loài khác nhau. Trong nhiều trường hợp chúng bị thoái hóa hoặc kém phát triển. Sự tồn tại của các cơ quan tiền đình có thể được giải thích dưới dạng những thay đổi trong môi trường hoặc phương thức sống của loài. Các cơ quan đó thường có chức năng trong các loài tổ tiên nhưng bây giờ hoặc là bán chức năng, không chức năng hoặc tái mục đích.

Tài liệu khoa học liên quan đến cơ quan thoái hóa (vestigial structures) rất nhiều. Một nghiên cứu đã đưa ra 64 ví dụ về cơ quan thoái hóa được tìm thấy trong tài liệu trên một loạt các ngành học trong thế kỷ 21.[70] Danh sách không đầy đủ sau đây tóm tắt Senter et al. cùng với nhiều ví dụ khác:

Hình 2b: Bộ xương của một cá voi tấm sừng với cấu trúc chân sau và xương chậu được khoanh tròn màu đỏ. Cấu trúc xương này tồn tại bên trong suốt cuộc đời của loài.
  • Sư tiêu biến chi sau và xương chậu nhưng vẫn được gắn vào cơ của cá voi (xem hình 2b).[79][80][81][82] Đôi khi, các gen mã hóa cho các chi dài hơn khiến một con cá voi hiện đại phát triển chân. Vào ngày 28 tháng 10 năm 2006, một con cá heo mũi nhọn bốn vây đã bị bắt và nghiên cứu do có thêm các chi sau.[83] Những cái chân của bộ cá voi này cho thấy một ví dụ về sự lại tổ được dự đoán từ tổ tiên chung của chúng.
  • Cánh sau không chức năng ở Carabus solieri[84] và những con bọ cánh cứng khác.[80]
  • Mắt còn sót lại (và cấu trúc mắt) ở động vật bị mất thị lực như cá hang động mù (ví dụ: ‘’Astyanax mexicanus’’),[85] chuột chũi, rắn, nhện, kỳ nhông, tôm, tôm càng và bọ cánh cứng.[86][87]
  • Vết tích mắt ở phần sinh vật còn tồn tại như Rhineura floridana và vết tích xương sọ jugal ở sinh vật đã tuyệt chủng Rhineura hatchery (phân loại lại là Protorhineura hatcherii).[88][89]
  • Đôi cánh không có chức năng ở những loài chim không biết bay như đà điểu, chim kiwi, đà điểu đầu mào và đà điểu châu Úc.[90][91]
  • Sự hiện diện của nếp gấp nhỏ của hành kết mạc trên khóe mắt giữa (Plica semilunaris) trong mắt con người —một vết tích còn sót lại của động vật màng nictate (Nictitating membrane).[92]
  • Tuyến Harderian ở linh trưởng.[93]
  • Sự tiêu biến chân sau và cấu trúc xương chậu ở thằn lằn không chân, họ thằn lằn bóng,[94] amphisbaenian, và vài loài rắn khác.[95][96]
  • Tiêu biến bộ máy khứu giác và biến mất ở cá voi dù vẫn còn sở hữu các bộ gen quy định thụ thể khứu giác.[97]
  • Vết tích răng ở kỳ lân biển.[98]
  • Ngón thô của Ateles geoffroyi, Colobus guereza, và Perodicticus potto.[99]
  • Vết tích răng nguyên thủy trong mô hình răng phôi ở chuột.[100]
  • Sự tiêu biến hoặc biến mất của cơ quan vomeronasal ở con người và họ khỉ cựu thế giới.[101][102]
  • Sự hiện diện của cơ bắp xoang không chức năng ở người được sử dụng trong cử động râu ria.[103]
  • Sự thoái hóa cơ palmaris longus ở con người.[104]
  • Phân thứ lớp Cá xương thật, linh trưởng dạng người thuộc (Phân thứ bộ Khỉ dạng người), chuột lang nhà, vài loài dơi và vài loài bộ sẻ đã mất khả năng tổng hợp vitamin C (ascorbic acid), nhưng vẫn sở hữu các gen liên quan. Sự bất lực này là do đột biến gen L-gulono-γ-lactone oxidase (GLO)—xuất hiện ở linh trưởng, cá xương thật và chuột lang là không đảo ngược được.[105]
  • Phần bụng còn sót lại ở (hà).[106]
  • Phôi động vật có xương sống không phải động vật có vú phụ thuộc vào các chất dinh dưỡng từ túi noãn hoàng. Hệ gen của con người và động vật có vú khác chứa các gen bị hỏng, không hoạt động, mã hóa cho việc sản xuất lòng đỏ, cùng với sự hiện diện của túi noãn hoàng với phôi.[107][108][109]
  • Phôi cá heo có mầm chi.[110]
  • Sự hình thành lá ở một số loài xương rồng.[111]
  • Sự hiện diện của một vết tích nội cộng sinh Lepidodinium viride trong tảo đơn bào hai roi Gymnodinium chlorophorum.[112]
  • Những loài Dolabrifera dolabrifera có một tuyến mực nhưng "không có khả năng sản xuất mực hoặc các protein chống kẻ săn mồi liên quan".[113]

