Văn phòng Chính phủ có chức năng tham mưu tổng hợp, điều phối giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tổ chức các hoạt động chung của Chính phủ, lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành hoạt động của Chính phủ và hệ thống hành chính nhà nước từ trung ương đến cơ sở, bảo đảm thống nhất, thông suốt, liên tục của nền hành chính quốc gia; bảo đảm thông tin phục vụ công tác lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và cung cấp thông tin cho công chúng theo quy định của pháp luật; bảo đảm điều kiện vật chất, kỹ thuật, hậu cần cho hoạt động của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.[1]
Ngày 28 tháng 8 năm 1945, Chính phủ lâm thời của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa do Chủ tịch Hồ Chí Minh đứng đầu tuyên cáo trước quốc dân đồng bào và toàn thế giới về việc thành lập Chính phủ nước Việt Nam mới. Cũng trong thời gian đó, một cơ quan đầu não giúp việc cho Chính phủ lâm thời và Chủ tịch Hồ Chí Minh đã được thành lập. Do lúc bấy giờ, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chưa ổn định, áp lực nội hoạn ngoại xâm rất lớn, nên tổ chức cũng như nhân sự của cơ quan này được giữ bí mật. Việc thành lập cơ quan này cũng không có văn bản thành lập chính thức.
Đến tháng 9 năm 1955, Chính phủ của Thủ tướng Phạm Văn Đồng được thành lập, ông Phạm Hùng được cử làm Bộ trưởng Phủ Thủ tướng. Mặc dù vậy, mãi đến 26 tháng 7 năm 1960, Chủ tịch Hồ Chí Minh mới ra Lệnh số 18-LCT công bố Luật Tổ chức Hội đồng Chính phủ nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, trong đó chính thức thành lập Phủ Thủ tướng và quy định chức năng như sau:
“
"Bộ máy làm việc của Hội đồng Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ là Phủ Thủ tướng. Phủ Thủ tướng gồm có:
- Văn phòng Phủ Thủ tướng, đứng đầu là Bộ trưởng Phủ Thủ tướng có một hoặc nhiều Thứ trưởng giúp việc;
- Các Văn phòng nghiên cứu và theo dõi từng khối công tác của Chính phủ, đứng đầu là các Chủ nhiệm Văn phòng có một hoặc nhiều Phó chủ nhiệm giúp việc. Chủ nhiệm Văn phòng là một Bộ trưởng.
”
— Điều 8, Lệnh Chủ tịch nước số 18-LCT ngày 26 tháng 7 năm 1960
Năm 1971, bên cạnh Bộ trưởng Phủ Thủ tướng còn đặt thêm một Chủ nhiệm Văn phòng Phủ Thủ tướng tương đương Bộ trưởng. Năm 1981 Văn phòng Phủ Thủ tướng cũng chuyển thành Văn phòng Hội đồng Bộ trưởng, đứng đầu là Chủ nhiệm, tương đương Bộ trưởng. Từ năm 1981, có 2 chức vụ gần giống nhau là Bộ trưởng, Tổng Thư ký Hội đồng Bộ trưởng (tương đương với Bộ trưởng Phủ Thủ tướng cũ) và Chủ nhiệm Văn phòng Hội đồng Bộ trưởng. Trong hầu hết thời gian, 2 chức vụ này do 1 người kiêm nhiệm. Đến năm 1987 thì sáp nhập 2 chức vụ này làm một là Chủ nhiệm Văn phòng Phủ Thủ tướng.
Đến năm 1992, Hội đồng Bộ trưởng chuyển lại thành Chính phủ, Chủ nhiệm Văn phòng Phủ Thủ tướng đổi sang tên gọi chức vụ mới là Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ, tương đương Bộ trưởng.
Ban Chỉ đạo xây dựng Đề án Trung tâm tài chính khu vực và quốc tế
Ban Chỉ đạo quốc gia về phát triển ngành công nghiệp bán dẫn
Ban Chỉ đạo quốc gia khắc phục hậu quả bom mìn và chất độc hóa học sau chiến tranh
Ban Chỉ đạo các công trình trọng điểm, dự án quan trọng quốc gia lĩnh vực đường sắt
Ban Chỉ đạo rà soát và tổ chức thực hiện việc xử lý vướng mắc trong hệ thống pháp luật
Ban Chỉ đạo Đổi mới và Phát triển doanh nghiệp
Ban Chỉ đạo quốc gia về kinh tế tập thể
Ban Chỉ đạo liên ngành Trung ương về an toàn thực phẩm
Ban chỉ đạo quốc gia về phát triển ngành dược Việt Nam giai đoạn đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045
Ban chỉ đạo về giải quyết các vấn đề khó khăn, vướng mắc các dự án tồn đọng
Ban Chỉ đạo Trung ương triển khai xóa nhà tạm, nhà dột nát trên phạm vi cả nước
Ban Chỉ đạo Nhà nước về Du lịch
Ban Chỉ đạo của Chính phủ về phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số và Đề án 06
Ban Chỉ đạo quốc gia về tìm kiếm, quy tập và xác định danh tính hài cốt liệt sĩ
Ban Chỉ đạo quốc gia triển khai thực hiện cam kết của Việt Nam tại Hội nghị lần thứ 26 các bên tham gia Công ước khung của Liên hợp quốc về biến đổi khí hậu
Ban Chỉ đạo Trung ương các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021 - 2025
Ban chỉ đạo quốc gia về phòng, chống thiên tai
Ban Chỉ đạo Nhà nước các dự án trọng điểm về dầu khí
Ban Chỉ đạo quốc gia về phát triển điện lực
Ban Chỉ đạo Trung ương về cải cách chính sách tiền lương, bảo hiểm xã hội và ưu đãi người có công
Ban Chỉ đạo Trung ương tổng kết 20 năm thực hiện Nghị quyết Trung ương 5 khóa IX về tiếp tục đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả kinh tế tập thể
Ban Chỉ đạo tổng kết thi hành Luật Đất đai và xây dựng Dự án Luật Đất đai (sửa đổi)
Ban Chỉ đạo Quốc gia về chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU)
Ban Chỉ đạo Phòng thủ dân sự quốc gia
Ban Chỉ đạo trung ương thực hiện Chương trình phát triển lâm nghiệp bền vững giai đoạn 2021 - 2025
Ban Chỉ đạo quốc gia về tăng trưởng xanh
Ban chỉ đạo về triển khai thực hiện Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội
Ban Chỉ đạo Nhà nước các công trình, dự án quan trọng quốc gia, trọng điểm ngành Giao thông vận tải
Ban Chỉ đạo của Chính phủ triển khai thực hiện Dự án xây dựng công trình đường bộ cao tốc Bắc - Nam phía Đông và Dự án Cảng hàng không Quốc tế Long Thành