Ví dụ cụ thể từ giải phẫu so sánh

Figure 2c
Hình 2c: Adaptation of insect mouthparts: a, râu; c, mắt kép; lb, môi dưới (labium); lr, môi trên (labrum); md, hàm dưới (mandibles); mx, hàm trên (maxillae).
(A) Tình trạng nguyên thủy — cắn và nhai: ví dụ châu chấu. Có hàm trên và hàm dưới khỏe để vận chuyển thức ăn.
(B) Làm dấu và nhai: ví dụ ong mật. Môi dưới dài để lên mật hoa; hàm dưới nhai phấn hoa và tạo sáp.
(C) Hút: ví dụ bướm. Môi trên tiêu biến; hàm dưới biến mất; hàm trên biến đổi thành dạng ống dài để hút.
(D) Đâm và hút, ví dụ. muỗi cái. Môi trên and hàm trên hình thành dạng ống; hàm dưới hình thành dạng dùi sắc; môi trên tạo thành rãnh để giữ những phần khác.
Figure 2d
Hình 2d: Minh họa xương chậu của Eoraptor lunensis thuộc bộ Saurischia và xương chậu Lesothosaurus thuộc bộ khủng long hông chim trong nhánh Khủng long. Các phần của khung chậu cho thấy sự thay đổi theo thời gian. Cây phả hệ được hiển thị để minh họa khoảng cách phân tách giữa hai loài.
Figure 2e
Hình 2e: Nguyên lý của tương đồng được minh họa bằng bức xạ thích nghi của chi trước động vật có vú. Tất cả phù hợp với mô hình năm ngón cơ bản nhưng được biến đổi để phù hợp với các cách sử dụng khác nhau. Phần thứ ba xương bàn tay (Metacarpal bones) được tô màu; còn vai được vẽ nét gạch chéo.
Figure 2f
Hình 2f: Con đường của dây thần kinh phản hồi thanh quản ở hươu cao cổ. Dây thần kinh thanh quản là một sự biến đổi mềm dẻo bị kéo dài từ chiếc cổ cao do kết quả chọn lọc tự nhiên.
Figure 2g
Hình 2g: Con đường của ống dẫn tinh từ tinh hoàn đến dương vật.

Miệng và phần phụ của côn trùng

Nhiều loài côn trùng khác nhau có phần miệng có nguồn gốc từ cùng một cấu trúc phôi thai, cho thấy phần miệng là những biến đổi của các đặc điểm ban đầu của tổ tiên chung. Chúng bao gồm labrum (môi trên), một cặp mandibles (hàm dưới), một hầu dưới, một cặp maxillae (hàm trên) và labium (môi dưới). (Hình 2c) Sự tiến hóa đã gây ra sự tăng cường và biến đổi các cấu trúc này ở một số loài, trong khi nó đã gây ra sự tiêu biến và biến mất chúng ở các loài khác. Các biến đổi cho phép côn trùng khai thác nhiều loại thức ăn khác nhau.

Miệng và râu côn trùng được coi là cơ quan tương đồng của chân côn trùng. Sự phát triển song song được nhìn thấy trong một số loài thuộc lớp hình nhện: Cặp chân trước có thể được biến đổi thành dạng tương tự của râu, đặc biệt là ở loài bọ cạp roi, đi bằng sáu chân. Những phát triển này cung cấp sự hỗ trợ cho học thuyết rằng các biến đổi phức tạp thường phát sinh từ các bộ phận có sẵn và các bộ phận này sẽ biến đổi theo các hướng khác nhau tùy theo mục đích sử dụng.

Cấu trúc xương chậu của khủng long

Xem thêm: Tiến hóa khủng long và Tiến hóa loài chim

Tương tự như động vật có vú có chi năm ngón, khủng long sơ khai được chia thành hai bộ riêng biệt. Khủng long hông thằn lằn (saurischia) và Khủng long hông chim (ornithischia). Chúng được phân loại như thế này hay thế khác dựa vào sự phù hợp với những gì hóa thạch thể hiện. Hình 2d, cho thấy rằng Khủng long hông thằn lằn sơ khai giống Khủng long hông chim . Mô hình của xương chậu trong tất cả các loài khủng long là một ví dụ về cấu trúc tương đồng. Mỗi bộ của khủng long có xương chậu gần như giống nhau hoàn toàn cung cấp bằng chứng về tổ tiên chung. Ngoài ra, chim hiện đại cho thấy sự tương đồng với các cấu trúc xương chậu Khủng long hông thằn lằn sơ khai cho thấy tiến hóa của chim từ khủng long. Điều này cũng có thể được nhìn thấy trong Hình 5c là nhánh Chim (Aves) bên cạnh phân bộ Khủng long chân thú (Theropoda).

Chi năm ngón

Xem thêm thông tin: Tiến hóa động vật có vú

Mô hình xương chi gọi là chi năm ngón là một ví dụ về cấu trúc tương đồng (Hình 2e). Nó được tìm thấy trong tất cả các lớp của động vật bốn chân ( ví dụ từ động vật lưỡng cư đến động vật có vú). Nó thậm chí có thể được truy trở lại vây của một số hóa thạch cá mà từ đó loài lưỡng cư đầu tiên tiến hóa như tiktaalik. Chi có một (xương cánh tay), hai (xương quay và xương trụ), một loạt xương bàn tay và xương cổ tay, theo sau là năm chuỗi xương gan tay và xương đốt ngón tay. Xuyên suốt các động vật bốn chân, các cấu trúc cơ bản của các chi năm ngón là như nhau, cho thấy rằng chúng có nguồn gốc từ một tổ tiên chung. Nhưng trong quá trình tiến hóa, những cấu trúc cơ bản này đã được biến đổi. Chúng đã trở thành những cấu trúc khác nhau và không liên quan đến bề ngoài để phục vụ các chức năng khác nhau để thích nghi với các môi trường và phương thức sống khác nhau. Hiện tượng này được thể hiện trong các chi trước của động vật có vú. Ví dụ:

  • Ở khỉ, các chi trước dài hơn nhiều, tạo thành một bàn tay cầm nắm được sử dụng để leo trèo và đung đưa giữa các cây.
  • Heo đã mất đốt ngón đầu tiên, trong khi đốt ngón thứ hai và thứ năm tiêu giảm. Hai đốt còn lại dài hơn và cứng hơn phần còn lại và mang một cái móng để nâng đỡ cơ thể.
  • Ở ngựa, chân trước thích nghi cao về sức mạnh và sự hỗ trợ. Chạy nhanh và chạy đường dài là có thể do độ giãn dài của đốt ngón thứ ba mang móng guốc.
  • Loài chuột chũi có một cặp chân trước ngắn, giống như cái xẻng để đào hang.
  • Thú ăn kiến sử dụng ngón chân dài thứ ba của chúng để xé thành các tổ kiến và mối.
  • Ở bộ cá voi, các chi trước trở thành chân chèo để điều khiển và duy trì trạng thái cân bằng trong khi bơi.
  • Ở loài dơi, các chi trước đã được biến đổi cao và phát triển thành chức năng cánh. Bốn ngón trước đã trở nên dài ra, trong khi ngón đầu tiên giống như móc vẫn tự do và được sử dụng để treo ngược.

Dây thần kinh phản hồi thanh quản ở hươu cao cổ

Dây thần kinh phản hồi thanh quản là một nhánh thứ tư của dây thần kinh phế vị, là một dây thần kinh sọ. Ở động vật có vú, con đường của nó dài bất thường. Là một phần của dây thần kinh phế vị, nó xuất phát từ não, đi qua cổ xuống đến tim, vòng qua động mạch chủ để rồi một lần nữa đi qua cổ và trở lại thanh quản. (Hình 2f)

Con đường này là tồi tệ ngay cả đối với con người, nhưng đối với hươu cao cổ nó thậm chí còn trở nên tồi tệ hơn. Do chiều dài của cổ của nó, dây thần kinh phản hồi thanh quản có thể dài lên đến 4 m (13 ft). Mặc dù đích đến của nó chỉ cách vài cm.

Con đường gián tiếp của dây thần kinh này là kết quả của sự tiến hóa của động vật có vú từ cá. Cá không có cổ và có một dây thần kinh tương đối ngắn mà nó đi qua cung mang để tới một khe mang gần đó. Kể từ đó, mang mà là đích đến của nó đã trở thành thanh quản và cung mang đã trở thành động mạch chủ ở động vật có vú.[114][115]

Lộ trình của ống dẫn tinh

Tương tự như dây thần kinh thanh quản ở hươu cao cổ, ống dẫn tinh là một phần của giải phẫu học con đực của nhiều động vật có xương sống; nó vận chuyển tinh trùng từ mào tinh để chuẩn bị cho sự xuất tinh. Ở người, ống dẫn tinh di chuyển lên từ tinh hoàn, vòng qua niệu quản và quay trở lại niệu đạo và dương vật. Có ý kiến cho rằng điều này là do sự hạ thấp của tinh hoàn trong quá trình tiến hóa của con người, có khả năng liên quan đến nhiệt độ. Khi tinh hoàn bị hạ thấp, thì ống dẫn tinh dài ra để phù hợp với "cái móc" tình cờ trên niệu quản.[115][116]

  1. ^ Mount, D.M. (2004). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (ấn bản 2). Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY. ISBN 978-0-87969-608-5.
  2. ^ Penny, David; Foulds, L. R.; Hendy, M. D. (1982). “Testing the theory of evolution by comparing phylogenetic trees constructed from five different protein sequences”. Nature. 297 (5863): 197–200. Bibcode:1982Natur.297..197P. doi:10.1038/297197a0. PMID 7078635.
  3. ^ “Eukaryotes”. www.tolweb.org. Truy cập 23 Tháng sáu năm 2018.
  4. ^ Max, Edward (5 tháng 5 năm 2003). “Plagiarized Errors and Molecular Genetics”. The Talk Origins Archive. Truy cập 4 tháng Năm năm 2018.
  5. ^ Futuyma, Douglas J. (1998). Evolutionary Biology (ấn bản 3). Sinauer Associates. tr. 108–110. ISBN 978-0-87893-189-7.
  6. ^ Haszprunar (1995). “The mollusca: Coelomate turbellarians or mesenchymate annelids?”. Trong Taylor (biên tập). Origin and evolutionary radiation of the Mollusca : centenary symposium of the Malacological Society of London. Oxford: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-854980-2.
  7. ^ Kozmik, Z.; Daube, M.; Frei, E.; Norman, B.; Kos, L.; Dishaw, L.J.; Noll, M.; Piatigorsky, J. (2003). “Role of Pax genes in eye evolution: A cnidarian PaxB gene uniting Pax2 and Pax6 functions” (PDF). Developmental Cell. 5 (5): 773–785. doi:10.1016/S1534-5807(03)00325-3. PMID 14602077.
  8. ^ Land, M.F. and Nilsson, D.-E., Animal Eyes, Oxford University Press, Oxford (2002) ISBN 0-19-850968-5.
  9. ^ Chen, F.C.; Li, W.H. (2001). “Genomic Divergences between Humans and Other Hominoids and the Effective Population Size of the Common Ancestor of Humans and Chimpanzees”. American Journal of Human Genetics. 68 (2): 444–56. doi:10.1086/318206. PMC 1235277. PMID 11170892.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  10. ^ Cooper, G.M.; Brudno, M.; Green, E.D.; Batzoglou, S.; Sidow, A. (2003). “Quantitative Estimates of Sequence Divergence for Comparative Analyses of Mammalian Genomes”. Genome Res. 13 (5): 813–20. doi:10.1101/gr.1064503. PMC 430923. PMID 12727901.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  11. ^ The picture labeled "Human Chromosome 2 and its analogs in the apes" in the article Comparison of the Human and Great Ape Chromosomes as Evidence for Common Ancestry Lưu trữ 2011-08-20 tại WebCite is literally a picture of a link in humans that links two separate chromosomes in the nonhuman apes creating a single chromosome in humans. Also, while the term originally referred to fossil evidence, this too is a trace from the past corresponding to some living beings that, when alive, physically embodied this link.
  12. ^ The New York Times report Still Evolving, Human Genes Tell New Story, based on A Map of Recent Positive Selection in the Human Genome, states the International HapMap Project is "providing the strongest evidence yet that humans are still evolving" and details some of that evidence.
  13. ^ Alberts, Bruce; Johnson, Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter (tháng 3 năm 2002). Molecular Biology of the Cell (ấn bản 4). Routledge. ISBN 978-0-8153-3218-3.
  14. ^ "Converging Evidence for Evolution." Lưu trữ 2010-12-01 tại Wayback Machine Phylointelligence: Evolution for Everyone. 26 November 2010.
  15. ^ Petrov, D.A.; Hartl, D.L. (2000). “Pseudogene evolution and natural selection for a compact genome”. The Journal of Heredity. 91 (3): 221–7. doi:10.1093/jhered/91.3.221. PMID 10833048.
  16. ^ a b Xiao-Jie, Lu; Ai-Mei, Gao; Li-Juan, Ji; Jiang, Xu (1 tháng 1 năm 2015). “Pseudogene in cancer: real functions and promising signature”. Journal of Medical Genetics (bằng tiếng Anh). 52 (1): 17–24. doi:10.1136/jmedgenet-2014-102785. ISSN 0022-2593. PMID 25391452.
  17. ^ Vanin, E F (1985). “Processed Pseudogenes: Characteristics and Evolution”. Annual Review of Genetics (bằng tiếng Anh). 19 (1): 253–272. doi:10.1146/annurev.ge.19.120185.001345. ISSN 0066-4197. PMID 3909943.
  18. ^ Gerstein, Mark (2006). “Pseudogenes in the ENCODE Regions: Consensus Annotation, Analysis of Transcription and Evolution” (PDF). Gerstein Lab. Truy cập 23 Tháng sáu năm 2018.
  19. ^ “What is Junk DNA?”. News-Medical.net (bằng tiếng Anh). 7 tháng 5 năm 2010. Truy cập 23 Tháng sáu năm 2018.
  20. ^ Okamoto, N.; Inouye, I. (2005). “A secondary symbiosis in progress”. Science. 310 (5746): 287. doi:10.1126/science.1116125. PMID 16224014.
  21. ^ Okamoto, N.; Inouye, I. (2006). “Hatena arenicola gen. et sp. nov., a katablepharid undergoing probable plastid acquisition”. Protist. 157 (4): 401–19. doi:10.1016/j.protis.2006.05.011. PMID 16891155.
  22. ^ MacAndrew, Alec. Human Chromosome 2 is a fusion of two ancestral chromosomes. Accessed 18 May 2006.
  23. ^ Evidence of Common Ancestry: Human Chromosome 2 (video) 2007
  24. ^ Yunis, J.J.; Prakash, O. (1982). “The origin of man: a chromosomal pictorial legacy”. Science. 215 (4539): 1525–1530. Bibcode:1982Sci...215.1525Y. doi:10.1126/science.7063861. PMID 7063861.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  25. ^ Human and Ape Chromosomes Lưu trữ 2011-08-20 tại WebCite; accessed 8 September 2007.
  26. ^ Avarello, Rosamaria; Pedicini, A; Caiulo, A; Zuffardi, O; Fraccaro, M (1992). “Evidence for an ancestral alphoid domain on the long arm of human chromosome 2”. Human Genetics. 89 (2): 247–9. doi:10.1007/BF00217134. PMID 1587535.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  27. ^ a b Ijdo, J. W.; Baldini, A; Ward, DC; Reeders, ST; Wells, RA (1991). “Origin of human chromosome 2: an ancestral telomere-telomere fusion”. Proceedings of the National Academy of Sciences. 88 (20): 9051–5. Bibcode:1991PNAS...88.9051I. doi:10.1073/pnas.88.20.9051. PMC 52649. PMID 1924367.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  28. ^ a b Amino acid sequences in cytochrome c proteins from different species, adapted from Strahler, Arthur; Science and Earth History, 1997. page 348.
  29. ^ Lurquin, P.F.; Stone, L. (2006). Genes, Culture, and Human Evolution: A Synthesis. Blackwell Publishing, Incorporated. tr. 79. ISBN 978-1-4051-5089-7.
  30. ^ a b Theobald, Douglas (2004). “29+ Evidences for Macroevolution; Protein functional redundancy]”. The Talk Origins Archive.
  31. ^ Castresana, J. (2001). “Cytochrome b Phylogeny and the Taxonomy of Great Apes and Mammals”. Molecular Biology and Evolution. 18 (4): 465–471. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003825. PMID 11264397.
  32. ^ Van Der Kuyl, A.C.; Dekker, J.T.; Goudsmit, J. (1999). “Discovery of a New Endogenous Type C Retrovirus (FcEV) in Cats: Evidence for RD-114 Being an FcEVGag-Pol/Baboon Endogenous Virus BaEVEnv Recombinant”. Journal of Virology. 73 (10): 7994–8002. PMC 112814. PMID 10482547.
  33. ^ Sverdlov, E.D. (tháng 2 năm 2000). “Retroviruses and primate evolution”. BioEssays. 22 (2): 161–71. doi:10.1002/(SICI)1521-1878(200002)22:2<161::AID-BIES7>3.0.CO;2-X. PMID 10655035.
  34. ^ Belshaw, R.; Pereira, V.; Katzourakis, A.; và đồng nghiệp (tháng 4 năm 2004). “Long-term reinfection of the human genome by endogenous retroviruses”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (14): 4894–9. Bibcode:2004PNAS..101.4894B. doi:10.1073/pnas.0307800101. PMC 387345. PMID 15044706.
  35. ^ Bonner, T.I.; O'Connell, C.; Cohen, M. (tháng 8 năm 1982). “Cloned endogenous retroviral sequences from human DNA”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 79 (15): 4709–13. Bibcode:1982PNAS...79.4709B. doi:10.1073/pnas.79.15.4709. PMC 346746. PMID 6181510.
  36. ^ Johnson, Welkin E.; Coffin, John M. (31 tháng 8 năm 1999). “Constructing primate phylogenies from ancient retrovirus sequences”. Proceedings of the National Academy of Sciences (bằng tiếng Anh). 96 (18): 10254–10260. Bibcode:1999PNAS...9610254J. doi:10.1073/pnas.96.18.10254. ISSN 0027-8424. PMC 17875. PMID 10468595.
  37. ^ Pallen, Mark (2009). Rough Guide to Evolution. Rough Guides. tr. 200–206. ISBN 978-1-85828-946-5.
  38. ^ Tanaka, G.; Hou, X.; Ma, X.; Edgecombe, G.D.; Strausfeld, N.J. (tháng 10 năm 2013). “Chelicerate neural ground pattern in a Cambrian great appendage arthropod”. Nature. 502 (7471): 364–367. Bibcode:2013Natur.502..364T. doi:10.1038/nature12520. PMID 24132294.
  39. ^ Andrews, Roy Chapman (3 tháng 6 năm 1921). “A Remarkable Case of External Hind Limbs in a Humpback Whale” (PDF). American Museum Novitates.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  40. ^ a b Hall, Brian K. (1995), “Atavisms and atavistic mutations”, Nature Genetics, 10 (2): 126–127, doi:10.1038/ng0695-126, PMID 7663504
  41. ^ a b c d e f g h i hall, Brian K. (1984), “Developmental mechanisms underlying the atavisms”, Biological Reviews, 59: 89–124, doi:10.1111/j.1469-185x.1984.tb00402.x
  42. ^ Lambert, Katie. (2007-10-29) HowStuffWorks "How Atavisms Work". Animals.howstuffworks.com. Retrieved on 2011-12-06.
  43. ^ a b Tomić, Nenad; và đồng nghiệp (2011), “Atavisms: Medical, Genetic, and Evolutionary Implications”, Perspectives in Biology and Medicine, 54 (3): 332–353, doi:10.1353/pbm.2011.0034, PMID 21857125
  44. ^ Raynaud, A. (1977), Somites and early morphogenesis in reptile limbs. In Vertebrate Limb and Somite Morphogenesis, Cambridge University Press, London, tr. 373–386
  45. ^ Tabuchi, Hiroko (2006), Dolphin May Have 'Remains' of Legs, Livescience.com
  46. ^ Tyson, R.; Graham, J.P.; Colahan, P.T.; Berry, C.R. (2004). “Skeletal atavism in a miniature horse”. Veterinary Radiology & Ultrasound. 45 (4): 315–7. doi:10.1111/j.1740-8261.2004.04060.x. PMID 15373256.Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  47. ^ Simpson, G. G. (1951), Horses: The story of the horse family in the modern world and through sixty million years of evolution, Oxford University Press
  48. ^ Dao, Anh H.; Netsky, Martin G. (1984), “Human tails and pseudotails”, Human Pathology, 15 (5): 449–453, doi:10.1016/S0046-8177(84)80079-9, PMID 6373560
  49. ^ Katja Domes; và đồng nghiệp (2007), “Reevolution of sexuality breaks Dollo's law”, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104 (17): 7139–7144, Bibcode:2007PNAS..104.7139D, doi:10.1073/pnas.0700034104, PMC 1855408, PMID 17438282
  50. ^ Harris, Matthew P.; và đồng nghiệp (2006), “The Development of Archosaurian First-Generation Teeth in a Chicken Mutant”, Current Biology, 16 (4): 371–377, doi:10.1016/j.cub.2005.12.047, PMID 16488870
  51. ^ Michael F. Whiting; và đồng nghiệp (2003), “Loss and recovery of wings in stick insects”, Nature, 421 (6920): 264–267, Bibcode:2003Natur.421..264W, doi:10.1038/nature01313, PMID 12529642
  52. ^ a b Robert J. Raikow; và đồng nghiệp (1979), “The evolutionary re-establishment of a lost ancestral muscle in the bowerbird assemblage”, Condor, 81 (2): 203–206, doi:10.2307/1367290, JSTOR 1367290
  53. ^ Robert J. Raikow (1975), “The evolutionary reappearance of ancestral muscles as developmental anomalies in two species of birds”, Condor, 77 (4): 514–517, doi:10.2307/1366113, JSTOR 1366113
  54. ^ E. Evansh (1959), “Hyoid muscle anomalies in the dog (Canis familiaris)”, Anatomical Record, 133 (2): 145–162, doi:10.1002/ar.1091330204
  55. ^ Castle, William E. (1906), The origin of a polydactylous race of guinea-pigs (ấn bản 49), Carnegie Institution of Washington
  56. ^ Held, Lewis I. (2010). “The Evo-Devo Puzzle of Human Hair Patterning”. Evolutionary Biology. 37 (2–3): 113–122. doi:10.1007/s11692-010-9085-4.
  57. ^ Futuyma, Douglas J. (1998). Evolutionary Biology (ấn bản 3). Sinauer Associates Inc. tr. 122. ISBN 978-0-87893-189-7.
  58. ^ a b 29+ Evidences for Macroevolution: Part 1. Talkorigins.org. Retrieved on 2011-12-06.
  59. ^ Coyne, Jerry A. (2009). Why Evolution is True. Viking. tr. 8–11. ISBN 978-0-670-02053-9.
  60. ^ Darwin, Charles (1859). On the Origin of Species. John Murray. tr. 420.
  61. ^ Tuomi, J. (1981). “Structure and dynamics of Darwinian evolutionary theory” (PDF). Syst. Zool. 30 (1): 22–31. doi:10.2307/2992299. JSTOR 2992299.
  62. ^ Aravind, L.; Iyer, L.M.; Anantharaman, V. (2003). “The two faces of Alba: the evolutionary connection between proteins participating in chromatin structure and RNA metabolism”. Genome Biology. 4 (10): R64. doi:10.1186/gb-2003-4-10-r64. PMC 328453. PMID 14519199.
  63. ^ Brochu, C. A.; Wagner, J. R.; Jouve, S.; Sumrall, C. D.; Densmore, L. D. (2009). “A correction corrected:Consensus over the meaning of Crocodylia and why it matters” (PDF). Syst. Biol. 58 (5): 537–543. doi:10.1093/sysbio/syp053. PMID 20525607. Bản gốc (PDF) lưu trữ 27 tháng Chín năm 2013. Đã bỏ qua tham số không rõ |deadurl= (gợi ý |url-status=) (trợ giúp)
  64. ^ Bock, W. J. (2007). “Explanations in evolutionary theory” (PDF). J Zool Syst Evol Res. 45 (2): 89–103. doi:10.1111/j.1439-0469.2007.00412.x. Bản gốc (PDF) lưu trữ 12 tháng Năm năm 2012. Đã bỏ qua tham số không rõ |deadurl= (gợi ý |url-status=) (trợ giúp)Quản lý CS1: ref=harv (liên kết)
  65. ^ Kluge 1999
  66. ^ Laurin 2000
  67. ^ Fitzhugh 2006, tr. 31
  68. ^ Kluge 1999, tr. 432
  69. ^ Slifkin, Natan (2006). The Challenge of Creation…. Zoo Torah. tr. 258–9. ISBN 978-1-933143-15-6.
  70. ^ Senter, Phil; và đồng nghiệp (2015), “Vestigial Biological Structures: A Classroom-Applicable Test of Creationist Hypotheses”, The American Biology Teacher, 77 (2): 99–106, doi:10.1525/abt.2015.77.2.4
  71. ^ Attila Regoes; và đồng nghiệp (2005), “Protein Import, Replication, and Inheritance of a Vestigial Mitochondrion”, The Journal of Biological Chemistry, 280 (34): 30557–30563, doi:10.1074/jbc.M500787200, PMID 15985435
  72. ^ Sekiguchi, Hiroshi; và đồng nghiệp (2002), “Vestigial chloroplasts in heterotrophic stramenopiles Pteridomonas danica and Ciliophrys infusionum (Dictyochophyceae)”, Protist, 153 (2): 157–167, doi:10.1078/1434-4610-00094, PMID 12125757
  73. ^ Paula J. Rudall; và đồng nghiệp (2002), “Floral Anatomy and Systematics of Alliaceae with Particular Reference to Gilliesia, A Presumed Insect Mimic with Strongly Zygomorphic Flowers”, American Journal of Botany, 89 (12): 1867–1883, doi:10.3732/ajb.89.12.1867, PMID 21665616
  74. ^ Strittmatter, Lara I.; và đồng nghiệp (2002), “Subdioecy in Consolea Spinosissima (Cactaceae): Breeding System and Embryological Studies”, American Journal of Botany, 89 (9): 1373–1387, doi:10.3732/ajb.89.9.1373, PMID 21665739
  75. ^ Ashman, Tia-Lynn (2003), “Constraints on the Evolution of Males and Sexual Dimorphism: Field Estimates of Genetic Architecture of Reproductive Traits in Three Populations of Gynodioecious Fragaria virginiana”, Evolution, 57 (9): 2012–2025, doi:10.1554/02-493
  76. ^ Golonka, Annette M.; và đồng nghiệp (2005), “Wind Pollination, Sexual Dimorphism, and Changes in Floral Traits of Schiedea (Caryophyllaceae)”, American Journal of Botany, 92 (9): 1492–1502, doi:10.3732/ajb.92.9.1492, PMID 21646167
  77. ^ Walker-Larsen, J.; Harder, L. D. (2001), “Vestigial organs as opportunities for functional innovation: the example of the Penstemon staminode”, Evolution, 55 (3): 477–487, doi:10.1111/j.0014-3820.2001.tb00782.x
  78. ^ Gomez, Nadilla N.; Shaw, Ruth G. (2006), “Inbreeding Effect on Male and Female Fertility and Inheritance of Male Sterility in Nemophila menziesii (Hydrophyllaceae)”, American Journal of Botany, 93 (5): 739–746, doi:10.3732/ajb.93.5.739, PMID 21642137
  79. ^ Bejder, Lars; Hall, Brian K. (2002), “Limbs in Whales and Limblessness in Other Vertebrates: Mechanisms ofEvolutionary and Developmental Transformation and Loss”, Evolution and Development, 4 (6): 445–458, doi:10.1046/j.1525-142x.2002.02033.x, PMID 12492145
  80. ^ a b Coyne, Jerry A. (2009). Why Evolution Is True. Viking. tr. 60. ISBN 978-0-670-02053-9.
  81. ^ West-Eberhard, Mary Jane (2003). Developmental plasticity and evolution. Oxford University Press. tr. 232. ISBN 978-0-19-512234-3.
  82. ^ P. C. Simões-Lopes; C. S. Gutstein (2004), “Notes on the anatomy, positioning and homology of the pelvic bones in small cetaceans (Cetacea, Delphinidae, Pontoporiidae)”, LAJAM, 3 (2): 157–162, doi:10.5597/lajam00060
  83. ^ “Example 1: Living whales and dolphins found with hindlimbs”. Douglas Theobald. Truy cập 20 Tháng Ba năm 2011.
  84. ^ Garner, Stephane; và đồng nghiệp (2006), “Hybridization, developmental stability, and functionality of morphological traits in the ground beetle Carabus solieri (Coleoptera, Carabidae)”, Biological Journal of the Linnean Society, 89: 151–158, doi:10.1111/j.1095-8312.2006.00668.x
  85. ^ Jeffery, William R. (2008), “Emerging model systems in evo-devo: cavefish and microevolution of development”, Evolution and Development, 10 (3): 256–272, doi:10.1111/j.1525-142X.2008.00235.x, PMC 3577347, PMID 18460088
  86. ^ Coyne, Jerry A. (2009). Why Evolution Is True. Viking. tr. 59–60. ISBN 978-0-670-02053-9.
  87. ^ Abed E. Zubidat; và đồng nghiệp (2010), “Photoentrainment in blind and sighted rodent species: responses to photophase light with different wavelengths”, The Journal of Experimental Biology, 213 (Pt 24): 4213–4222, doi:10.1242/jeb.048629, PMID 21113002
  88. ^ Kearney, Maureen; Maisano, Jessica Anderson; Rowe, Timothy (2005), “Cranial Anatomy of the Extinct Amphisbaenian Rhineura hatcherii (Squamata, Amphisbaenia) Based on High-Resolution X-ray Computed Tomography”, Journal of Morphology, 264 (1): 1–33, doi:10.1002/jmor.10210, PMID 15549718
  89. ^ David C. Culver (1982), Cave Life: Evolution and Ecology, Harvard University Press, ISBN 9780674330191
  90. ^ Coyne, Jerry A. (2009). Why Evolution Is True. Viking. tr. 57–59. ISBN 978-0-670-02053-9.
  91. ^ Erin E. Maxwell; Hans C.E. Larsson (2007), “Osteology and myology of the wing of the Emu (Dromaius novaehollandiae), and its bearing on the evolution of vestigial structures”, Journal of Morphology, 268 (5): 423–441, doi:10.1002/jmor.10527, PMID 17390336
  92. ^ Michael G. Glasspool (1982), Atlas of Ophthalmology (ấn bản 1), MTP Press Unlimited, tr. 9
  93. ^ Rehoreka, Susan J.; Smith, Timothy D. (2006), “The primate Harderian gland: Does it really exist?”, Ann Anat, 188 (4): 319–327, doi:10.1016/j.aanat.2006.01.018, PMID 16856596
  94. ^ Andrade, Julia B.; Lewis, Ryshonda P.; Senter, Phil (2016), “Appendicular skeletons of five Asian skink species of the genera Brachymeles and Ophiomorus, including species with vestigial appendicular structures”, Amphibia-Reptilia, 37 (4): 337–344, doi:10.1163/15685381-00003062
  95. ^ Maureen Kearney (2002), “Appendicular Skeleton in Amphisbaenians (Reptilia: Squamata)”, Copeia, 2002 (3): 719–738, doi:10.1643/0045-8511(2002)002[0719:asiars]2.0.co;2
  96. ^ Tsuihiji, Takanobu; Kearney, Maureen; Olivier Rieppel (2006), “First Report of a Pectoral Girdle Muscle in Snakes, with Comments on the Snake Cervico-dorsal Boundary”, Copeia, 2006 (2): 206–215, doi:10.1643/0045-8511(2006)6[206:froapg]2.0.co;2
  97. ^ Mcgowan, Michael R.; Clark, Clay; Gatesy, John (2008), “The Vestigial Olfactory Receptor Subgenome of Odontocete Whales: Phylogenetic Congruence between Gene-Tree Reconciliation and Supermatrix Methods”, Systematic Biology, 57 (4): 574–590, doi:10.1080/10635150802304787, PMID 18686195
  98. ^ Nweeia, Martin T.; và đồng nghiệp (2012), “Vestigial Tooth Anatomy and Tusk Nomenclature for Monodon Monoceros”, The Anatomical Record, 295 (6): 1006–1016, doi:10.1002/ar.22449, PMID 22467529
  99. ^ Tague, Robert G. (2002), “Variability of Metapodials in PrimatesWith Rudimentary Digits: Ateles geoffroyi, Colobus guereza, and Perodicticus potto”, American Journal of Physical Anthropology, 117 (3): 195–208, doi:10.1002/ajpa.10028, PMID 11842399
  100. ^ Peterková, R.; và đồng nghiệp (2002), “Development of the Vestigial Tooth Primordia as Part of Mouse Odontogenesis”, Connective Tissue Research, 43 (2–3): 120–128, doi:10.1080/03008200290000745
  101. ^ Liman, Emily R.; Innan, Hideki (2003), “Relaxed selective pressure on an essential component of pheromone transduction in primate evolution”, PNAS, 100 (6): 3328–3332, Bibcode:2003PNAS..100.3328L, doi:10.1073/pnas.0636123100, PMC 152292, PMID 12631698
  102. ^ Zhang, Jianzhi; Webb, David M. (2003), “Evolutionary deterioration of the vomeronasal pheromone transduction pathway in catarrhine primates”, PNAS, 100 (14): 8337–8341, Bibcode:2003PNAS..100.8337Z, doi:10.1073/pnas.1331721100, PMC 166230, PMID 12826614
  103. ^ Tamatsu; và đồng nghiệp (2007), “Vestiges of vibrissal capsular muscles exist in the human upper lip”, Clinical Anatomy, 20 (6): 628–631, doi:10.1002/ca.20497, PMID 17458869
  104. ^ Mbaka, Godwin O.; Ejiwunmi, Adedayo B. (2009), “Prevalence of palmaris longus absence – a study in the Yoruba population”, Ulster Medical Journal, 78 (2): 90–93
  105. ^ Drouin, Guy; và đồng nghiệp (2011), “The Genetics of Vitamin C Loss in Vertebrates”, Current Genomics, 12 (5): 371–378, doi:10.2174/138920211796429736, PMC 3145266, PMID 22294879
  106. ^ Gibert, Jean-Michel; và đồng nghiệp (2000), “Barnacle Duplicate Engrailed genes: Divergent Expression Patterns and Evidence for a Vestigial Abdomen”, Evolution and Development, 2 (4): 194–202, doi:10.1046/j.1525-142x.2000.00059.x
  107. ^ Freyer, Claudia; Renfree, Marilyn B. (2009), “The mammalian yolk sac placenta”, Journal of Experimental Zoology, 312B (6): 545–554, doi:10.1002/jez.b.21239, PMID 18985616
  108. ^ Brawand, David; và đồng nghiệp (2008), “Loss of Egg Yolk Genes in Mammals and the Origin of Lactation and Placentation”, PLoS Biology, 6 (3): e63, doi:10.1371/journal.pbio.0060063, PMC 2267819, PMID 18351802
  109. ^ Myers, P. Z. (2008), “Reproductive history writ in the genome”, Pharyngula, ScienceBlogs
  110. ^ David Seder; và đồng nghiệp (1997), “On the development of Cetacean extremities: I. Hind limb rudimentation in the Spotted dolphin (Stenella attenuata)”, European Journal of Morphology, 35 (1): 25–30, doi:10.1076/ejom.35.1.25.13058, PMID 9143876
  111. ^ Boke, Norman H.; Anderson, Edward F. (1970), “Structure, Development, and Taxonomy in the Genus Lophophora”, American Journal of Botany, 57 (5): 569–578, doi:10.2307/2441055, JSTOR 2441055
  112. ^ Malte Elbrächter; Eberhart Schnepf (1996), “Gymnodinium chlorophorum, a new, green, bloom-forming dino agellate (Gymnodiniales, Dinophyceae) with a vestigial prasinophyte endosymbiont”, Phycologia, 35 (5): 381–393, doi:10.2216/i0031-8884-35-5-381.1
  113. ^ Jeffrey S. Prince; Paul Micah Johnson (2006), “Ultrastructural Comparison of Aplysia and Dolabrifera Ink Glands Suggests Cellular Sites of Anti-Predator Protein Production and Algal Pigment Processing”, Journal of Molluscan Studies, 72 (4): 349–357, doi:10.1093/mollus/eyl017
  114. ^ Ridley, Mark (2004). Evolution (ấn bản 3). Blackwell Publishing. tr. 282. ISBN 978-1-4051-0345-9.
  115. ^ a b Dawkins, Richard (2009). The Greatest Show on Earth: The Evidence for Evolution. Bantam Press. tr. 364–365. ISBN 978-1-4165-9478-9.
  116. ^ Williams, G.C. (1992). Natural selection: domains, levels, and challenges. Oxford Press. ISBN 978-0-19-506932-7.
Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/w/index.php?title=Bằng_chứng_về_tổ_tiên_chung&oldid=54990361”